第一卷：走上戰場。主人公李居仕是一個福州富商之子，父親望子成龍，命他讀書習武，希望金榜題名。而他的摯友阿昆則是揚威鏢局的一個普通鏢師。因倭寇肆虐，江南武林正派欲聯合起來抵抗倭寇，在福州召開了武林大會。同時，當朝帝師，太傅徐齊候回福州省親。武林大會期間，突然傳來消息，前來參加大會的南少林長老因智大師被倭寇用凶邪無比的東瀛魔刀“冥牙”殺死。於是各派武林中人就圍繞搶奪這把魔刀互相勾心鬥角，反而使大家更不齊心。曾入閩抗倭的俞大猷被奸臣陷害，其得力部下歐陽正雷不得不在參與陷害俞大猷的胡宗憲手下任職，趁太傅徐齊候省親之時彈劾胡宗憲。其後，主人公李居仕無意間幫助了奸臣陷害歐陽正雷，使其被關入天牢。李居仕愧疚不已，在歐陽正雷母親的教誨下立誌繼承歐陽正雷的誌向，掃滅倭寇。同時戚繼光正式入閩抗倭。
扶桑本土，德川家康漸成勢力，命東瀛第一高手最上雅率部來福建劫掠各種物資及財寶做為其稱霸扶桑的本錢，同時也為了尋找對爭取扶桑民心極為重要的一份天皇詔書，成為最有威脅的一股倭寇。李居仕上京趕考離開福州，但奸臣剛愎自用胡亂指揮，將福建總兵萬莫敵調離福州，致使福州被倭寇攻破，損失慘重。李居仕聞訊趕回福州，麵對著和倭寇的國恨家仇，不顧家人的反對，毅然放棄趕考，走上了抗倭的道路。
第二卷：泉州之亂。天竺（印度）的莫臥兒王朝到了空前鼎盛的時期，由於天竺是政教合一的政體，所以其統治者也是國教天竺教（印度教）的領袖。為了鞏固其對天竺的統治，天竺王子阿難摩葉自命為創造神梵天的轉世，成立極端宗教組織“大真義教”發動“淨世”，以殘酷手段剿滅除天竺教外的任何教派。佛教首當其衝，大批僧侶及信徒被血腥屠殺，大批佛經被燒毀而失傳。佛第六十一代祖達·莫羅為重振佛教，也為了逃避追殺來到大明求見嘉靖帝。在達·莫羅懇求下，嘉靖帝同意將一批重要佛教物品還給達莫羅，其中包括：梁武帝時期佛第二十八祖喬·達摩帶到中原的佛祖袈裟和佛祖禪杖，達摩來中原時帶來的及唐三藏法師西天取經時傳到中土大量佛經的抄本，鄭和下西洋時帶回來的佛祖釋加牟尼的牙齒。
達·莫羅等人前來泉州迎回釋加牟尼的佛牙，同時大真義教派來的以大自在天（被阿難摩葉任命為破壞神轉世，而直接使用了破壞神的名字）為首的一眾天竺高手也前來中土刺殺達·莫羅及破壞佛家寶物，。武當，南北少林等各路武林高手為了義助佛祖也紛紛前來泉州。期間李居仕及阿昆等朋友得到武當掌門舟遠道長的賞識，在其指點下武功大進，也參與保護佛祖及寶物的行動來。
同時，西洋的資本主義進入快速發展的時期，資本主義者為了完成資本積累到處掠奪，以遠東英商會長威廉為首的“黑獵人”集團也盯上了佛家寶物。而浪漫的法國魔術師古久裏愛上了福建總兵萬莫敵的大女兒萬天歌，萬天歌也參與保護佛祖的行動，古久裏與其外國友人也前來相助，“黑獵人”集團的殺手利用此機會接近佛祖眾人展開搶奪寶物的計劃。
自然也少不了倭寇們，德川家康在扶桑國內采取抑製佛教的政策，扶桑的教派一向宗也欲搶來這些佛家寶物以重振旗鼓，令最上雅等忠誠於德川家康的倭寇也參與進來破壞一向宗的計劃。嘉靖帝亦反悔將佛牙返還給達·莫羅，秘密派錦衣衛高手欲搶回佛牙。眾多勢力在泉州圍繞著這些寶物展開一場血腥的撕殺……