靖難之役是指明王朝初期，據守北方的燕王朱棣以“清君側”的名義而發動的爭奪最高權力的戰爭。開始於明王朝第二個皇帝登基的第一年，也就是1399年。建文四年，朱棣將明王朝的首都南京攻破，當時的皇帝建文帝失蹤，朱棣成為明王朝的第三個皇帝，是為明成祖。
明王朝的締造者朱元璋為了對抗還很強大的蒙古勢力，就兩次分封自己的兒子為藩王。讓這些藩王掌握大量軍隊，坐鎮一方，其中以晉、秦、燕、寧諸王勢力最強。洪武二十五年（1392年）太子朱標病故，皇太孫建文帝登基，他對諸王勢大難製深感憂慮。洪武晚年，把功臣宿將都殺了個幹淨，北方的軍事事物都是各個王主持。不久，秦王、晉王先後死去，而燕王與周王及齊、代諸王均擁兵自重，多行不法，朝廷孤危。
在1399年建文帝登基後，也就是和黃子澄、齊泰等人秘密商議削藩事宜。都認為燕王朱棣勢大難以立刻解決，所以削藩從燕王同母弟周王開始，周、代、岷、湘、齊諸王先後削奪，湘王自焚，其餘的人都被貶為庶人。為圖燕王，建文帝令張昺為北平布政使，謝貴、張信掌北平都指揮使司，以謝貴控製北平（今北京），另外以都督宋忠、徐凱、耿王獻屯兵開平、臨清、山海關一帶，並調檢燕府護衛軍士，加強防燕措施。建文元年六月，齊泰將燕使鄧庸下獄審訊，具得燕王將舉兵反狀，於是發兵逮燕府官屬，並密敕張信逮捕燕王。張信是燕王的老部下，這個時候就向朱棣投降，朱棣隨即為備。七月，朱棣以計擒殺張昺、謝貴，並命令燕王府的護衛統領張玉、朱能率兵乘夜攻奪北平九門，於是占據了北平。後來用清君側的名義開始討伐南方的中央政權。
戰爭初期，因為北方很多地區的守衛部隊的長官都是燕王的老部下，投降燕王的很多。燕軍先後下通州、薊州、懷柔等城，宋忠等戰死。八月，建文帝以太祖舊將耿炳文為大將軍，率領部隊30萬伐燕。先鋒抵雄縣，被燕王的部隊偷襲，九千人全部戰死。複戰於真定（今河北正定），又大敗。建文帝遂以勳戚李景隆代耿炳文，調兵五十萬伐燕，築壘九門，圍攻北平。十月，朱棣親自率精騎襲大寧，執寧王朱權及其妃妾世子，得其部朵顏三衛騎兵，兵力驟增。李景隆乘虛攻北平，但不能克。燕王師自大寧返回後，於鄭灞大破李景隆軍。建文帝隻好罷免了自己的國防部長（兵部尚書）齊泰等人的職務，希望能夠暫緩燕王的攻勢。
到朱允炆當上皇帝的第二年的農曆四月，中央政府的軍隊與燕王的軍隊在白溝河又進行了一次大戰，李景隆再次被打敗，燕王的部隊乘勝圍攻濟南。山東參政鐵鉉固守濟南，以逸待勞，燕王的部隊久攻不下，敗還。九月，朝廷升鉉為山東布政使，改命盛庸代李景隆。十二月，盛庸率領部隊與燕軍會戰於東昌（今山東聊城），燕王的部隊大敗，主將張玉戰死。建文帝於三年複齊、黃職。二月，燕王的部隊再度南下。三月，敗盛庸於滹沱河，再敗吳傑等於槁城。建文帝以放逐齊、黃為名，使其外出募師勤王。當時，燕王的部隊雖多勝，但損失頗重，而朝廷軍源頗廣，燕軍在河北、山東一帶所攻下的地方，軍隊撤出後又被朝廷軍隊所占據。同年底，有內臣自京師告密，朱棣知南京空虛可圖，決計改變戰略，於四年正月率領部隊南下。四月，連破何福、平安的部隊，五月攻克揚州、泗州。建文帝派遣慶成郡主到燕王的部隊駐地，希望能夠割地求和，燕王沒有答應。六月，江防都督陳瑄率領水師部隊投降燕王，燕王的部隊於是渡江，下鎮江，直逼南京。穀王與李景隆打開金川門投降燕王，南京城被攻陷，宮中火起，皇帝失蹤不見。
朱棣攻下南京後，登上皇位，下令搜捕黃子澄、齊泰等建文朝臣50多人，榜其名曰奸臣，大行屠殺，並實行族誅，這些大臣的族人不分老少都被殺了，妻女送到教坊司，連親家也被發配邊疆。朱棣還下令廢除建文帝的一切改革措施，用以表明自己發動戰爭的目的在於恢複朱元璋的政策。
這次戰爭是明王朝初期皇權鬥爭日趨激化的必然結果。朱棣利用藩王的身份奪取皇位後，北方就不存在強大的藩王了。於是繼續實行建文帝的削藩政策，並改革中央機構，建立了廠衛特務機構，然後遷都北京，中央集權上升到一個新的高度。