實際上，嚴重的流民問題是與元朝相始終的。特別到了元朝末年，流民日趨增多，最終在此基礎上爆發了全國大規模的農民戰爭，直接導致了元朝的滅亡。
“二百萬家族盡赤，八十裏城皆瓦礫”
為了支持戰爭，蒙古軍隊不斷地搶掠物資財富，加重對占領區人民的剝削和掠奪，人們再生產過程無以為繼，加之伴隨戰爭而來的野蠻燒殺，社會財富損耗更加嚴重。
蒙古軍隊進入中原的初期，以直接搶掠為目的。1205年，鐵木真率軍侵西夏時，攻破邊境城堡力吉裏寨，焚毀城牆房屋無數；經過落思城時，掠奪附近地區牲畜、人口。這次蒙古軍隊帶著大量的戰利品如駱駝、羊、馬返回漠北，蒙古軍隊所過之處皆淪為廢墟。1213年秋至1214年春，蒙古軍隊挺進中原，數月之間，經過的90餘郡，無一幸免，金帛、子女、牛羊馬等牲畜皆席卷而去。房屋被焚毀，城郭成了廢墟。當時社會上流傳著“貧極江南、富稱塞北”的俗語，說明蒙古統治者將江南財富洗劫一空，造成了江南經濟的衰退。
蒙古初期對搶掠的方法也有規定：功大的先搶，功小的後搶；先進的將士進門後，插一枝箭在門口，後來者就不能進去了。任何人搶掠所得，無論多寡都要留一份獻給成吉思汗。將帥、大臣在平時沒有俸祿，隻將戰爭的擄掠物按自上而下的等級分配，沒參戰的大臣也能得到一份，稱為“裱份”。
世祖忽必烈時期，對海外的連年用兵，又造成社會財富的巨大浪費。至元十一年（1274）、至元十八年（1281）兩次遠征日本，都以失敗告終，損失巨大。第一次征集水軍1.5萬人，大小戰船900多艘；第二次征集軍隊14萬人，戰船9000多艘，兩次幾乎是全軍覆滅。遠征占城、爪哇時，征海船100艘、戰船2500艘，也歸於失敗。元朝的這些海外戰爭都造成巨大的人力、物力的浪費。
一般來說，直接搶掠隻是戰爭中的行動，如果對已經征服的地區繼續進行搶掠，人民無法進行生產，就不再有可供掠奪的東西了。因此，蒙宋戰爭中，有人建議，對占領區應禁止搶掠，讓百姓能繼續從事生產，這樣就可以不斷地向蒙古軍隊提供戰略物資了。蒙古統治者也認識到了這一點，對已征服的地區，就不允許肆意搶掠和破壞了。但他們卻改為向人們征斂財物，諸王、將領每到一地，都要強迫當地官吏送人事，稱為“撒花”，這其實是一種變相的搶掠。
“尚聞傳檄誅狂寇，猶自開倉舉義兵”
元朝的統一結束了中國曆史上南北長期對峙的局麵，是有曆史進步意義的。但是在統一過程中，南下元軍的屠殺和劫掠，給各民族人民帶來了深重的災難。蒙古軍殘暴的行為理所當然地激起了各族人民的強烈反抗，增加了各族人民對蒙古統治者的仇恨，蒙古族與其他各個民族的隔閡也由此加深。
元軍南下時，福建地區的抵抗鬥爭最為激烈。元朝統一後，當地人民的反抗鬥爭仍不斷出現。至元十七年（1280），陳吊眼率領隊伍攻入漳州城，福建各地百姓紛紛響應，隊伍很快發展到10萬人。直到至元十九年（1282），元朝調集4省軍隊才將此次反元起義鎮壓下去。但是，浙東地區、徽州地區、江西南安以及廣西瑤民等都起來反對蒙古統治者的屠殺與壓迫政策。由於對海外用兵，元朝需要征兵、征餉，更加激起了人民的反抗。至元二十年（1283），南方各族人民的反抗鬥爭此起彼伏、一浪高過一浪。據元朝的官方統計，江南的起義“凡二百餘所”，到至元二十六年（1289），起義更增加到“四百餘處”，幾乎遍及南方的所有地區。
蒙古軍隊的屠殺和搶掠政策在各族人們心靈上留下了難以抹平的創傷。到元朝末年，反元大起義基本上都打著民族矛盾的旗幟。劉福通率眾起義，義旗上書寫著：“虎賁三千，直抵幽燕之地；龍飛九五，重開大宋之天”，有意利用民族矛盾，團結漢人共同抗元。劉福通還立韓林兒為皇帝，稱韓林兒為宋徽宗八世孫。韓林兒做了皇帝，成了民族主義的象征。當時各地起而反元的都用韓林兒的年號，後來成為明太祖的朱元璋亦複如此。可以確信，人民的反元情緒是與蒙古軍隊民族歧視政策有直接關係的。
“得民心者得天下，失民心者失天下”，蒙古軍用它勇不可擋的鐵蹄占領了遼闊的疆域，但它野蠻的征伐政策一開始就在各個被壓迫民族的心中種下了仇恨的種子，為元朝的滅亡埋下了伏筆。