在執政的第三十一年，他終於遭遇了一場有組織的宮廷密謀，在動亂和陰謀中結束了一生。要尋找拉美西斯三世的死因，必要揭開埃及3000年前最陰暗的一麵。回想陵廟中那幅法老輕撓女子下巴的雕刻畫，正是它給出了有關法老死因的重要線索。在古埃及，一位女人的力量是不可小覷的。雖然拉美西斯有眾多妃子，卻沒有選出一位掌管後宮的王後，也許他的悲劇正是源於這些後宮中的女人。在一份流傳至今的王宮密檔中，人們發現了這樣的內容：法老的仆役長、司庫及王妃特伊用咒語和臘像殺害法老。檔案中多次提到了特伊的名字，她殺害法老的目的是想讓兒子彭塔沃爾執掌政權。
古埃及人堅信神與魔法的存在，叛亂者想借助於魔法達到目的，於是一位叛逆者製作了法老的蠟像，並對蠟像施咒。同時他們還采取實際行動，發動政變。這樣做的下場就是仆役長、司庫、王妃特伊和王子彭塔沃爾被抓，同時至少有40個人受到了這場宮廷血案的牽連。法老組織了一個由14名高級官員組成的法庭來對他們進行審判，成員包括7名王室總管、2名國庫監督官、2名書吏和1名使者。除王妃特伊未獲死刑外，王子彭塔沃爾被逼服毒自殺，其餘人也被處以極刑。
關於審判的具體細節，有人在王宮檔案裏找到了三份明顯不同的審判記錄。第一份審判記錄中揭發了28個人，他們被認為是這場陰謀的主要發起者，因為證據確鑿，這些人很快都被處死了。第二份審判記錄上記載了有6個人被判在法庭上自殺。在最後一份審判記錄中，特伊的兒子和其他3人也被處死了，不過，法官對他們似乎寬宏大量了一些，他們被允許在監獄中自殺。還有人發現了第四份審判記錄。這份記錄沒有寫出任何一位密謀者的姓名，卻記錄了3個法官和2個參與審判的人在審判中受賄。最後，其中一位法官被證明是清白的，但其他受賄者都被處以了割掉耳朵和鼻子的刑罰，還有一個法官在結案前自殺了。這些記載死亡、陰謀、瀆職、背叛的審判記錄，一下子將我們拉入了千百年前那充滿血腥氣息的埃及王廷。
反叛行動采取後的第十二天，法老去世了。如此奇怪的死亡時間，使我們不得不將法老的死與這場宮廷政變聯係在一起。也許，他是死於由這場政變而產生的心力交瘁？或是過度的恐慌和憤怒？也有人認為他是死於蛇毒。在古埃及，人們常常使用毒蛇來處死罪犯。而且的確有一種毒蛇的毒性發作緩慢，中毒者往往在被咬傷的若幹天後，才會毒發身亡，這也的確與法老死亡的時間吻合。但是，王宮中是不會有這種毒蛇的，這蛇又是誰帶入的呢？事隔千載，我們已經不可能知曉了。神秘木乃伊E
19世紀80年代，人們在帝王穀中那處安放了拉美西斯三世等法老木乃伊的懸崖洞穴中，同時發現了一具神秘的男性木乃伊，因為棺材上沒有任何象形文字來表明他的身份，於是命名為神秘人E。
此後，神秘人E一直被放置在埃及博物館中，並受到嚴密保管。100年後，人們再次將目光聚焦在了他的身上，一係列的研究隨之展開。開啟棺蓋，這具木乃伊被放置在一具顯然本不屬於他的棺材中。相對這具肩寬腿長的木乃伊來說，這副棺材實在太窄太短。我們可以看到，在棺木的內側有明顯的鑿痕，隻有這樣，才最終將這具身材魁梧的男性木乃伊放入棺內。
從木乃伊雙手交疊的擺放姿勢，人們判斷他應當是處於第十八王朝至第二十王朝之間。身上被施以名貴的防腐香料，左耳戴著象征高貴身份的金耳環，智齒還沒有完全長出，這表明他應當是一位年輕貴族，甚至可能是王族。但同時，木乃伊製作粗糙，本應從鼻腔中灌入的起防腐作用的樹脂，出現在了嘴巴裏。腹部也沒有任何製作木乃伊時必然會有的切口，手腕與腳腕上留有捆綁的痕跡，身上僅裹著一張小羊皮。這具兼具王子與乞丐特征於一身的神秘人被稱為埃及最神秘的木乃伊。
綜合以上這些特征，有人大膽認定他應當就是拉美西斯三世的兒子、卷入宮廷政變後被逼服毒自殺的王子彭塔沃爾。服毒死去的方式使他得以留下全屍，人們倉促地將犯有謀逆罪的王子進行了簡單的防腐處理後，安放在法老墓穴的偏殿中。一個世紀過去了，為保護先祖免受盜墓之禍的後輩法老又將王子的木乃伊與其他法老木乃伊一起藏入了帝王穀中的一處隱蔽墓穴。於是，這些古埃及最高貴的靈魂們又一起度過了3000年的時光。
無論如何，拉美西斯三世作為埃及最後一位大法老，在其當政的31年中，埃及發生了巨變，他的去世宣告古埃及開始了不可遏製的衰退。公元前1151年，拉美西斯四世成為了埃及的下一個主宰者。