等到七月，福康安部渡過大烏草河抵達古丈坪，與鎮福寧部會合。乾隆又調雲貴兵2000名增援。八月，劉君輔再解永綏城之圍。此時，清軍已擺開了全麵進攻的局麵。
為了對付清軍的追剿，苗族義軍五、六千人集結在鴨保、平隴各寨，並推平隴塞首領吳八月為“吳王”。九月，清軍破高多寨，吳半生兵敗被俘。乾隆封福康安為貝子、和琳一等宣勇伯，並指令他們攻打鴨保寨。十月，清軍破天星寨。吳八月眼看鴨保寨危在旦夕，率義兵從平隴寨趕來支援。此時，乾隆指示福康安、和琳“應即用計離間，或設法招徠”。清軍遵諭展開招撫攻勢，“苗酋許以官爵花翎，散苗優以金錢”。在清朝的利誘下，吳隴登叛變。吳隴登原是苗寨百戶，曾參與鎮壓石滿宜暴動，他率眾起義，本出於政治投機。他鼓動鴨保寨義軍出山投降，被吳八月阻止。吳隴登竟縛吳八月、隴五等義軍領袖獻給清軍，以換取花翎頂戴。
十二月，清軍破擒頭陂、騾馬硐，打開了通向平隴、乾州的門戶。嘉慶元年（公元1796年）正月克連營山，二月攻下壁多山、高吉陀。求勝心切的乾隆這時降諭福康安等，說平隴一帶山溪險阻，苗軍負隅抗拒，若專由此一路進攻，未免稽遲，應一麵由平隴策應，另遣偏師潛僻路取乾州。福康安貫徹了乾隆這一軍事部署，四月間當清軍推進到距平隴僅30裏之時，另遣軍直趨乾州。但是，為了奪取攻破乾州的大功，清軍各將領竟相互牽製，阻於河溪（今湖南吉首縣東南）不進。軍士因不習水土，中暑毒死者日眾。到五月，石三保雖兵敗被俘，但清軍主帥福康安也染病身亡。六月，和琳率部克乾州後，即命都統額勒登保進攻平隴。八月，和琳亦病死。乾隆急忙調署廣州將軍明亮、提督鄂輝赴軍營，會同額勒登保並力攻打平隴寨。九月，清軍奪取平隴隘口。十二月，石柳鄧兵敗戰死，其子石老喬等被俘。曆時2年波及湘黔川3省的苗族人民起義，終於被鎮壓下去了。 乾隆當太上皇期間，發生的川楚陝白蓮教起義，是中國封建社會最後一次大規模的農民戰爭。
這次起義，是乾隆後期黑暗政治的產物，是日趨尖銳的階級矛盾的爆發。而川楚陝3省交界的廣袤山區，成為這次起義的基地，並非偶然。3省邊境毗連，高山深林綿亙數百裏。3省及河南、江西、安徽等地流民，多攜老帶幼，進入深山老林墾荒耕種，僑寓者多達“數百萬計”。他們伐木支櫞，架棚棲身，被稱為“棚民”。這些山區有鐵、煤等豐富礦產資源，又盛產竹、木耳、石菌等。不少商人挾資進山，利用豐富資源和棚民廉價勞動力，辦鐵廠、煤廠、紙廠、木廠和鹽井。棚民除耕山外，還以不少人以傭工為生，身受地主和雇主殘酷壓榨，又備受衙役與地痞流氓的敲勒欺淩。“山民受其淩虐，無可告訴，無為申理，囂然無複有生之樂”，所以反抗情緒格外強烈。
乾隆前期，清政府曾在全國各地嚴厲取締白蓮教。可是，白蓮教非但沒有銷聲匿跡，傳播卻日益廣泛。川楚陝交界山區流傳著白蓮教3大支派：劉鬆、劉之協師徒倡導的三陽教，宋之清、齊林建立的西天大乘教，艾秀、王應琥組織的收元教。3教派雖各自獨立，各成係統，但都宣傳彌勒降世，輔佐牛八。抬出“牛八”即“朱”字的旗號，就具有反清複明的政治色彩。到乾隆五十九年（公元1794年）夏，陝西興安府西天大乘教首先被清政府破獲，繼而四川大寧縣收元教組織也遭破壞。乾隆下令在湖北、四川、陝西、河南、安徽、甘肅等省嚴緝白蓮教骨幹。降至當年十一月，各教派首領劉鬆、宋之清、王應琥、齊林等相繼被捕，慘遭殺害，僅有劉之協乘機逃脫，清政府仍窮搜不已。麵對官府的血腥捕殺，教徒們被迫拿起武器，殊死反抗。嘉慶元年（公元1796年）正月七日，荊州枝江、宜都兩縣萬餘名教徒，在張正謨、聶傑人率領下首先發難，各地聞風而起，烈火迅速蔓延至長陽、長樂、當陽、竹山、保康等縣。二月，年僅20歲的齊林妻子王聰兒（又稱齊王氏），與姚之富在襄陽教區起義。湖北義軍蜂起，清朝急忙調兵遣將，部署鎮壓。三月十七日，乾隆命湖廣總督畢沅赴荊州收複當陽，命湖北巡撫惠齡赴枝江、宜都剿殺聶傑人。不久，又調西安將軍恒瑞、熱河總管鄂輝等入湖北協助畢沅、惠齡，命副都統永保由烏魯木齊趕往西安，總統剿務。不久，聶傑人投降變節，清軍全力進軍當陽張正謨。四月，清朝重新部署兵力，對起義軍采取分路剿殺策略：陝甘總督宜綿駐商州，剿辦鄖縣鄖西一帶；永保、恒瑞剿辦竹至保康一帶；畢沅剿辦當陽、遠安、東湖一帶；惠齡剿辦枝江、宜都一帶；鄂輝剿辦襄陽、穀城一帶；四川總督孫士毅剿辦與四川接壤的來鳳一帶。為了配合軍事剿殺，四月二十三日，乾隆頒布招撫諭：
“湖北奸民聚眾滋事，……凡賊人黨與，無論被賊脅迫煽惑，聽從為逆者，一經投出，均當免其治罪。即素日誤習邪教之人，若能及早省悟，自行投出，亦概與免死。倘有能將賊首目斬獲擒獻者，不但不治以從賊之罪，並當優加獎賞”。
起義初期，由於各支義軍彼此缺乏配合，各自為戰，且多固守城鎮或深山老林，被動防禦，因而很快被清軍各個擊破。惟有王聰兒、姚之富率領襄陽義軍，采取流動作戰的靈活戰術。三月，王、桃率部攻襄陽不克，過樊城，移師鍾祥。六月，張正謨兵敗被俘犧牲，清軍合兵攻打鍾祥，分路堵剿。王、姚率眾從東南方向張家集一帶脫險而去。乾隆降旨切責永保。十一月，王聰兒等犯棗陽，複渡滾河而西，破呂堰，奔向光化、穀城，圍河南巡撫景安於鄧州魏家集。乾隆斥責永保擁兵萬餘，對義軍僅尾追而不迎擊，將永保逮捕，由惠齡代總統軍政。 正當湖北義軍的鬥爭陷於困境時，四川白蓮教異軍突起。嘉慶元年（公元1796年）九月十五日，達州白蓮教首領徐天德舉義旗於當地亭子鋪，旬日間有眾萬人。接著，王三槐等暴動於東鄉，也聚眾萬人。界連漢南的川東各州縣迅速燃遍烽火。乾隆命陝西巡撫秦承恩、四川總督英善率兵進剿。這些人貪生怕死，畏懼不前。義軍越戰越勇，十一月捕殺清總兵袁國璜、何元卿、都司百壽等。十二月，又有巴州羅其清等起於方家坪、通江冉文濤等起於王家寨、太平龍紹周等起於南津關。大年三十，徐天德、王三槐等揮師攻破東鄉城。白蓮教起義迅速在四川形成燎原之勢，清朝急忙調陝甘總督宜綿赴達州指揮征剿。廣州將軍明亮、都統德楞泰等一批悍將也移師入川。嘉慶二年春，在四川地方鄉勇的密切配合下，清軍先後攻破張家觀、清溪場、金峨寺、重石子、香爐坪等義軍。在白蓮教徒中享有很高威望的孫士風在戰鬥中犧牲，徐天德、王三槐等部都陷入困難之中。
五月，湖北義軍王聰兒、姚之富部和李全以及王廷詔部合為一路，由紫陽白馬石北渡漢水進入陝西。乾隆對惠齡隻能跟在義軍後麵轉十分惱怒，奪惠齡官銜世職花翎，由宜綿總統軍務。起義軍沒有久留陝西，迅速分道入川。王、姚部由通江竹峪關進入四川，與四川義軍會師於東鄉。川楚各文義軍約定按青、黃、蘭、白分號，並確立掌櫃、元帥、先鋒、總兵、千總等職建製。這時，清軍從各處調集兵馬會剿東鄉。為了打破敵人圍剿，八月，王聰兒、姚之富率本部經雲陽、奉節，沿江東下，再入湖北。沿途百姓響附，人數增至數萬，聲勢大振。李全則踞開縣南天洞、火焰壩，旋奔襲雲安場，謀攻夔州。徐天德圍打巴州，羅其清、冉文濤攻儀隴。史稱“川楚賊氛愈熾”。九月，為了對付義軍的分股流動作戰，清朝製定分兵專剿的軍事計劃：王聰兒、姚之富“尤為賊中緊要之犯”，指責明亮、德楞泰“專心設法擒獲”；責成宜綿剿殺四川徐天德、王三槐、羅其清、冉文濤；責都統威勇侯額勒登保剿殺巴東義軍；責將軍觀保等剿殺老木園陳崇德部義軍；責惠齡、恒保剿殺安康李全部。“彼此各辦各賊，不拘何路，擒獲賊首，即屬該處帶兵大員之功。何路任賊縱逸，即係該處帶兵大員之罪”。為了加強清軍的指揮力量，十月間乾隆令宜綿回任陝甘總督，命湖廣總督勒保總統軍務。十二月，勒保對各路清軍訪察之後，認定官軍征剿不力的症結，在於對付不了義軍流動作戰的戰術。他說：
“……川陝楚三省犬牙交錯，綿亙數千裏，崇山峻嶺，處處有險可恃，有路可逃。及官兵擇隘堵禦，賊又向無兵處滋擾，以致有賊之地無兵，有兵之地無賤”。
為此，他建議以層層逼剿對付流動作戰。鑒於“陝楚兵多賊少，川省兵少賊多”，一方麵要求陝楚各路官兵嚴密截堵，不許義軍從陝楚入川；另方麵從川東開始進剿，清一路再進一路。乾隆答應勒保的征剿設想。
嘉慶三年五月，王聰兒、姚之富以高均德偏師從漢中踹淺渡越北岸，直奔城固、洋縣，吸引了明亮、德楞泰主力，自己則率大隊人馬乘虛從石泉渡漢水，再與高均德會師，東向漢陰。乾隆降旨責明亮舍王、姚主力而猛追高均德，“正墮賊計”，殆誤軍機，奪職戴罪立功。
二月，王聰兒、姚之富、高均德由鎮安、山陽北上。李全、王廷詔則分道由城固、南鄭北出寶雞，向東攻打眉縣、周至。義軍原計劃分別從西從南二個方向合攻西安。當時陝西巡撫秦承恩母死，本應丁憂回籍。乾隆特準他在任守製。秦承恩唯恐西安有失，急忙從興安回防。李全先遣軍王士奇部在焦家鎮、屹子村被清總兵王文雄擊潰，而王、姚部也被明亮、德楞泰咬住。義軍會師攻打西安計劃未能實現，王、姚率部從陝西山陽退往湖北鄖西，在石河、甘溝敗於清軍，繼而被圍困於鄖西三岔河的卸花坡山溝，糧盡水絕。王聰兒、姚之富不甘被俘，跳崖自殺，年僅24歲。
王、姚部雖被捕殺，但仍有數支義軍實力可觀。六月，清軍重新調整分路征剿計劃。陝西由宜綿、額勒登保負責，專剿義軍劉成棟部；湖廣總督景安負責堵截由川入楚義軍；惠齡、德楞泰等專剿李全、高均德部，如果李全與羅其清、冉文儔合師，惠齡、恒瑞、明亮、德楞泰則合為一路，並力兜擊；勒保專剿王三槐部，“各剿各股，責有攸歸”。
七月，被勒保圍困於雲陽安樂坪的王三槐投降。乾隆欣喜若狂，說“朕於武功十全之外，又複親見掃除氛，成取钜功”。除了勒保晉封公爵外，寵臣和珅亦因“讚襄機宜”，從伯爵晉公爵，戶部尚書福長安也加封侯爵。
王三槐投降後，所部歸冷天祿指揮。十月，冷天祿從安樂坪突圍轉移新寧。其他各支義軍如王光祖、包正洪、蕭占國、張長庚等部也分別攻打江北涪州、忠州等地。徐天德則率部直趨大竹、鄰水。就在這一時刻，嘉慶四年（公元1799年）正月三日，乾隆去世。臨死前，他“以軍務未竣，深留遺憾”執著嘉慶的手“頻望西南”。 太上皇一死，嘉慶掌握了實權。正月四日，他頒諭說，鎮壓白蓮教起義，曆經數年，糜餉至數千萬兩之多而尚未蕆功者，“總由帶兵大臣及將領等全不以軍務為事，惟思玩兵養寇，籍以冒功升賞，寡廉鮮恥，營私肥橐”。為了加強軍事力量，他撤換了統兵官員。任命勒保為經略大臣，各路帶兵將領均受節製。罷年老多病的宜綿陝甘總督之職，令“才具本短”的陝西巡撫秦承恩回家守製。不久，又將秦承恩以“從未身親督率”等罪，押回北京。三月，又罷湖廣總督景安之職。經過一番大力整頓，雖然強化了清軍的指揮，但直至嘉慶九年，波及湖北、四川、陝西、河南、甘肅5省的白蓮教起義，才最終被平定下去。
白蓮教起義雖然失敗了，但它沉重地打擊了清王朝的統治。
如果說王倫起義是乾隆朝從盛入衰的轉折，那末，川楚陝白蓮教起義，則宣告維持百餘年的“康乾盛世”至此結束，大清帝國在迅速滑坡。
五、撒手西去
從嘉慶三年（1798年）開始，太上皇顯得很疲倦，史書上記載他“心體焦勞，因勤政導致積勞成疾”，有時身體好一些，又“訓政不倦，召見臣工如往常一樣”。到了嘉慶四年（1799年），在太上皇身邊的臣仆都知道：太上皇要龍馭上賓，升天了。正月初一，新年第一天總還算平安。第二天早晨，乾隆還盼望著前方送來勝利的捷報，並寫下了生平最後一首詩：
三年師旅開，實數不應猜。
邪教輕由誤，官軍剿複該。
領兵數觀望，殘赤不勝裁。
執訊速獲醜，都同逆首來。
當天晚上，弘曆病危，緊急召見嘉慶。看著年近九旬的老父親就要離開他手創的“乾隆盛世”，離開大清帝國，雖已成年的嘉慶帝仍止不住流淚。弘曆示意兒子靠近些。嘉慶跪著向前挪了幾步。太上皇已經不能說話，但他神誌仍然很清醒。他拉著兒子的手，多次把頭和目光移向西南。嘉慶明白父親的心情，哭著說：“父皇請放心，兒臣一定盡早平定西南‘叛匪’，父皇等著捷報吧！”乾隆聽了兒子這番話後，安詳地點了點頭，閉上了雙眼，永遠地離開了他依依不舍的人間，這時時間已指向正月初三的淩晨。
根據乾隆帝臨終麵諭“萬年以後，當以稱‘宗’為是”，嘉慶帝為太上皇上廟號，稱為“高宗”。
乾隆病逝的同一天，他的遺詔在全國發布，對自己的一生作了如下評價：
“朕自從即位以來，一天比一天謹慎。當承繼祖父開創平和局麵時，不敢有更高的奢望。我覺得帝王的德性，隻在敬崇上天，效法祖宗，勤於政事，體愛民眾這四個方麵，而這四方麵，知道並不難，難的是做起來難。幾十年來恭恭敬敬，虔虔誠誠，每次郊壇祭祀，都親自拜往，不因為年齡日高而稍有安逸之念。中間四次到盛京（沈陽）拜渴祖宗陵寢，回首創業的艱難，更加體味到守成的不易。萬機事理，都躬親披攬，宵旰瀝膽，忘記疲勞，引見臣僚，批答奏章，一天也沒有間斷過。各省雨水豐歉，時刻不忘。共六次南巡江浙，考察河工海塘，關懷民疾，如保赤子。五次普免天下錢糧，三次普免南方漕糧，二次免除積欠，遇到水旱等災，又免又賑濟，總計不下億萬萬，隻希望百姓富足，國家安定。仰賴上天祖宗保佑，海宇升平，疆域擴充，平定伊犁、回部、大小金川，緬甸來朝，安南臣服，以及底定廓爾喀，舟船車馬所到之處，無不舉手稱臣。凡這些戰爭，都是不得已而用兵……”
乾隆遺詔，如果就乾隆五十年以前的國內局勢而論，大體上還是恰當的。乾隆初期中期，的確做到了國強民富，“全盛之勢”，但到了乾隆晚年，形勢已大有變化。遺詔有符合實際的一麵，也有諱過揚功之處，無法據此對他的一生功過做出全麵評價。
嘉慶四年（1799年）九月，創造清代史的“全盛之勢”的乾隆帝，葬於河北遵化馬蘭峪裕陵。 弘曆登極的第七年便開始為自己營造陵墓，最初打算和他父親雍正的陵墓在一起，定在河北易縣西永寧山下的西陵，並已選好了穴位。後來，為使東、西兩陵“香火並續”，又改選了東陵。建陵時，正值清王朝國力鼎盛，財富積累頗多，所以整個工程耗銀也很多，達二百餘萬兩。其中地宮規模浩大，僅用在漢白玉雕刻上就達八萬個工。裕陵地官是九券四門無梁柱的拱券式石結構建築，券頂和四壁雕刻著四大金剛、五方佛、五欲供。內壁上刻有三萬多字的梵文和番文經咒。地宮四道石門的八扇門上各雕刻著四大天王座像。地宮最後的部分，即主要的墓室，正中寶床上停放弘曆的金棺，東側為兩位皇後（孝賢皇後和嘉慶帝的母親孝儀皇後）的靈棺，兩側為三位皇貴妃的棺柩。