在發展河運的同時，元朝政府又大力發展海運。經過長時間的考察，最後確定路線，從長江口的崇明出海，東行入黑水大洋，北趨成山（在山東半島南部），經渤海南部，至界河（今海河）口的直沽，再轉運大都，沿途都設有海站。
由此可見，隨著政治的統一，各地區經濟聯係也加強了，驛站的職能已經超出了傳遞軍事急務的範圍，主要職能轉為運輸物資，經濟職能日益突出。
元朝政府在邊疆地區也設有驛站。這類驛站是與管理移民、屯田等措施相輔而行的。世祖忽必烈就十分重視西藏的驛站，即汗位以後，立即派遣使者在吐蕃設立驛站、清查戶口。元朝在這一地區設立驛站，不能隻把它看成是交通方麵的一些措施，而且還應該看到它在政治上體現了元朝對邊疆地區的管轄權。
嚴密、高效的管理體係
就驛站數量而言，元朝與唐朝、明朝不相上下。唐玄宗時期，全國約有驛站1600處；明朝景泰年間全國有1300餘處。但就驛站規模而言，元朝則遠勝唐、明兩朝。唐代大驛站配馬75匹，驛夫25人；小驛站配馬8匹，驛夫2～3人。明代每個驛站配馬30～80匹。而元代大站配馬多達千匹，站戶上萬。因此元朝對於驛站的管理是十分複雜且嚴密的。概括地講，“上有通政以挈其綱，下有郡縣以讚其力。”就是說，其管理機構在中央有通政院，在地方有路、州和縣。
總領全國驛站的機構最初為諸站都統令使，於至元七年（1270）設，屬兵部管轄。至元十三年（1276）才設置獨立的通政院，管理全國驛站事務。通政院分設大都和上都二院；後又一度置江南分院，設院使為主官。武宗至大四年（1311）三月以通政院怠於治理、對驛站管理不力為由，罷撤通政院，全國驛站又改由兵部管理。數月之後，複立通政院，分管蒙古驛站，兵部則分掌漢地驛站。仁宗延四年（1317），又詔諭蒙古和漢地驛站統歸通政院領導管理。
至於路、州、縣對於驛站的管理，至元十年（1273）十二月，元朝政府規定設立驛站的地方，站戶歸各路驛站總管府管理，站戶家屬則由所在籍的州、縣官吏管理。實際上，元朝政府意圖是驛站事務不許州、縣官過問，這樣做也是為了防止州、縣官吏私自挪用驛站儲備的糧食、馬、牛、薪、炭等物品。
元代驛站官員，主要有驛令、提領、百戶以及脫脫禾孫。商業貿易繁忙的大都至上都之間的驛站，通常驛令、提領並設。而一般的驛站或設驛令或設提領，這也是為了節省開支和費用。百戶是由路、州、縣提調正官於站戶內選用，主要職責是管理倉庫和公家的財物。脫脫禾孫主要負責對使用驛站工具的過往官吏和人員進行檢查，防止冒充。
對於官員使用驛站的交通工具和享受的待遇，元朝政府也有規定。至元八年（1271）三月，政府規定陸站奉旨或急速辦公者，三品官準用馬5匹，四品、五品官用馬4匹，六品、七品官用馬3匹，八品以下隻給馬2匹。元貞二年（1296）七八月，元朝政府規定水站，一品、二品供船3隻，三品至五品供船2隻，六品至九品官員以及令、譯史、宣使等供船1隻。很明顯，享受驛站的待遇是以官員品級高低和任務的重要緊急與否為標準的。
官員要求使用驛站的物品時，還必須出示由朝廷簽發的證明文件。證明文件主要包括牌符和驛卷兩種。牌符主要有金虎符、圓符和海青符3種。金虎符是元朝皇帝頒發給負有重要使命的官員使用的符。劉仲錄請丘處機遠赴大漠時使用過此符，意大利人馬可·波羅回國時，因負有護送闊闊真公主的特殊使命也曾使用過。圓符可分為金字圓符和銀字圓符，一般供軍事緊急時派遣使用的。海青符是與海青驛相配套的一種牌符。海青驛是專門傳遞軍情急務的驛站，禁止一般使臣使用，僅持海青符方準乘驛。而持有海青符者也可以在其他驛站使用，這是元代驛站的一個特點。驛券分“鋪馬聖旨”和“鋪馬紮子”兩種，都是供各級官府中文官乘驛的憑證。
元朝四通八達的驛站交通網絡的建立，使人們的活動範圍空前擴大。這在一定程度上增進了各地區、各民族間的經濟、文化交流，加強了國內各民族間的聯係，同時，也促進了中西文化、經濟交流的空前繁榮。