父親皇太極
母親孝莊文皇後
妻子：廢後，靜妃，博爾濟吉特氏，是孝莊皇太後的哥哥科爾沁卓禮克圖親王吳克善的女兒，和順治皇帝是姑表兄妹。順治八年八月冊為皇後，因兩人性格不合《清史稿》中記載“上好簡樸，後則嗜奢侈，又妒。”順治十年被廢。
孝惠章皇後，博爾濟吉特氏，科爾沁貝勒綽爾濟的女兒，是孝莊皇太後的侄孫女，也是順治皇帝侄女，順治十一年五月，聘為妃，六月，冊為後。康熙皇帝即位後，尊為皇太後，居慈仁宮。康熙五十六年十二月薨，年七十七。
孝康章皇後，佟佳氏，滿鑲黃旗人，都統佟圖賴女，生於崇德五年，是康熙皇帝的生母，康熙即位後尊為慈和皇太後，康熙二年二月崩，年二十四。
孝獻皇後，董鄂氏，滿正白旗人，內大臣鄂碩女，生於崇德四年，十八歲入宮，入宮後即寵冠後宮，順治十三年八月二十五，立為賢妃，九月，進皇貴妃（十二月行冊封禮）。順治十四年十月初七，生皇四子榮親王；順治十七年八月，薨。順治十七年八月二十一，追贈孝獻端敬皇後。
貞妃，董鄂氏，一等阿達哈哈番巴度的女兒，孝獻皇後族妹。順治皇帝崩後，她即隨之殉葬。康熙帝追封為皇考貞妃。
淑惠妃，博爾濟吉特氏，孝惠章皇後的妹妹。順治十一年，冊為妃。康熙十二年，尊封為皇考淑惠妃，康熙五十二年十月三十薨。
恭靖妃，浩齊特博爾濟吉特氏，多羅額爾德尼郡王博羅特女。康熙十二年十二月初四，尊為皇考恭靖妃；康熙二十八年四月初三，薨。
端順妃，阿巴亥博爾濟吉特氏，一等台吉布達希布女。康熙十二年十二月初四，尊為皇考端順妃；康熙四十八年六月二十六，薨。
寧愨妃，董鄂氏，長史喀濟海女。順治十年七月十七，生皇二子福全；康熙十二年十二月初四，尊為皇考寧愨妃；康熙三十三年六月二十一，薨。
恪妃，石氏。是吏部侍郎石申的女兒。康熙六年薨，是宮裏正妃中唯一漢人妃子。
此外，順治皇帝有子女的庶妃還有八位，穆克圖氏，一子，八歲殤；巴氏，一子鈕鈕，為世祖長子，二歲殤，二女，分別與六歲和七歲時夭折；陳氏，一子，常寧；唐氏，一子，奇授，七歲時夭折；鈕氏，一子，隆禧；楊氏，一女，下嫁納爾杜；烏蘇氏，一女，八歲殤；納喇氏，一女，五歲殤。（來源《清史稿》）
兒子（共8個有記載）
皇太子（順治14年立）榮親王（順治18年立）愛新覺羅玄燁/康熙皇帝
皇長子愛新覺羅牛鈕——皇次子愛新覺羅福全——皇三子愛新覺羅玄燁/康熙皇帝——皇四子榮親王（未取名，幼年逝世）——皇五子愛新覺羅常寧——皇六子愛新覺羅奇綬——皇七子愛新覺羅隆禧——皇八子愛新覺羅永幹
女兒（6個）
皇長女（1652～1653），順治九年三月十五生，母庶妃陳氏，順治十年十月殤
皇二女和碩恭愨長公主，母庶妃楊氏
皇三女（1653～1658），順治十年十二月十三生，母庶妃巴氏，順治十五年三月殤
皇四女（1654～1661），順治十一年十二月初二生，母庶妃烏蘇氏，順治十八年三月殤
皇五女（1654～1660），順治十一年十二月二十生，母庶妃王氏，順治十七年十二月殤
皇六女（1657～1661），順治十四年十月初六生，母庶妃那拉氏，順治十八年二月殤
孔四貞，遼東人，隸漢軍正紅旗，生於清崇德七年（１６４２），是定南王孔有德的女兒。在孔有德死後，她扶梓回京師，受到清廷極度禮遇，被孝莊皇太後養於宮中，還差一點成為順治皇帝的妃子，但最終嫁給了從小定婚的孫延齡，並且一起執掌定南王藩屬數年。吳三桂叛亂時，孫延齡也起兵響應，但孔四貞一直顧念清室的恩遇，力勸延齡反正。孫延齡的首屬兩端導致他被吳三桂派人殺死，孔四貞也被困於雲南，直至三藩平定，才孑然一身回到京師，安度晚年。