自1953年Watson和Crick揭示了遺傳物質DNA雙螺旋結構，現代分子生物學的研究進入了一個新的時代。確定了生物性狀是由特定基因決定的理論基礎後，生物改良基因工程技術得到了快速發展。利用轉基因技術定向改造作物，大大加速了優良作物的篩選和培育過程。到目前為止，基因工程已經在動植物和微生物的基因改良中廣泛應用。轉基因食品由此產生、發展，並成為食品領域的新熱點。1983年世界上出現了第一株基因植物——一種對抗生素產生抗體的煙草；1990年第一例轉基因棉花種植試驗成功；1993年，美國食品與藥物管理局（FDA）批準Calgene公司研製的Flavrsavr延熟番茄進入商業化；1994年一種可以抵禦番茄環斑病毒病的西紅柿被FDA批準在美國上市銷售；1996年美國人又最早將部分轉基因食品（大豆、玉米、油菜、土豆和西紅柿）推上商業化的進程。目前，美國共有43種動物、植物轉基因產品通過食品與藥物管理局認證，世界上眾多國家（其中包括發達國家和發展中同家）也都緊隨美國之後開始對轉基因食品進行研究，使得部分研究成果進行商業化運作，並正在形成可觀的產業規模。
近幾年，轉基因作物及其由這些作物加工而成的食品以難以想象的速度迅猛發展，世界各國已試種的轉基因植物超過4500種，批準商業化種植的已超過90餘種。2000年全球轉基因作物種植麵積是4420萬公頃（1億零920萬英畝），相當於英國國土麵積的2倍，與1996年的170萬公頃相比增長了25倍。到了2002年其種植麵積又增加至5876萬公頃，比2001年增長了11.7%。而且在1996年至2000年的五年間，種植轉基因作物的國家數量亦翻了一倍多，從1996年的6個，到1998年的9個，直至1999年的12個和2000年的13個國家，目前的這13個國家中有8個是工業化國家，5個是發展中國家。
到2000年，轉基因作物種植麵積位居前4位的國家占了種植總麵積的99%。需要注意的是，它們是兩個發達國家——美國和加拿大，以及2個發展中國家——阿根廷和中國。其中美國占68%，阿根廷占23%，加拿大占7%，中國占了1%，餘下的1%種植在其他的9個國家中，其中隻有南非和澳大利亞的種植麵積超過了10萬公頃（25萬英畝）。這一增長態勢反映了工業化國家和發展中國家的農民們均已逐步接受了轉基因作物。
盡管轉基因食品的研究已有幾十年的曆史，但真正的商業化是20世紀90年代以後的事。自20世紀90年代初第一個轉基因食品出現在美國市場上以來，越來越多的轉基因食品在世界範圍內被認同。到目前為止，外源基因表達的產物以及基因工程技術的影響在美國的農作物種植和食品加工的各環節中無處不在。從牛奶、奶酪到水果、蔬菜等，到處都存在轉基因食品。美國的轉基因食品種植麵積占世界的70%，超過50%以上的大豆、超過40%的玉米和小麥為轉基因產品。與轉基因有關的食品達7000種，包括嬰兒食品、巧克力、冷凍甜品、麵包、人造奶油、香腸、肉類及代肉類產品等，約2/3的奶酪在生產過程中使用了遺傳工程凝乳酶，1/3的奶牛使用了牛生長激素。目前美國市場上的包裝食品中含有轉基因成分的已占60%，轉基因食品銷售額超過100億美元，預計2010年將達200億美元以上。
加拿大、阿根廷、澳大利亞、西班牙、法國、南非等國也都在大力開展這方麵的研究和開發。最近的調查表明，美國、加拿大兩國的消費者大多已接受了轉基因食品，僅有27%的消費者認為食用轉基因食品可能會對健康造成危害，並且隨著認識水平的提高，這個百分數還在不斷降低。對轉基因食品持抵製態度的歐盟各國，實際上也已被轉基因食品敲開了大門。另外，轉基因動物如轉基因魚、轉基因兔、轉基因雞、轉基因羊等多種動物新品係已被成功培育。目前在國際市場上可獲得的轉基因食品已經通過風險評估，在這類食品已經獲得批準的國家中，沒有對人類健康影響的負麵報道。
目前，我國轉基因食品的研究和開發居世界中等水平，正在研究的轉基因植物有40多種，涉及的基因種類超過100種。種植的品種主要有大豆、煙草、棉花、番茄、水稻、玉米等。農業部自1997年開始受理農業轉基因生物的安全性評價，至2003年6月，共收到轉基因植物類申請821項，批準582項，其中，中間試驗325項、環境釋放154項、生產性試驗48項、生產應用安全證書55個。進入環境釋放的轉基因植物有水稻、玉米、小麥、馬鈴薯、甜瓜、番茄、木瓜、油菜、楊樹、茅草等。基因工程疫苗、植酸酶基因重組酵母等12個動物用或植物用微生物產品也已批準商品化生產。