關於挑動風潮的幕後人物，蔣介石最初認為是國家社會黨的張君勱等人，其日記“上星期反省錄”中有雲：“反動派鼓動昆明各大學學生遊行示威，以庸之為其目標。文人政客之卑劣汙陋，如張君勱之流可謂喪心病狂極矣。”（《蔣介石日記》手稿本，1942年1月17日）1939年9月，國民參政會一屆四次會議在重慶召開，張君勱領銜提出《請結束黨治實施憲政，以安定人心，發揚民力而利抗戰案》和《改革政治以應付非常局麵案》，嚴厲批評孔祥熙所主管的行政院效率低下，要求更張人事。自此，張君勱即成為民主憲政運動的積極倡導者。昆明“倒孔”學潮發生，蔣介石懷疑張君勱在其中的作用，甚至懷疑張君勱有敵偽、日寇、納粹德國的背景。（參見唐縱《在蔣介石身邊八年》，群眾出版社，1991年版，第250頁）其間，蔣介石曾考慮過動用“權力”，為此思考過三天，但認為尚非其時，決定通過張嘉趝與張君勱的兄弟關係對張進行勸說：“勿再作無聊舉動。”（《蔣介石日記》手稿本，1942年1月13日）當張君勱否認自己是昆明學潮的主使人時，蔣介石又懷疑張在昆明的“政治朋友”、國社黨成員羅隆基是主使者。1月12日日記雲：“對國社黨之處治辦法須徹底，否則不如暫緩。”這段日記表明，隻要時機合適，蔣介石是準備動用“權力”對付其他“異己”黨派的。不久，蔣介石下令封閉張君勱在雲南大理的民族文化書院，並利用張君勱到重慶參加國民參政會的機會，將其軟禁於重慶汪山，處於特務的嚴密監視中。事後，蔣介石派康澤到昆明調查，證明學潮和國社黨無關。（唐縱《在蔣介石身邊八年》，第253頁）當時的中共雲南省工委貫徹“隱蔽精幹，長期埋伏，積蓄力量，以待時機”的方針，也沒有在背後領導這次運動。（參閱李群傑《抗日戰爭時期黨的建設和在黨領導下的雲南抗日救亡運動》，《雲南文史資料》第30輯，第9頁；熊德基《我在聯大從事黨的地下工作的回憶》，《雲南文史資料》第34輯，第375-378頁）
昆明學潮和孔祥熙以“飛機運洋狗”的不實報道有關，但抗戰期間孔祥熙確有種種劣跡，受到各界人士的廣泛反對。連軍統骨幹唐縱都認為“孔之為人，莫不痛恨”。學潮反映出當時社會公眾對孔祥熙和國民黨官僚階層的普遍不滿。這一點，蔣介石有認識。他在日記和《反省錄》中寫道：
驕矜自滿而不自知者是為政治者之大忌。不能齊家，何能治國，人皆由於自侮也，可不戒乎？（1942年1月10日）
戚屬恃勢淩人，驕矜自大，不知公私，不明地位，亦時令人憤悶。（1942年1月17日）
滇黔各校反對庸之夫婦之運動已醞釀普遍之風潮，此乃政客、官僚爭奪政權之陰謀，可謂喪心極矣。然而平時之不加自檢，驕矜無忌，亦為之主因也。（1942年1月21日）
這些地方，說明蔣介石不是沒有看到孔祥熙家族，特別是孔祥熙本人的問題，但是，他並沒有對孔祥熙和行政院采取任何措施，仍然怪罪於“國人”，特別是學生。日記雲：“國人與青年皆無辨別之智能，故任人煽惑，以致是非不彰，黑白顛倒，自古皆然。”（1942年1月9日）其實，昆明學潮雖有幼稚、輕率的一麵，但更多地反映出的卻是學生們愛國熱忱和嫉惡如仇的積極一麵。蔣介石完全看不到這後一麵，他就站到愛國學生的對立麵去了。
當時，西南聯大既有國民黨，也有三青團的基層組織。風潮中，蔣介石感到這些組織都未能發揮作用，深感“無人已甚”之苦。學潮中，部分三青團員成為“倒孔”積極分子，國民黨雲南省黨部為了掌握“領導權”，也有意識鼓勵三青團員參加。關於此點，當時人回憶說：“遊行回來，同學們又討論成立組織繼續搞下去，但跳上台最賣勁的是幾個三青團員，一些進步同學看到這情況，便紛紛退出，這個‘討孔’運動也就偃旗息鼓了。”（熊德基《我在聯大從事黨的地下工作的回憶》）國民黨省黨部的這一招雖有效，但蔣介石卻極為惱火。1月24日日記雲：“本周最使人憂憤者仍為西南聯大所鼓動之學潮，我青年團幹部糊塗散漫，一任反動派從中利用與主使而昏昧不悟，事事幾乎非餘親自設計與擬稿不可，實足為本黨前途憂也。”25日日記雲：“青年團幹部幼稚昏昧，是皆餘不能善教之道，憤激悲傷何為耶！”26日上午，蔣介石覺得三青團幹部“投機、官僚”，為此大發雷霆。下午，痛斥三青團書記長張治中“投機無智”。所謂“投機”，指的就是部分三青團員投入學潮。據張治中回憶，他當時曾草擬了一份改進和加強三青團的工作意見書，呈交蔣介石：
這時候，正好昆明發生“倒孔”運動，有人報告蔣，說這是青年團發動的。蔣非常氣憤，隻在我的意見上打了許多圈、點、杠和問號，不加批複，但另寫一張手條，大發脾氣，指責青年團幹的是反革命的工作。
昆明學潮發端於不實報道，純粹自發，一哄而起，自然有缺點，有不足，但本質上仍然是愛國運動和反貪腐運動。對有缺點、有不足的學潮，隻能引導、教育，而不應敵視、鎮壓。蔣介石這裏指斥聯大的三青團員參加“倒孔”是“反革命的工作”，其矛頭所指當然是整個的昆明學潮。其1月23日日記雲：“對各大學共黨惡化分子應作肅清之整備；各大學校長與教授應徹底整頓。”這就為國民黨今後鎮壓學潮預埋了伏筆。1月25日，他認為“事實真相，早已大白”，但有些城市還在因此發生學潮，懷疑背後有“漢奸、反動派”挑動，他通令各省省主席、省黨部主任委員、書記長等，“切實製止學生之越軌行動，以免墮敵人共產之陰謀。”（《事略稿本》，“國史館”，002－060－100160－025）以1942年年初的昆明學潮為標誌，國民黨和三青團的學校工作逐漸向以防共、反共為主轉化。
昆明學潮反對孔祥熙個人，並不反對正在抵抗日本侵略的國民政府。這本來是一個敦促國民黨進行徹底改革的警訊，但是，蔣介石卻主要視之為敵對勢力挑動，對內政危機漠然不覺。他處理郭泰祺雖然堅決、明快，但處理孔祥熙卻長期優柔寡斷。1月26日，蔣介石召集國民黨和國民政府高級主管官員訓話，大講其“於安定中求改正”，“於寬大中求核實”，不得互相譏刺、攻訐，不得旁觀冷視，不得造謠生事，不準姑息腐朽，不得以中立態度自居，以及“成敗榮辱皆不能分離”等道理，然而，並無改革內政的任何實質性措施。（《蔣介石日記》手稿本，1942年1月26日）27日，重慶報載，“孔副院長病愈視事”，這使對國民黨和國民政府仍抱有希望的人大失所望。自此，國民黨的腐朽程度日益加深，逐漸步入膏肓。