一些重要證據可證實王本確實源自《證類本草》的《政和》傳本係統，而決非《嘉祐》。
《嘉祐》雖已亡佚無存、但據嘉祐補注總序雲：凡名本草者非一家，今！籲莩零蘋》平歲平，亭兮布季季，經注雜糅，間以朱墨，圩終甲命，幹章章電。知如《異臺》二；仍為20卷外目錄1卷。而自《證類》弄麼，析分為30卷，目錄1卷。《證類》最重要的改易是將原並為1卷的禽獸部析分為5卷，即人部1卷,獸部3卷，禽部1卷。值得注意的是，在所有《證類》傳本中，人部均未標明上中下三品。因此，原在《新修》《開寶》乃至《亭牢》中列獸部上品的發髮一藥，至《證類》始被移人未標三品/新分出的第15卷人部中。若王本輯自《嘉祐》，其發髮應與《嘉祐》同，置於學等羊昂龍骨、牛黃、麝香之後。而事實上，在王本中此藥被列為拳導了序。顯然，王是據《證類》傳本係統依次抄錄白字《本梟逢》'文，圭餘15卷人部，因《證類》此卷脫漏三品標識，王不得已之下，將之放在下品最末。
王本花與華混用。如木部下品欒平與芫;！。考《新修》悉用華字。而現存所有《證類》的《政和傳本，如.金泰和甲子晦明軒本、明成化四年本、明萬曆本等，皆與王本相同，分別作欒華芫花。
王本杏核人鬱李人等之人字，悉寫作仁，而《新修》殘卷，乃至金泰和本《政和》仍用人字。段玉裁《說文解字注》雲：果仁之字，自宋元以前本草方書，詩歌記載，無不作人字。
蘿率華零砂+亭，乃盡改為仁字。王本用仁，亦其據明刻《證類》
鬥更關鍵的是王本各藥的排列順序。如前所述，《證類》將原僅20卷的《嘉祐》重新組合為30卷，不僅卷帙有改易，即一卷中藥物次序亦大有調整。《嘉祐》目錄已不可見，但成於宋政和六年：仏的《本草衍義》是為了摭補《嘉祐》及《本草圖經》之缺而作，故其目錄應與《嘉祐》有一致之處。雖然《本草衍義》藥數僅為《嘉祐》的一半，但仍可以概見《嘉祐》目錄的基本情況。試比較《新修》《衍義》《政和》、王本玉石部上品《本草經》藥物的排序情況。
對比之下，王本的底本究竟是《嘉祐》還是《政和》，已不言自明。
最後的問題是，王閭運在本草敘中稱嘉祐官本明翻本，而日記又雲政和本草，究竟是王閭運自己沒有弄清楚《嘉祐》與《政和》的差別，還是為了炫耀其底本的古老，故弄玄虛？我們認為是前者。
一方麵王雖以識見廣博著稱，但本草學術非其所長，如前引日記，至光緒九年51歲始注意到《漢書藝文誌》無本草的情況，並專門記諸日記。與其時代相先後的幾位經學大師，如俞樾、章炳麟相比，王素不解醫事，且於醫學文獻甚少用心，其抄錄《本草經》的目的，亦不過為供研習《爾雅》之助。再者,《政和本草》卷一第一篇即為亭補注總敘，王是否即據此誤以為《政和本草》即是嘉祐官本。
破解王本所據底本之謎，也順帶解決了王筠默先生在《神農本草經校證》中提到的一種《神農本草》的版本問題，《校證》附錄二幾種《神農本草經》輯本子目比較，共羅列著者寓目的12種《本草經》輯本，其第9種王筠默雲：據番禺黃省三老醫生於《肺結核實驗新療法》一書1952年12月印於香港，頤廬醫學叢書第3種192頁參考文獻引用第一本書即清謝瀞據明翻刻本校刊的《神農本草》。明翻刻的是宋本還是古本，未作明確說明。編者今年在香港去黃寓，訪求該書，未得。
今按王筠默的描述，此輯本由清謝瀞據明翻刻本校刊，考王本每卷末題長沙善化弟子謝瀞校刊，與之正合，故知黃省三氏所引據者即是王本，並非另有他書。
三、劉本概述
王本雖然成書草率,水平不高，但由於王閭運在近代學界影響較大，故王本於1942年，為劉複《神農古本草經》全文收人。
劉複字民叔，四川成都人，尊經書院弟子，曾創中國古醫學會於上海，編印古醫湯液叢書，《神農古本草經》即叢書第1種。劉本用仿宋聚珍版排印，首冠劉撰《神農古本草經序》，次以王本全文為卷上，其中王本之本說部分，增附顧本逸文13條，又劉複新增逸文27條。卷下為劉撰逸文考異。每卷末列校刊者題名。依次為本說及附餘鎮江弟子顧經重道八楊良柏茂如》校刊；上品末嘉興弟子鄒俶宗道、昆明弟子葉慧齡穎如校刊；中品末嘉興弟子巢元珠曼麟、鎮海弟子夏楨瑞禎校刊；下品末鎮江弟子殷夏禹貢、南彙弟子周元慶兆民校刊；卷下逸文考逸末峨眉弟子賈尚齡鬆浦穴鄞縣弟子陳本榮品福校刊。書末附上海真茹孟金嵩友鬆、鎮海張亦相稼新、鎮江楊良柏茂如等題記，以上諸人，皆劉複古醫學會弟子，編次《神農古本草經》時襄助其事者。
王本成就已不高，劉複又不明王嘉祐官本之所指，誤以為王本即古本，遂奉為圭臬。其序雲：今讀王壬秋先生校刊本，其題記雲，求之六年，嚴生始從長安得明翻本。蓋古本也。古本在茲，三品具備，終始貫通，原為完璧。劉竟不顧王閭運已自陳聊存梁以來之仿佛這一事實，而更認定王本即漢晉世傳之古本。因此，所撰《神農古本草經》爰遵古本，付諸剞劂，不改一字，不移一條，悉仍壬秋先生刊之舊。
在卷下三品逸文考異部分，劉本針對王本無校勘記的缺點，據孫本、顧本及《證類》《太平禦覽》作了一些補校工作，發明無多。惟劉尚能通過對《本草經》體例的研究，發現一些王本分別合並的問題，是其所長。如王本以藥蕪並人芎勞條，劉雲：芎勞味辛溫，其葉藤蕪亦味辛溫，原為兩條，今並為一。證以附子味辛溫，其母烏頭亦味辛溫，品名獨立，各自為條，則可悟芎蒡、藤蕪同類並一之非也。