三藩之所以失敗，其主要原因是他們不顧人們渴望和平安定的願望，為了一己私利，倒施逆行，不得人心，遭到全國上下的一致聲討。吳三桂早先投降清朝，又鎮壓人民抗清鬥爭，作為貳臣早已聲名狼藉。明末以來曆時四十年之久的戰爭剛剛結束，階級矛盾已相對緩和，人民希望和平統一安定，不願戰爭；再加上吳三桂戰略上的失誤，致使三藩失敗。三藩之亂的平定，使國家重新統一，鞏固了清王朝的統治。
康熙帝在平定三藩之亂後，相繼采取了一係列行之有效的措施，使疆域遼闊、人口眾多的多民族的封建國家得以鞏固和不斷強大。清廷的統治權力也得到集中和加強。
（一）軍隊編製得到統一
三藩之亂平定後，清廷對各藩及參加變亂的部隊進行了妥善安置：吳三桂的部隊全部發配到遼寧開原縣東四十裏的尚陽堡，在台站服役，“名曰台尼堪”（意思是台站奴隸）。王輔臣死後，其部隊全被裁減。察哈爾布爾尼叛亂平息後，清廷將跟隨叛亂的各部落安插在義州、錦州等地。與三藩通謀之人如陳夢雷、田起蚊等俱從寬免死，發配到披甲新滿洲為奴。尚可喜、耿精忠、孔有德的部屬，尚之信的弟弟尚之孝等家下所屬壯丁，則分別被編入正黃、鑲黃、正白、正藍旗漢軍旗下。清廷還在荊州、福州、廣州等地增設八旗駐防，廣西、雲南加派綠營兵鎮守，以增強統治力量。
（二）地方官吏的任命權收歸中央，官僚製度得到整肅
三藩之亂平定後，三藩任意坐缺補官的擅權行動被廢止。康熙十九年（1680年），康熙帝諭令：坐名題補“乃一時倉卒奏請，往往不能盡當……徒誤地方”，嚴令“此後坐名題補各員概為停止，吏部仍照例銓補”。康熙二十年（1681年），康熙帝又傳諭九卿詹事科道說：必須從公保舉官吏，“不可以同年同鄉親黨徇情私保，即督撫所舉不當，亦著指陳勿隱”。
從此，舉官用人的大權被收歸朝廷。軍隊編製的統一和官吏任免的整肅，使得清廷的統治權力進一步得到集中和加強。
（三）三藩的暴政被廢除
三藩之亂平定後，康熙帝即宣布廢除三藩所施行的各種虐政。具體措施是：凡是三藩私自征收的賦稅一概禁革，“悉照經製額稅征收”；取消三藩掠取地方的一切政令；將吳三桂占奪的沐氏勳莊田地變價歸並附近州縣，“照民糧起科”；將尚藩在廣東所占田廬、店舍一一奉還於民，其每年征收的數百萬“私市私稅”“盡充國賦，以濟軍需”。另外，清廷還將尚可喜家族在三藩叛亂後奪取的鹽鐵重利歸還百姓。這就使得廣大勞動人民的負擔有所減輕，東南沿海和西南地方的殘破局麵開始好轉。
（四）緩和階級矛盾和民族矛盾，大力發展生產
長達八年之久的三藩之亂，給了清朝統治者以很大的震動。康熙帝認識到：“當吳三桂初叛時，散布偽劄，煽惑人心，各省兵民相率背叛，此皆德澤素未孚洽。”由此，他認真地總結了明朝覆亡和三藩變亂的教訓，指出：“朕閱曆代史冊，見開創之初及守成之主，政簡治約，上下臣民有所遵守。末世君臣變亂成法，朝夕紛更，終無補益。所謂天下本無事，庸人自擾之耳。”從而得出了“久亂之民思治”和“恤兵養民”的結論，並進一步釆取了以下措施：
1.緩和階級矛盾和民族矛盾
三藩之亂平定後，康熙帝將清初製定的圈地、逃人、遷海等加劇民族矛盾和階級矛盾的法令予以廢除或放寬。如，康熙二十三年（1684年）宣布開放海禁；二十四年在全國最終停止圈地；二十五年前後鬆弛了“逃人法”；三十八年（1699年）裁除督捕衙門，使延續六十餘年的大規模的“逃人事件”進入尾聲。這就使全國的社會秩序漸趨平穩，民族矛盾更趨和緩。