朝鮮戰爭爆發前中情局已派出大量特工進入朝鮮，大戰初開，中情局以日本橫須賀為基地從事情報活動，向蘇聯的西伯利亞、蒙古共和國、中國東北和庫頁島大量空投間諜，實施“風信子”計劃，從而獲悉有3個師的中國軍隊進入北朝鮮；組織“反共遊擊隊”進行破壞和暗殺，並招募印第安特工暗殺金日成；中情局研發的“藍鳥工程”和“洋薊工程”不僅禍及同行，而且同當年日本關東軍的“731”部隊沒有區別。
中情局獲悉中國軍隊進入北朝鮮
1945年8月，二戰剛剛結束，美、蘇軍隊就分別進入朝鮮南部和北部接受日軍投降，並以北緯38度線作為美國與蘇聯軍事占領區的臨時分界線。朝鮮由此開始分裂為南北兩部分。“三八線”對於美國來說，其真實含義就是要阻止蘇聯借對日作戰的機會，控製整個朝鮮半島。
隨著冷戰格局的形成，美國把歐洲確定為戰略重點，西歐成為遏製蘇聯的最前沿。“歐洲第一”是美國的傳統國策，是它全球戰略的基石。在亞洲，美國注重中東、日本和菲律賓；台灣地區和南朝鮮都被劃在美國的太平洋防線之外。1949年5月和6月，美軍分別從中國和南朝鮮全部撤出，標誌著美國在亞洲基本上完成了以收縮力量和防線為特征的戰略調整。
1950年1月，美國國務卿艾奇遜在談到朝鮮半島時說，如果南朝鮮人遭到了進攻，一是要依靠南朝鮮人自己起來抵抗，二是要依靠聯合國的集體行動。這清楚地表明，美國在二戰時期所設想的由美蘇合作解決朝鮮問題的政策，已經轉變成依靠“聯合國行動”來保衛南朝鮮抵禦蘇聯的進攻。這項政策針對的目標及其為達到目的而設計的手段，在很大程度上決定了後來美國必定要幹涉朝鮮戰爭，以及它幹涉朝鮮戰爭的方式和規模。
但是在朝鮮戰爭爆發前，美國在朝鮮已進行了至少兩年的“秘密行動”。中情局派出了大量的特工人員進入朝鮮。有資料顯示，在高峰期，這些行動涉及2000名武裝特工滲入朝鮮共產黨占領區。
中情局負責秘密行動的官員們認為，“戰爭不可能在亞洲爆發，隻能在將來的某個時間發生在歐洲，而且任何戰爭必將涉及到美國與蘇聯之間的全麵對抗；目前威脅美國遠東利益的主要危險是共產黨的顛覆活動”。這種觀點在當時的華盛頓很普遍。直到1950年6月，中央情報局、國務院和陸軍部還一致認為，盡管南朝鮮隻有11萬民團、警察和少量的正規軍，而北朝鮮擁有180架軍用飛機，近200輛T-34型坦克和15萬正規軍，在武器裝備和軍隊數量上占有絕對優勢，但是“這種進攻看來並非迫在眉睫”。
然而，就在1950年6月25日，朝鮮戰爭突然爆發了。朝鮮人民軍長驅直入，勢如破竹，於6月27日晚攻陷了漢城。
6月26日晚，杜魯門總統接到美國遠東軍司令麥克阿瑟的報告說，南韓軍隊已無力防守漢城，潰在旦夕；美國隨屬人員正在撤離朝鮮。
當晚，杜魯門通過電傳向麥克阿瑟下達指示，授權他使用遠東海空軍部隊支援南韓，攻擊三八線以南的任何目標。6月27日，美國空軍戰鬥機從日本基地起飛，擊落7架朝鮮攻擊機。同一天白宮宣布，美國第7艦隊進入台灣海峽，防止海峽兩岸動武，實際上是將中國的領土台灣省置於美國的“軍事保護”下。因為美國人擔心，此時中國會趁機出兵收複台灣。此前，杜魯門政府曾一度公開表示，台灣問題是中國的內部事務，美國持中立態度，無意幹涉，但到此時卻自食其言。
6月27日夜，美國操縱聯合國通過了一項決議。該決議稱，“建議聯合國成員國為韓國提供足以擊退武裝進攻的援助，以恢複國際和平和該地區的安全”。這項決議為美國先斬後奏的軍事行動提供了“合法”依據。可是，當時的蘇聯卻沒參加聯合國安理會會議，放棄使用對這一決議的否決權，結果使美國得以利用聯合國軍的名義出兵朝鮮。
6月30日，杜魯門下令從日本派遣兩個師赴朝參戰，對朝鮮北部實行海上封鎖。接著美國又以聯合國的名義，糾集了英國、法國、加拿大、土耳其、澳大利亞、比利時、荷蘭、希臘、泰國、新西蘭、菲律賓、盧森堡、哥倫比亞、埃塞俄比亞和南非等15個國家出兵參戰；美英等國的航空母艦和數百艘戰艦封鎖了朝鮮半島海麵，對朝鮮人民軍轟炸炮擊，實施敵後遮斷，並利用艦炮支援沿海的美韓軍隊作戰。
美國駐日本的遠東軍司令麥克阿瑟被授予聯合國軍總司令的頭銜，坐鎮東京遙控聯合國軍的軍事行動，美國第8集團軍司令沃爾頓·沃克是朝鮮戰場上的軍事指揮官。
到了8月，美韓軍隊在數量上已經超過朝鮮人民軍。但是，沃克將軍仍然被壓得喘不過氣來，防線處處吃緊，紛紛告急，手頭的機動兵力早已告罄。為了扭轉被動局麵，美軍計劃在朝鮮人民軍進攻路線的側後方仁川實施登陸。為了實施這一登陸計劃，中情局又派遣特工多次潛入仁川地區偵察地形，了解駐軍部署情況、火力配置以及仁川港的水文資料（因那裏的潮汐落差相當大）。
9月15日，麥克阿瑟親自指揮2.5萬名美軍在仁川登陸（登陸人數後來達到5萬）。28日，登陸美軍攻占漢城，致使朝鮮人民軍腹背受敵，後方給養和北撤路線均被切斷，13萬人民軍陷於合圍之中。經過浴血奮戰，幾千名朝鮮人民軍官兵衝破截堵，突圍後撤回三八線以北。
1950年10月3日，中華人民共和國外交部長周恩來召見印度駐華大使潘尼迦，請他捎話給美國政府。周恩來說：“美國軍隊正企圖越過三八線，擴大戰爭。美國軍隊果真如此做的話，我們不能坐視不顧，我們要管。我們主張朝鮮事件應該和平解決。朝鮮戰事必須即刻停止，侵朝軍隊必須撤退。”
10月5日，中情局得到了準確情報，獲悉有3個師的中國軍隊進入了北朝鮮，並且向白宮報告說：“如果聯合國軍越過三八線，中國共產黨的軍隊有可能公開介入朝鮮戰爭。”但是中情局的這一預測並沒有引起白宮方麵的注意。中情局事後分析說，“在許多美國人看來，中國人不堪一擊”、“中國遠非美國的對手”。
就在美、英和南朝鮮軍隊從西路越過三八線後不久，中國人民誌願軍第38軍、39軍、40軍和42軍於10月19日從我國吉林方向進入朝鮮，和朝鮮人民軍並肩戰鬥。緊接著，誌願軍後續部隊也立即跟進。但是，中情局和美軍情報機構這時對中國人民誌願軍的實力並不知底細，他們根據對誌願軍戰俘的調查，隻是估計“在北朝鮮的中國軍隊隻有3到5萬人”。中情局甚至將幾名戰俘空運到漢城，使用測謊器審訊，後來得出“中國軍隊可能有9萬人”的結論，但對於這一結論連他們自己都感到“驚人、難以置信”。同時，中情局也為“中國東北地區集結了幾十萬軍隊”而感到不安。
11月8日，中情局奉命提交了一份題為《國家情報預測——中國幹預北朝鮮的程度和目的以及中國的能力和意圖》的報告，認為中國目前的幹預“是一種目標有限的過渡性軍事行動”，如能擊退“聯合國軍”，它將追求更大的優勢，否則就把美軍拖在朝鮮；如果中國本土受到攻擊，它將全力以赴地將美軍趕出朝鮮半島。但這份基調謹慎的報告對中國幹預的目標、規模和能力等一些決策中的基本問題都沒有作出明確的結論。
11月9日，白宮召開國家安全委員會會議，最後決定在未判明中國出兵意圖之前，繼續堅持以軍事進攻迅速占領北朝鮮的原定計劃，授意麥克阿瑟將軍“在軍事方麵可以相機行事”，並批準他轟炸鴨綠江上所有在朝鮮一側的橋梁。
麥克阿瑟當時的胃口更大，妄圖一口吃掉在朝鮮北部的中朝軍隊。
1951年，中情局在一份關於朝鮮戰爭的分析報告中倒是頗有見地地說：中國軍隊有著巨大的人力資源，在戰場兵力對比上占有壓倒性優勢；中國軍隊剛剛打敗蔣介石的國民黨軍隊，有著豐富的作戰經驗和一往無前的犧牲精神，這支軍隊吃苦耐勞，擅長夜戰和山地作戰，其戰鬥力相當強大；中國軍隊的弱點是，戰術比較單調和死板，後勤供給和運輸能力差，特別是在美國空軍的轟炸下，中國軍隊所得到的物資補給充其量不到其最低需求的30％；沒有製空權和製海權，在陸戰中缺少火炮和彈藥，在火炮、坦克等方麵的火力遠遠不及美軍。
中情局在報告中還特別指出，中國人民誌願軍的武器裝備很差，隻有30年代日本和德國製造的，還有蘇聯在二戰中淘汰下來的破爛貨，不僅質量差，而且數量不足。同時，從各方麵得到的情報表明，蘇聯對中國軍隊的支持“並不是很大方的”，“遠非盡心盡力”；蘇聯並非真的希望中國打贏，至少是不希望馬上打贏，因為“蘇聯不希望中國強大起來。蘇聯所願意看到的結果是：中國和美國在朝鮮戰爭中兩敗俱傷”。
不過從朝鮮戰爭爆發之日起，美國首先擔心的就是蘇聯是否出兵，同時，它又懷疑蘇聯是通過朝鮮戰爭聲東擊西，意在歐洲動手。此時的蘇聯為了鞏固在東歐的既得利益，在歐洲駐紮了20個精銳師團，這百萬蘇軍對美國和西歐各國是一個極大的威脅。可以說，美國對於蘇聯的種種憂慮貫穿於整個朝鮮戰爭的始終。
中情局後來又在8月10日的一份總結報告中指出：“整個蘇聯陣營的趨勢是，戰爭的準備在繼續。此外，還有跡象表明，戰爭計劃的某部分正在急迫地加速實施。”捷克斯洛伐克的工廠正從消費品生產轉為軍工生產，蘇聯的米格-15戰鬥機已在匈牙利出現，東方國家集團粉碎了國內反對派。因此，中情局相信，到1952年，蘇聯將完成發動全麵戰爭的準備。
中情局的這一觀點與白宮的“歐洲第一”的戰略原則是相吻合的，同時也反映了二戰以後，美國開始感覺到來自蘇聯軍事實力的威脅。
麥克阿瑟對“準軍事行動”感興趣
中情局特工進入南朝鮮的時間是在戰爭爆發以後。當時中情局的特別行動部以日本的橫須賀為基地從事情報活動，而政策協調署是以東京的情報站作為辦公地點。由於協調情報署當時受到中情局和國務院的雙重領導，因此它與特別行動部作為兩個部門在分頭工作。
麥克阿瑟當時隻對“準軍事行動”感興趣。因此他規定，中情局在他的轄區內應當主要從事秘密戰爭方麵的工作，而且指揮權和控製權都要掌握在他的親信威洛比少將的手裏。威洛比作為遠東地區美軍情報部主任，負責秘密行動和有關情報方麵的工作。實際上，中情局在朝鮮戰爭中，是作為麥克阿瑟屬下的一個部門進行工作的，因此，中情局與軍方在指揮權限問題上的矛盾相當尖銳和複雜。1952年夏，中情局將政策協調署並入特別行動部之後，中情局在朝鮮的秘密機構才逐步擺脫了軍方的羈絆。
中情局當時在朝鮮半島投入了大量的特工力量，其中政策協調署人員占百分之七十。政策協調署在20世紀50年代初的主要使命“是在朝鮮、中國大陸和東歐實施隱蔽行動，優先的是準軍事行動”。其中包括戰場偵察、捕俘、破壞敵方交通線和軍工設施，引導轟炸和炮擊、空投特務；在南朝鮮則是配合軍方圍剿朝鮮人民軍的遊擊隊等等。總之，搞的還是二戰時期的老一套。
在朝鮮半島戰事最激烈的時候，中情局實施了一項秘密的“風信子”計劃。在這一行動中，有成千上萬的朝鮮難民被送往北朝鮮防線後方，並讓他們想方設法跑回來。這樣，就能夠提供有關敵軍調動的情報。那些從北朝鮮返回的難民都受到詳細盤問，要他們說出在那裏的所見所聞。中情局得出的結論是：“孩子們提供的情報最為可靠。”由此可見，“風信子”計劃所得到的情報質量如何了。
中情局搜集朝鮮戰場軍事情報的重要來源是審訊俘虜，分析戰場繳獲的敵軍文件，派遣特工人員進行偵察等等。然而，中情局所搜集的情報很少有像樣的東西，他們的報告經常是前後矛盾，因此，讓美國軍方對此甚至不屑一顧。總的說來，美國情報工作在朝鮮戰爭中的記錄很糟糕，中情局的活動主要在軍事方麵。中情局當時駐朝鮮戰時情報站站長是艾伯特·哈尼，此人的主要工作就是“指揮準軍事行動和突擊行動”。
1951年7月，朝鮮停戰談判開始舉行。這時，在中情局駐東亞情報站的特務頭子漢斯·托夫特的直接指揮下，政策協調署對朝鮮北部和中國大陸開展了“聲東擊西”的秘密行動。其中包括在敵占區搜集情報、為被擊落的飛機機組人員建立營救網絡以及向朝鮮北部派遣1200人的遊擊隊。
在這次“聲東擊西”行動中，至少有6名間諜潛入符拉迪沃斯托克（海參崴）的海軍基地，密切監視蘇聯可能參與戰爭的任何跡象。托夫特還派人切斷了黃海海底電纜。這條電纜是當時中國駐東北部隊，用來與北京進行聯絡的唯一通信線路。海底電纜被切斷了以後，中國軍隊被迫使用無線電聯絡，這種聯絡方式受到了美國陸軍安全局的監聽，不利於保密。
托夫特在當時還有一種最猖獗的行動，就是充當海盜。在一次代號為“斯托爾”的秘密行動中，托夫特和他的手下在公海上搶劫了一船誌願軍急需的藥品和設備。這些藥品包括3個野戰醫院的設備，是印度總理尼赫魯租用挪威貨船運送給中國誌願軍傷病員的。起初，托夫特試圖在貨船駛入香港補充給養時進行破壞，但該船沒在香港停靠。於是托夫特匆忙與台灣聯係，出動不掛國旗的武裝船隻在台灣島附近攔截了這艘貨船。政策協調署的官員躲在甲板下麵觀察和指揮，由台灣國民黨特務出頭露麵將貨物搬走，然後讓空船繼續按照原來的航線行進，貨船上的人還以為遭到了中國海盜的搶劫。由於這一行動的成功，中情局特地獎賞給托夫特100萬美元。