師子成為了南匈奴單於，那些投降的北匈奴人因受安國之恩、師子之欺，他們很不樂意。ＷｗＷＣＯＭ所以他們集合了五六百人，準備夜襲師子。幸虧漢將王恬率兵及時趕到，夜襲失敗。但經此一戰之後，降胡與師子之間的矛盾更加激化，終於導致15部餘萬人皆反，脅立師子的堂弟、前單於屯屠何之子、薁鞮日逐王逢侯為單於，正式與師子分道揚鑣！他們殺略吏民、焚燒郵亭廬帳，出塞北去，準備重新建立北匈奴。
9月，劉肇命光祿勳鄧鴻行車騎將軍事，與越騎校尉馮柱、度遼將軍朱徽、烏桓校尉任尚率四萬大軍前去討伐逢侯。而南單於師子這時正與杜崇駐兵牧師城，等著漢朝大軍到來，便一齊揮師北伐。誰知逢侯竟先製人，率萬餘騎前來攻打牧師城。
11月，鄧鴻率大軍來到西河郡美稷縣，逢侯急忙解圍撤兵，往五原郡滿夷穀退去。師子派自己的兒子率兵萬騎、杜崇率四千騎，與鄧鴻大軍會合，一路追擊逢侯至大城塞，斬4千餘人。接著，任尚更率鮮卑、烏桓之兵繼續追擊至滿夷穀，又是一場大勝，前後共斬17千餘人。逢侯率殘兵出塞北逃，漢兵未能遠追，選擇退兵回國…這樣，本來一個好好的南匈奴，又分裂成了南、北二部。
本年，武陵郡漊中蠻叛亂，被平定。
本年，劉肇任命大司農陳寵為廷尉。陳寵執法，務從寬恕。開始改變劉秀光武中興以來的執法刻敝之風。
本年，劉肇又想任命尚書令黃香為東郡太守。黃香推辭自己不適宜做地方長官，還是中央這種宮台煩事適合自己。劉肇同意了，繼續讓黃香留任尚書令，並增秩二千石，甚見親重。
永元7年（95）1月，鄧鴻留下馮柱率虎牙營駐守五原郡，自己率大軍回國。可一回去，就被彈劾率大軍逗留失利，下獄論死。緊接著，朱徽、杜崇激化師子、安國二人的矛盾，又用不正當手段禁止安國上書，以致造成南匈奴離叛…這諸事也被揭出來，二人也下獄論死。
4月1日，日食。漢和帝劉肇集合公卿、將、大夫、禦史、謁者、博士、議郎、郎官集議，命眾人推薦寬博有謀、才任典城者人，全部任命為郡守、國相。7月6日，趙國易陽縣地裂。9月5日，京師洛陽地震。
本年，劉肇的四伯、樂成王劉黨因殺害無辜，被削去東光，鄡二縣。
永元8年（96）月14日，劉肇立陰麗華大哥陰識的曾孫**氏為皇後。賜下男子每人二級爵位；三老、孝悌、力田者每人三級爵位；流民每人一級爵位。鰥寡孤獨等社會弱勢群體每人粟5斛。
4月18日，樂成王劉黨去世。其子劉崇繼立，但次月又馬上去世。因無子而暫時國除。
19日，劉肇下詔賑濟並州四郡貧民。5月，河內、陳留二郡蝗災。
5月，南匈奴右溫禺犢王烏居戰反叛漢朝，率眾出塞。7月，度遼將軍龐奮、越騎校尉馮柱奉命追擊，大勝而歸。將其餘眾萬餘人安置於安定、北地二郡。7月，戊己校尉索覠準備廢掉車師後王涿鞮，涿鞮認為漢朝這定是聽信了車師前王尉畢大的挑唆，一怒之下，就率兵前去攻打車師前國，俘虜了尉畢大的妻子。
8月，劉肇下詔對下刑徒減死罪一等，往敦煌郡戍邊。犯大逆者處以宮刑。各種犯罪皆可納錢贖罪。
9月，京師洛陽蝗災。漢和帝劉肇下詔罪己。
1月日，六年多前以漢章帝劉炟遺詔名義複立的北海王劉威因非劉睦嫡子，又被人告誹謗朝廷，有罪自殺。北海國暫時國除。
本年，護羌校尉貫友去世，漢陽太守史充繼任之後，便征起湟中的羌胡大軍，出塞攻打迷唐。結果反被迷唐殺敗，傷亡數百人。史充被罷官，由代郡太守吳祉繼任。
永元9年（97）1月，永昌郡徼外蠻夷及撣國遣使奉貢。
月，西域長史王林擊斬車師後王涿鞮。
4月8日，劉肇封劉黨之子劉巡為樂成王。恢複除國近一年的樂成國。
5月，漢和帝劉肇封陰皇後的父親、屯騎校尉陰綱為吳防侯，以特進就第。
6月，下旱、蝗之災。日，劉肇下詔：今年為蝗蟲所傷的地區免收租賦，其他地區減半征收。山林池漁也免收租稅。7月，蝗蟲飛過京師洛陽。
8月，鮮卑侵犯遼西郡肥如縣。遼東太守祭參因罪下獄論死。
當年，竇憲和鄧疊、郭璜等人想搞宮廷政變，廢掉漢和帝劉肇。竇太後應該是知道的。可當竇氏倒台，重要骨幹幾乎全數被滅後，竇太後卻仍安然盤坐後宮，也許生死較量就在這一刻了？
生死較量？竇太後有沒有這樣想，沒人知道。但漢朝各大門派都站成了圍觀姿勢，隻要盟主劉肇一聲號令，竇太後就等著被五掌分屍了。但接下來生的一幕，眾人無不驚呆了。隻見劉肇對著自己這位養母注目良久，就轉身離開了。並傳話道“沒我的命令，誰都不許動太後”
為什麼會這樣？劉肇沒，眾人也不敢問。就這樣，竇太後毫無損的繼續在後宮呆著。雙方這樣僵持著，一晃就是五年多。終於閏8月14日，漢和帝劉肇的養母、竇太後去世。