1.潛在的食品安全問題
轉基因食品的安全性主要包括兩個方麵：
(1)對人體健康的影響(近期安全性問題)轉基因食品對人體健康可能產生的影響有食後過敏、食品原有的營養品質改變、潛在毒性問題及對人腸道微生物菌群改變等方麵。
(2)對生態環境的影響(遠期安全性問題)如轉基因植物是否演化為“超級雜草”、外源基因擴散至親緣野生種、外源抗病毒基因是否會引起新病原菌等。轉基因植物對生態環境的影響比對人類健康的影響可能更大。
國際上認為轉基因食品的安全性問題主要擔心的是轉基因作物生產的新蛋白質會有毒副作用或引起過敏，需要檢測其是否能夠被消化，如果不能，該轉基因食物也不能供食用。人們除了擔心吃轉基因食品會對身體健康有害之外，還擔心種植轉基因作物會危及生態環境。抗蟲害轉基因作物分泌的毒性蛋白，除了毒死特定的害蟲，有沒有可能也毒死其他生物。2000年起在美國三個州和加拿大進行的田間試驗都表明，抗蟲害轉基因玉米的花粉並沒有威脅到大斑蝶的生存，在實驗室裏用這類花粉喂大斑蝶的幼蟲，也沒有發現影響其生長發育。美國食品藥品管理局(FDA)的報告指出：“FDA沒有發現也不相信，正在開發中的、用於作為食品和飼料的新作物品種會帶來安全或管理問題。”歐洲委員會的報告也指出：轉基因作物並未顯示出給人體健康和環境帶來任何新的風險；由於采用了更精確的技術和受到更嚴格的管理，它們可能甚至比常規作物和食品更安全。
2.轉基因食品評價原則
任何新技術的出現都有兩重性，是把雙刃劍。汽車、飛機、核技術等都是如此，在造福人類的同時，汽車會引起空氣汙染，飛機會有空難，核技術可用於戰爭。以重組DNA技術為代表的轉基因技術，在為農業生產、人類生活和社會進步帶來巨大利益的同時，也可能對生態環境和人類健康產生潛在的風險。關鍵是要權衡利弊，做出抉擇。農業是轉基因技術主要的應用領域。建立農業轉基因生物安全評價製度，是世界各國的普遍做法，也是《生物安全議定書》的主要內容。我國政府於2001年5月23日以國務院304號令，發布了《農業轉基因生物安全管理條例》。目前國際上對轉基因食品安全評價遵循以科學為基礎、個案分析、實質等同性和逐步完善的原則。安全評價的主要內容包括毒性、過敏性、營養成分、抗營養因子、標記基因轉移和非期望效應等。
三、轉基因食品的管理
有關轉基因食品的安全性已引起世界各國政府的高度重視。對農業轉基因生物實施安全管理是國際上的普遍做法。國際經合組織(OECD)、聯合國糧農組織(FAO)、環保規劃署(UNEP)、生物安全議定書、食品法典委員會，都對轉基因生物的安全提出了明確的要求。我國國務院已頒布實施了《農業轉基因生物安全管理條例》，使我國對轉基因生物的安全管理更加完善具體，對我國農業轉基因生物的研究、試驗、生產、加工、經營、進口與出口及監督檢查均做了詳細規定。衛生部也出台了《轉基因食品衛生管理辦法》和《轉基因食品安全與營養評價指南》，建立轉基因食品食用安全性和營養質量評價製度。
我國規定食品產品中(包括原料及其加工的食品)含有基因修飾有機體或/和表達產物的，要標注“轉基因××食品”或“以轉基因××食品為原料”；轉基因食品來自潛在致敏食物的，還要標注“本品轉××食物基因，對××食物過敏者注意”。