一般來說，在《韻補》中，那些古音相通的韻部字不在基準韻的葉讀之列，它們隻是作為反切下字使用或出現在韻證材料的韻語中，以作為葉讀音的證明。例如，六脂七之八微十二齊十五灰皆注曰“古通支”，這些韻部的字僅出現在五支韻譜的切語中和韻文中，除非是聲調不同或語音產生變化而與本韻部不葉，隻有那些轉聲相通的韻部字或其他不能相通的韻部字才在葉讀之列。例如平聲五支韻譜見母係列葉韻字：
［皆］（堅奚）箕，［階］梯迷，［喈］奇，［偕］畦，［街］攜離儀螭，［佳］眉，［垓］頤，［該］恢，［陔］淒。
［乖］（公回）微幾。
［加］（居之）施，［嘉］宜，［歌］夷。
［娃］（涓畦）姬施，［蠲］圭宜。
有必要說明一下本文的研究例式。加方括號［］的字為需要葉讀的字，半圓括號中二字為反切葉讀音，其後為音證材料中的韻語字或聲訓、異文和諧聲偏旁字等，每組小韻內部以逗號隔開。下列《韻補》原文以示之（原注釋雙行書寫，今為排印方便，與韻字同行排列，並略加標點）：
○乖，公回切，睽也。《漢律曆敘傳》：“官失學微，六家分乖。壹彼壹此，庶研其幾。”
其葉韻方式則為：［乖］（公回）微幾。
○娃，涓畦切。江淹《空青賦》：“楚之夏姬，越之西施，趙妃節後，秦娥吳娃。”二。蠲，潔也。《儀禮》：“哀子某，圭為而哀屬之。饔！”注雲：“《毛詩》吉圭為饎。”今作蠲。揚雄《太常箴》：“我祀斯祗，我粢孔蠲。匪僭匪忒，君子攸宜。”
其葉韻方式則為：［娃］（涓畦）姬施，［蠲］圭宜。
以上《韻補》見母係列葉音字中，“皆階喈偕乖”並為《廣韻》皆韻字，“街佳娃”佳韻字，“垓該陔”咍韻字，此三韻皆“轉聲通支韻”，並在葉讀之列。它們必須經過葉讀支脂之微齊灰韻字後（見下）才能與音證材料中的韻文相葉。其音證材料除韻文外，有時還包括聲訓、文字諧聲和經籍異文等（如《周禮》《毛詩》圭蠲異文）。其他“加嘉歌蠲”等葉韻字則為非轉聲通支者，也在葉讀之列。吳棫認為這些字古有支韻一讀。
根據《韻補》古音相通的原則和切語字與音證材料中韻字的關係，我們就可以大致歸納吳棫《韻補》的音係。例如，既然吳棫說六脂七之八微十二齊十五灰古音通支韻，再將其韻證材料的韻字與切語字歸納，於是可得其今音部類。如上述支韻譜見組係列就含有下列韻部字：
支韻：奇離儀螭施宜施；
脂韻：眉淒夷；
之韻：箕頤之姬；
微韻：微幾；
齊韻：奚梯迷畦攜圭；
灰韻：恢回。
可見，切語字與韻字分布與其古音相通的條例是一致的。在吳棫看來，這些韻部及其韻字古音是相通的。但我們仔細觀察後就會發現，在《韻補》葉韻體係中，吳棫所言古音相通否，往往是以他的今音來衡量的。例如江韻字，古音與東鍾韻通，而今音則與陽唐韻合並，因此，吳棫認為，江韻古通陽而轉聲通東，故在他的陽韻韻譜裏，江韻字可以用作反切下字或出現在韻語中而作為音證材料使用。所以他的古音係統其實就是他的今音係統，而正因為如此，我們就可以利用《韻補》提供的這種葉韻方式來研究吳棫的今音音係了。
研究《韻補》音係的韻母係統是係聯切語下字與書證材料中的韻字（如上），研究聲母係統則可以比照小韻反切上字與該韻組內的聲紐關係，如［皆］小韻堅奚切，可以通過“堅”聲紐來比照被葉字［皆］［階］［喈］［偕］［街］［佳］［垓］［該］［陔］之間的聲紐是否一致性關係。本文的研究思路基本上是如此。
關於《韻補》的編寫體例，1985年賴江基先生發表了《韻補釋例》一文，對其中一些問題作了很好的闡釋，但其研究並沒有引起人們的重視。例如，有的文章在討論宋代閩籍詩人魚尤相韻的特點時，就使用吳棫《韻補》上聲語韻韻譜中葉韻字“口”葉音孔五切，“走”葉音子與切等作為旁證材料。此類錯誤實不明《韻補》編寫體例所致。
下麵再談一下當時學術大環境問題。
以等韻學原理編寫韻書是當時學術大環境所致。韻書內部按五音類別安排小韻，唐五代韻書已肇其端，如敦煌卷子編號為“伯二四○四”、“伯二四○五”、“伯二四○六”等韻書殘卷即如此。至宋人編纂《禮部韻略》和《集韻》時，更是繼承發揚之。二書在舊韻的框架下，每個韻部內部基本上以聲類相近原則排列小韻，並對其中一些小韻字的反切讀音做了必要的改動，甚或移並一些小韻在其他韻部（《集韻》尤甚），以反映實際語音的特點。隻是受舊韻的束縛，難以做徹底的改革，不能像韻圖那樣，完全按照同一組聲紐序列關係編排韻字，隻能在其內部做些調整，除非打破舊的體係和框架。其後做徹底改良的是《韻補》、《五音集韻》和《古今韻會舉要》等書，一以五音聲類排列為序。由於《切韻》音係經過數百年的發展，已難以適應宋代實際語音的變化情況，當人們在編寫韻書的時候，就不得不思考一種新的編撰方式：以等韻學原理為指導，貫徹聲韻結合的原則，既能照顧舊韻模式，又能反映時音特點。這是韻書編撰觀念上的更新，這種觀念上的更新還表現在那些以反映時音為主的等韻圖的編排上。於是，諸如《切韻指掌圖》和《四聲等子》等書便應運而生。