此時，老天皇剛剛亡故，即位的睦仁天皇年僅15歲，但他很有雄心壯誌。麵對西方國家的步步侵略，年輕氣盛的他不甘心眼睜睜地看著自己的國家重蹈鄰國中國的覆轍，決心發奮圖強。不久，睦仁天皇簽署了《討幕密詔》。就這樣，一場轟轟烈烈的倒幕運動已處於兵戎相見、短兵相接的前夜。
就在倒幕派滿心歡喜、積極準備討伐幕府之際，突然有消息說：德川幕府主動上表，請求辭去將軍的職位，還要“還政於天皇”。原來，德川慶喜已感到形勢對自己不利，而自己又一時無法應付，於是決定先發製人，主動辭職。企圖以此分化瓦解倒幕派，等待時機，以便卷土重來。
德川慶喜的這一緩兵之計果然起了作用，倒幕派內部很快發生了分歧。倒幕派中的妥協派對德川慶喜奉還大政於天皇信以為真，遂挾持天皇予以接受，並下令收回《討幕密詔》。幕府也趁機在大阪附近集結軍隊，依靠武力繼續保持政權。
眼看形勢急轉直下，武力倒幕派決心搶先行動。1868年1月3日，他們發動了宮廷政變，解除幕府派駐皇宮警衛隊的武裝，同時廢除幕府，恢複天皇為國家首腦、親掌政權的統治形式。西南強藩的倒幕派武士木戶孝允、大久保利通和西鄉隆盛掌握了新政府的實權。德川慶喜眼看大勢已去，仍作最後的掙紮。1月6日晚，德川慶喜潛回大阪，集結軍隊，準備反撲，一場內戰爆發了。
1868年1月底，以薩摩、長州兩藩為主的政府軍隊約5000人，在京都附近的伏見、鳥羽兩地迎擊幕府軍。雙方很快展開了激烈的廝殺。當時幕府軍隊雖然人多勢眾，有1.5萬多人，但士兵們不願打仗，一上戰場，便成群地潰逃。而倒幕軍卻鬥誌昂揚，越戰越勇。倒幕派又及時提出了“減免租稅”、“四民平等”的口號，把廣大農民和商人也爭取到自己的一邊。很快，幕府軍傷亡慘重，大敗而逃。
德川慶喜逃回江戶後，看到自己的軍隊實際上已經瓦解，江戶的民眾又不擁護自己，再戰也隻有死路一條。於是，1868年4月，他宣布謝罪歸隱，不再過問政事，希望倒幕軍不要殺他。天皇答應了他的這一請求。10月23日，天皇睦仁定年號為“明治”。隨後，改江戶為東京，定為國都。
幕府徹底倒台以後，明治天皇按照改革派的願望，實行了一係列的改革，吸收西方先進的文化知識，促進了資本主義發展的改革，曆史上稱作“明治維新”。
明治政府的資產階級改革經過了20多年，使日本“脫亞入歐”，成為亞洲的一個資本主義強國。它是日本曆史上的一個轉折點，也是日本避免淪為歐美殖民地的轉折點，日本成為亞洲第一個走上近代化發展道路的國家。但是，由於明治維新是一次不徹底的自上而下的改革，保存了大量封建殘餘，因此，日本的資本主義發展一開始就帶有鮮明的軍事特征和軍國主義傾向，使得日本在以後的發展過程中，很快走上了軍國主義道路。
日本的“伏爾泰”——福澤諭吉
日本最大麵值的鈔票是萬元大鈔，上麵印的頭像是穿和服的福澤諭吉（1834—1901年）。福澤諭吉是日本近代思想家、教育家，文明開化運動的先驅者和啟蒙者之一，他還是著名的慶應大學的創始人。
1872年，福澤寫成《勸學篇》，主張人與人之間應平等和獨立，隻有每個人能獨立之後，國家才能獨立。人身的獨立，必須反對以當時卑屈的封建道德觀來學習西洋文明。這種提法，顯然是針對日本在開國以後，一切屈從於歐美的情況而發的，對當時的社會風氣是當頭棒喝。
1875年，他又出版了《文明論概略》一書，批判當時日本社會上流行的，隻在生活上、風俗上洋化的做法，認為此用末技，未學到西方的精髓。他把世界上的國家分成野蠻、半開化和文明三類，日本則列於半開化國家之中。說：“仿效西洋文明為日本今後之急務，然其順序應為：人心——政法——衣、食、住。”他不但這樣主張，而且還以身作則，例如他的不穿西裝是很有名的。