再說宋江這一路人馬，先鋒關勝、花榮、秦明、朱仝先到了清溪縣，碰上了方傑。兩邊擺開了陣勢。秦明首先上場，那方傑果然不同凡響，霹靂火秦明竟占不到他的一點便宜。鬥得正難分難解時，隻見杜微悄悄地從馬後閃出來，舉起飛刀朝著秦明砍去，秦明躲過了他的刀，卻沒躲過方傑的方天畫戟。
宋江一看，一麵命人把秦明的屍首拖過來，一麵調軍出戰。
那方傑在陣前得意地大叫著，方臘也騎著馬來到陣前親自督戰。那方傑得到命令，正準備前來捉拿宋江。隻見敵軍飛馬來報說：“禦林都教師賀從龍已被盧俊義活捉，宋兵已殺了過來。”方臘一聽大吃一驚，忙讓杜微守住陣勢，讓方傑護駕先保住內宮。方臘剛回到清溪界卻見城內大火衝天，原來是李俊他們在城中放起火來。盧俊義、宋江一看城中大火，忙指揮人馬殺進城去。方臘見狀，隻得讓方傑保護著逃到了幫源洞。
宋江攻下清溪城郭。清點人馬，隻見少了鬱保四、孫二娘、鄒淵、杜遷，宋江命人把他們的屍首找來，埋葬了。李立、湯隆、蔡福身受重傷，過了兩天也死了，阮小五在城中被婁丞相殺死。宋江見了，傷心不已，親手剮了婁丞相、杜微的心肝，祭奠了死去的兄弟。
方臘在幫源洞中無計可施之時，忽然有一白衣秀士向他請兵。原來這白衣秀士就是柴進，他和燕青辭了宋江，來到了睦州的丞相祖士遠處，祖士遠見他天文、地理無所不知，便把他引薦給了方臘，方臘見柴進一表人材，能文能武，有龍子龍孫氣象，非常喜歡，便把他召為駙馬。一來二去，他把敵人的底細都摸了個一清二楚。方臘見柴進請兵，心中大喜。當即賜給他金甲錦袍，同方傑一起率領一萬人馬出戰。
他們在洞外排成陣勢。這邊宋江、盧俊義早已作好了準備，首先柴進出來挑戰，這邊，宋江派了花榮，戰了幾個回合，花榮假裝敗走了。宋江又派了關勝迎戰，鬥了幾個回合，關勝又假裝敗走了。方臘聽說駙馬如此英勇，忙命人鳴金收兵，大擺宴席慶賀。
第二天，方臘親自出洞督戰。宋江那邊，人人磨拳擦掌，準備擒方臘。兩軍相對，方傑首先出陣。宋江這邊關勝揮舞著大刀縱馬馳去。戰了十來個回合，花榮手持長槍也奔了上去，鬥了一會也不見輸贏，宋江見了，又派了李應、朱仝出陣，四將齊出陣，方傑見不是對手，勒轉馬頭就要回。柴進見了，挺槍趕來，手中的鐵槍卻直直地刺向了方傑。方傑措手不及，被柴進一槍刺下了馬。燕青也不示弱，縱馬前來一刀把方傑砍成了兩段。敵軍一看頓時慌亂了起來。方臘見勢不好，踢翻了金交椅，向深山中奔去。宋江率領大隊人馬，把敵軍殺了個片甲不留。可惜方臘逃走，宋江傳令命人上山搜尋，正在犒勞軍士之時，隻見花和尚魯智深押著方臘來見宋江。
原來魯智深在烏龍嶺上追殺夏侯成時迷了路，在山裏尋路之時，遇見一個老和尚。那老和尚告訴他讓他在此等候，沒想到等到的竟是賊頭領方臘。當即，宋江讓人把方臘裝上了囚車，押往東京去了。
此時此刻，宋江、盧俊義大功告成，擒了方臘，平定了江南。奉旨前來督戰的張招討等眾官在睦州設宴，慶賀眾將官員，犒勞三軍將校，傳令宋江等人收拾回京。
這時，睦州城內瘟疫盛行，張橫、孔明、朱貴、白勝、朱富都染病而死。宋江想起陣亡兄弟，不禁淚如雨下。現已捉得反賊，也應當超度一下死去兄弟的靈魂，便在睦州的宮觀淨處做了三百六十分羅天大醮，追悼陣亡將士。
宋江、盧俊義整理了軍馬將校人員班師回京，此時，隻剩下正偏將三十六員。後來，宋江被蔡京、高俅讓皇上賞賜禦酒毒死了，李逵也被毒死了。後來，吳用知道情況後悲痛欲絕，自縊而亡。轟轟烈烈的梁山英雄故事就此結束了。