戰後，自由星全麵重整，正式劃分為九大戰區，分別以中央戰區為中心，劃分出了東南、東北、西南、西北、以及東西南北共計八大戰區，以自由島在這場戰爭中戰績最大的八大化神期大修士為統領，至於中央戰區，則永遠是由自由島島主或者是由島主指定的人來擔任。其餘兩位化神期大修士，則作為自由島的太上長老，坐鎮自由島在自由星上建立的聖城自由城。
其中，西北戰區的統領為太上長老程龍尊者，西南戰區的統領為太上長老林海源，東北戰區的統領為太上長老顧為民，東南戰區的統領為太上長老肖錫華，東方戰區的統領為太上長老吳楠，南方戰區的統領為太上長老田龍，西方戰區的統領為太上長老童偉閣，北方戰區的統領為太上長老袁長天，中央戰區的統領暫時由劉劍鋒自己兼任。
至於九大戰區下麵的各城市的城主，則按開戰之前的說明，由太上長老及元嬰期長老組成的評議團評議各個元嬰期老祖的戰績排名，然後在根據在藍沙宗統治藍沙星時的城市綜合實力排名，一一確定了各城市的城主。
至於自由島的宗門，也由玄黃星的自由島遷移過來，那邊隻作為一個分部存在，由方丹主持。而在自由星上建立起自己的聖城自由城，自由城建立在一座巨山上，一共分為八十一層，其中五十層以下為各弟子及外來修士租賃之所，五十到六十層之間為宗門核心金丹期弟子的居所，六十到七十層之間為元嬰期長老的居所，七十到八十層為化神期大修士的居所，島主及其家人居住在第八十一層。整個宗門下設煉丹堂、煉器堂、製符堂、陣法堂、修煉堂、外事堂、內務堂、執法堂等八大堂口，以及藥園、藏書樓、獸山、奇物閣等四大執事單位。另外，所有的元嬰期長老組成長老會，決定平時宗門的一切事務，如果有無法決斷或者需要發動對外戰爭等重大事項，則必須在長老會通過之後，在上報到由全體太上長老組成的決策會來最終決定，島主對決策會的決定擁有最終一票否決權。
很快，自由島在八大堂口的統禦之下，快速有效的運轉起來，所有的弟子被統一劃分為以下幾個等級：拜入宗門為記名弟子，著灰衣；練氣期弟子為外門弟子，著黑衣；築基期弟子為內門弟子，著青衣；金丹期弟子為核心弟子，著銀衣；元嬰期長老著金衣；化神期大修士為太上長老，平時著衣可隨意，但有重大活動或者對外交往中，統一著紫衣；島主及夫人平時著衣可隨意，但有重大活動或者對外交往中，統一著白衣。
自由星上的城市自即日起，全部下調入城費，統一為一塊靈石一人一月，所有城市內常駐修士或者宗門必須到城主府備案，登記在冊後發放身份玉符；每個城市成立一個執法隊，由金丹期修士擔任隊長或者分隊長，按城市大小，執法隊的人數確定為一百五十人至三百人，以五十人為一個分隊，一百五十人為一個中隊，三百人為一個大隊，小城市設立一個中隊的執法隊，大城市設立一個大隊的執法隊，至於礦山等重要資源地，則派駐一個小隊到三個小隊不等。
內部整頓的同時，自由島向星球聯盟的其他星球派出了駐守機構，也就是相當於地球時期的外交大使館，駐守機構通常有金丹期核心弟子擔任外事堂的分堂主，主要用於收集各大星球的情報以及自由星上缺少的物資。
經過整頓和整合，整個自由島經過統計，擁有化神期大修士十一人，另外藍沙宗原來的宗主等三人有意加入，宗門還在考察期間；擁有元嬰期修士一百四十人；擁有金丹期修士一千二百三十人；擁有築基期修士一萬六千三百人；擁有練氣期修士十萬八千七百人。現在，自由島可說已經成為了一個真正的龐然大物了。