所謂蓋亞意識，便是所有生命意識的集合體，生物喜怒哀樂情緒的集合體，也可以看做星球的意誌，當時的地球，智慧生靈尚未誕生，就連蓋亞意識也不過如同人類嬰兒期一般，懵懵懂懂，若是亞特蘭蒂斯安分點尚好，便是壞在亞特蘭蒂斯人驕傲自滿，自以為擁有著神明的力量。
在入侵地球時便使用自己強大的精神，連接當時地球所有的幼生蓋亞意識，企圖徹底占有這顆星球的意誌！便是此舉，讓懵懵懂懂的幼生蓋亞意識感到了惡意與危機，開始了殊死反抗！
而蓋亞意識雖然沒有成熟，尚未有智慧，但正是這樣，才是最可怕的，因為嬰兒是不會顧及什麼，討厭或是對一個事物產生惡意，隻會使用最原始最暴力，最直接的方法讓其消失。
於是地震、火山、冰河，一切災難襲來，地球上的原有生命遭到慘重打擊，導致幼生蓋亞意識的力量也大幅縮水，但同時，亞特蘭蒂斯也遭受了前所未有的打擊，精神方麵，蓋亞意識雖然處於幼生，但畢竟是一個星球生物意識總量，而且，地球是屬於蓋亞意識主場，精神上，亞特蘭蒂斯三眼神族自然無法與蓋亞意識對抗。
而物質上，雖然亞特蘭蒂斯族科技了得，不懼災難，但如何能和地球玩持久戰？在蓋亞意識全力反抗下，絲毫補給都得不到，很快便資源耗盡，最終遭遇莫大災害，損失殆盡。
蓋亞意識也給出了最後一擊，大洪水，掀起大洪水，企圖徹底滅絕亞特蘭蒂斯，同時，若是大洪水的話，地球生命尚有重新孕育的機會。
那時候，亞特蘭蒂斯自然不可能全然不反抗，亞特蘭蒂斯文明，將自己最為核心的磁歐石分作九塊，製作了九件集合亞特蘭蒂斯所有科技結晶的神物，這件神物是針對亞特蘭蒂斯文明一族特有的身體，配合強大的精神力，可以直接入侵蓋亞意識的神器！
但卻不想，這神器完成之前，資源耗盡，卻是被蓋亞意識先下手，從精神上，反侵三眼神族，被滅族。
而亞特蘭蒂斯文明毀滅之後，其製作的人工智能，卻是將亞特蘭蒂斯文明最後一座城池拉入了虛空當中，執行亞特蘭蒂斯最後的計劃...
“最後的計劃？！”高永不由問道。
光明聖子聽到高永的疑問，不由笑了笑，卻是沒有回答，而是指著遠方，那光線朦朧之地說道。
“那便是第三階梯了，亞特蘭蒂斯遺跡最中心的聖地，最後計劃中一部分就是完成那九件神器，這神器原本也在那個地方，在幾十年前，被到來的九位能力者取走了這九件神器，稱之為王印！”