戰後伊斯蘭聯盟加強活動，群眾影響日益擴大，1921年，其成員達到250萬人。同社會民主聯盟有密切聯係的伊斯蘭聯盟的激進派力量也有了很大發展，激進派領袖司馬溫1923年成了印尼共產黨的主席。這時候，荷蘭殖民當局極力挑撥共產黨和伊斯蘭聯盟之間的關係。1922年10月，伊斯蘭聯盟第六次代表大會決定聯盟成員不得加入其他組織，從而導致伊斯蘭聯盟的分裂。擁護共產黨的支部自稱為紅色伊斯蘭聯盟，並建立了自己的中央組織。1923年底，紅色伊斯蘭聯盟改組為人民同盟，成為共產黨領導下的工農群眾組織。人民同盟以共產黨的綱領作為行動指南，廣泛開展農村工作，開辦識字學校，並與荷蘭當局一手策劃成立的由農村封建官僚、高利貸者和流氓地痞組成的“綠色同盟”相對抗。1924年，人民同盟的盟員達3.3萬人。
1925年是印尼罷工鬥爭及其他群眾鬥爭進行得轟轟烈烈的一年。爪哇、蘇門答臘等島嶼城鄉的印刷、醫院、碼頭、海員、機器、電力、船塢、種植園等行業工人多次舉行罷工鬥爭，華僑也參加了罷工。印尼共產黨中央做出了準備武裝起義的決定。荷蘭殖民當局的鎮壓暴行終於導致1926—1927年的武裝大起義的爆發。
1926年11月12日晚，在印尼共產黨領導下，武裝起義首先在首都巴達維亞（即後來的雅加達）爆發。起義委員會率領郊區農民起義者向市區進發，攻擊了警察局、監獄、電話局、火車站和其他政府機關，設置路障，切斷對外地的交通運輸線，同荷蘭殖民軍隊進行的激烈戰鬥持續到14日夜晚。同時，遍及爪哇島的幹冬圩、文登、萬丹、勃良安、梭羅、北加浪岸、諫義裏等地區也相繼發生起義。
特別是伊斯蘭教徒眾多的萬丹地區，群眾鬥爭英勇而頑強。他們切斷公路和電話線，破壞橋梁，阻攔鐵路運輸，進攻火車站，襲擊作惡多端的軍警官吏的住宅，懲辦了許多民憤極大的區長、副區長、警察所長、警察等。麵對人數眾多、裝備精良的荷蘭殖民軍隊，起義者勇敢戰鬥，堅持起義達一個月之久。
1927年1月1日，西蘇門答臘在共產黨領導下又爆發了大起義。在準備起義的過程中，甚至得到了一些荷蘭士兵、荷蘭和其他歐籍商人的支持。起義者控製了不少城鎮，積極破壞鐵路、橋梁，大量殺傷荷蘭殖民軍隊。麵對敵人的殘酷鎮壓，起義者前仆後繼，英勇獻身，出現了許多可歌可泣的英雄事跡。蘇門答臘大起義也堅持了一個月，而城鎮小規模的戰鬥持續了3個月，直到1927年3月才宣告失敗。
荷蘭殖民當局鎮壓起義以後，立即殘酷迫害革命力量，不僅宣布印尼共產黨為非法，解散所有進步的工會等群眾組織，而且逮捕了2萬人，判處4500人徒刑和死刑，流放了1000多人。在白色恐怖下，印尼共產黨仍堅持地下鬥爭，到1931年又重新建立起來，開展各種秘密活動。
帝國主義國家經濟危機爆發以後，荷蘭當局加強對海員的壓榨，一再降低海員工資，從而激起海員的強烈不滿。1932年12月，在共產黨的秘密組織下，700餘名海員在泗水舉行示威和集會，通過決議向荷蘭國防部長抗議，並且拒絕執行各戰艦的航行任務。荷蘭當局被迫把原定降低海員工資7％改為4％。為了分裂海員的團結，荷蘭當局命令“七省號”巡洋艦離開爪哇島出海。1933年1月，泗水工人多次舉行大會和遊行示威，荷蘭當局鎮壓群眾，逮捕了10多名參加集會的水兵。為了抗議荷蘭當局的暴行，許多艦船的印尼和荷蘭船員拒絕工作，為此，又有830多人被捕。消息傳到正在航行途中的“七省號”，印尼和荷蘭水兵十分憤怒，並於2月4日夜間舉行了起義。起義水兵奪取武器裝備，控製了軍艦，把軍艦開入公海以便駛回泗水。其他艦船也在準備發動起義。荷蘭當局聞訊十分驚恐，緊急派出軍艦和飛機，在巽他海峽轟炸“七省號”，起義水兵被迫停止戰鬥。但“七省號”的水兵起義，顯示了印尼和荷蘭水兵的革命團結，打擊了荷蘭殖民統治，鼓舞了印尼人民的反帝鬥爭信心。
1926—1927年大起義以及1933年2月的“七省號”水兵起義，是印度尼西亞曆史上規模最大的民族大起義。起義受到各個愛國階層的廣泛支持，工人、農民、學生、知識分子、婦女、職員、士兵、穆斯林以及華僑、荷僑、歐僑乃至荷蘭士兵等都投入了鬥爭。起義鍛煉了印尼共產黨人，充分顯示印尼各族人民不畏強暴和為民族獨立獻身的鬥爭精神。尤其是荷蘭士兵也參加了起義，這在亞洲殖民史上還是首次，它不僅震撼了帝國主義國家在亞洲的統治，揭示了世界資本主義穩定的虛弱本質，對於殖民地半殖民地被壓迫民族特別是亞洲各國人民的民族解放運動，也起了巨大的鼓舞和推動作用。