鄧禹、鄧弘沒有接受馮異的建議。為搶軍功，鄧禹令鄧弘出擊赤眉軍，赤眉軍佯裝敗退，丟棄輜重而逃。但這些輜重上裝載的全是土，隻是在最上麵覆蓋了一層豆子。鄧弘的士兵饑餓，見到豆子，爭相收取。這時赤眉軍殺了個回馬槍，鄧弘潰敗。幸得馮異與鄧禹合兵救援，才使得赤眉軍稍微退去。馮異認為士卒饑倦，應當暫時休整，鄧禹不聽，又與赤眉軍交戰，最終大敗而回，死傷三千多人。此戰之後，鄧禹隻帶著二十四騎逃回宜陽；馮異則拋棄了戰馬，隻帶著幾個人爬上回溪，和幾個部下逃回營寨。此後，馮異堅守不出，聚攏散卒，召集各營寨人馬數萬，與赤眉軍約期會戰。
在會戰的前一天，馮異令手下壯士把眉毛染成紅色，並穿上赤眉軍的衣服喬裝成赤眉軍，預先埋伏在道路兩側。會戰當天早上，赤眉軍用一萬人的部隊攻擊馮異前部，馮異分出一小部分兵力救援前部。赤眉軍見馮異軍勢弱，於是集中兵力攻打馮異。到了下午，待赤眉軍氣勢衰減，伏兵加入戰鬥，因為裝扮一樣，赤眉軍不能識別，都驚散潰逃。馮異率兵追擊，在崤底大破赤眉軍，收降男女八萬人。餘眾尚有十多萬，向東逃到宜陽，又陷入劉秀重兵的包圍中。赤眉軍幾次發起進攻，始終不能突圍，赤眉軍首領樊崇等人在糧盡力竭的情況下投降了劉秀。
戰後，劉秀下璽書犒勞馮異：“赤眉得破，眾將士勞苦功高，開始雖然在回溪折戟大敗，可最終能在黽池一戰中奮起，可以說是早上失去的，在晚上收回了。”
擊敗赤眉軍後，馮異率軍平定關中，經過三年的治理，關中地區一片繁榮景象。有人上奏劉秀：“馮異威望崇高，深得民心，恐怕會在關中稱王。”劉秀毫不理會，將奏章交給馮異。馮異看後惶恐不已，劉秀安撫他說：“我和將軍，名為君臣，情同父子，我們之間還有什麼嫌疑呢？將軍不必懼怕。”後來馮異從關中到洛陽朝見，劉秀對著眾臣說：“我剛起兵之時，馮異當我的主簿，後來為我披荊斬棘，平定關中。當初我在河北陷入絕境時，馮異為我進獻豆粥和麥飯，這些深情厚意，我到現在還沒有報答！”馮異叩頭拜謝，在洛陽逗留十多天後返回關中。為了徹底消除馮異的疑慮，劉秀讓馮異的家眷一同前往關中。
雲台二十八將：漢光武帝劉秀麾下的二十八員大將。漢明帝時期，明帝追憶當年隨其父皇打江山的功臣宿將，下令繪製二十八位功臣的畫像供奉於洛陽南宮的雲台，所以他們被合稱為“雲台二十八將”。他們是鄧禹、吳漢、賈複、耿弇、寇恂、岑彭、馮異、朱佑、祭遵、景丹、蓋延、銚期、耿純、臧宮、馬武、劉隆、馬成、王梁、陳俊、杜茂、傅俊、堅鐔、王霸、任光、李忠、萬脩、邳彤、劉植。