赫斯死後，他的家人便要求律師讓施潘道監獄將赫斯的所有私人物品交出來，然而，施潘道監獄和赫斯待過的小別墅早已被夷為平地，赫斯所有的私人物品也跟著消失得無影無蹤。據當時掌權的部門解釋說，他們是為了防止納粹勢力餘孽借機興風作浪才把它們拆除的，赫斯的家人可以帶走赫斯的屍體。在對赫斯進行公開驗屍時，英國法醫詹姆士·卡梅隆證實了赫斯用電纜上吊自殺的說法。
但是赫斯的家人卻不能接受這個現實。在赫斯兒子的強烈要求下，赫斯的屍體被運到了慕尼黑。由慕尼黑法醫學院在1987年8月21日對赫斯進行了第二次驗屍。專家發現：死者脖子上有繩索多次纏繞過的跡象，勒痕呈平行狀，沒有任何自殺痕跡，實屬謀殺。
於是有人懷疑謀殺赫斯的是否就是蘇聯人。因為多年來，國際社會一直呼籲四國政府以人道主義精神將赫斯釋放，但都遭到了蘇聯的反對。在1987年蘇聯新領導人戈爾巴喬夫上台之後，莫斯科放出消息稱他們可能會將赫斯釋放。接著在1987年4月，德國的各大報紙紛紛報道稱，戈爾巴喬夫已經正式承認，赫斯即將迎來自由的人生。
由於赫斯是納粹的創始人，在德國右翼分子當中的影響力非比尋常。其特殊身份使得他在死亡之謎的調查上存在很多顧忌。在當時的官方記錄中也存在著不少的疑問：即使赫斯真的萬念俱灰，也根本不可能將自己吊死。因為當時的他已患有軟骨病，是一個手無縛雞之力的人，甚至連扣衣扣和係鞋帶都要別人幫忙。所以，這樣的人怎麼可能拉斷一根粗長的電纜，再把它套到自己的脖子上呢？
那麼赫斯究竟是死於自殺還是他殺呢？恐怕這還需要進一步的調查研究。
海德裏希失蹤之謎
多年以來，海德裏希的下落被全世界的曆史學家公認為第二次世界大戰最神秘的謎團之一，因為他死不見屍，活不見人。
納粹分子海德裏希被稱為殺人魔王，他是第一次世界大戰中最著名的德國戰鬥機飛行員之一。戰爭結束後，他成了慕尼黑的一名警察。到了20世紀20年代末，海德裏希成了慕尼黑警察局一名反共秘密幹將。他寫的反共秘密報告引起了納粹衝鋒隊頭目和蓋世太保首領希姆萊的注意，於是他在30年代短短幾年時間連升好幾級，直至成為蓋世太保秘密行動一把手，還一躍成為納粹德國最有實權的人物之一。權力使海德裏希終於有機會大開殺戒：他是1942年1月20日製定屠殺歐洲猶太人的“最後解決方案”的15名納粹高級官員之一，這一政策使600萬的猶太人於1942年至1945年間在集中營裏被殘殺。戰爭臨結束前，他親自下令處決所有布切法斯特集中營裏的關押人員。海德裏希是名副其實的納粹大屠殺元凶。
多年以來，海德裏希的下落被全世界的曆史學家公認為第二次世界大戰最神秘的謎團之一，因為他死不見屍，活不見人。長久以來，有關海德裏希最終下落的說法主要有4種。
第一種說法多是德國一些曆史學家提出的。他們認為海德裏希離開希特勒的“鷹巢”地堡後登上了一輛裝甲車，準備溜之大吉，但沒想到在去柏林的途中與盟軍坦克部隊相撞，結果死於炮火之中。1963年，甚至有人宣稱發現了海德裏希的墳墓，裏麵還有海德裏希的屍骨。然而，當科學家們對從墳墓裏取出的頭蓋骨進行科學檢驗後發現，這個頭蓋骨的主人比海德裏希死時要年輕15～30歲，顯然這種說法沒有有效的證據。
第二種說法盛行於民間，認為海德裏希喬裝改扮溜到了中東的埃及，或者到南美繼續幹他的納粹秘密勾當，從此過上隱姓埋名的生活。此後，先後有人聲稱在前東德、瑞士、阿根廷、巴西、巴拉王、大馬士革、新漢普郡，甚至華盛頓看到過他。
第三種說法是，海德裏希其實早在希特勒自殺前兩天就殺死了自己的妻子和3個孩子，然後自殺身亡。
而第四種說法認為海德裏希離開柏林總理府地堡後落入了蘇聯紅軍的手裏，他用情報換得一條生路，蘇聯情報部門給他一個新的生活，從此在蘇聯國內過上平靜的生活。甚至有關於海德裏希落入美國人手中，並成為冷戰工具的傳說。這使得國際猶太組織強烈要求美國政府和國會立即對這一事件進行徹底的調查。