《本草經》是現存本草著作中年代最早者。此書雖亡佚於宋，但其主要內容通過《本草經集注》《新修本草》《證類本草》得以保存。由於年代浸遠，有關《本草經》的成書年代，曆代說者不一。近現代雖多認為本書成於兩漢，但仍多疑問。本章從書名、訓詁、郡縣等方麵，詳論《本草經》的成書年代。
第一節曆代關於《本草經》成書年代的爭論
曆代有關《本草經》成書年代的論述，說法甚多，歸納起來大致有四：①成書先秦說；②成書兩漢說；③成書漢以後說；④次第成書說。分述如下。
一、成書先秦說
《本草經》冠名神農，故前代好古之士多以之為秦皇焚書以前所作。如陶弘景《本草經集注序錄》雲：此書指《本草經》應與《素問》同類，但後人更多修飾爾。秦皇所焚，醫方、卜術不預，故猶得全錄。"《禮記曲禮下》醫不三世句，唐孔穎達疏雲：三世者，一日黃帝針灸，二日神農本草，三日素女脈訣。
古文獻雖多將《本草經》視為先秦之作，而論其作者，則又有神農、黃帝、子儀、雷公、桐君諸說。
神農所作
漢末已有《神農本草》之名，《周禮"天官塚宰下》唐"賈公彥引張仲景《金匱要略》雲：伊尹以亞聖之才，撰用《神農本草》以為湯液。《太平禦覽卷七百二十一》引皇甫謐《帝王世紀》雲：炎帝神農氏長於江水，始教天下耕種五穀而食之，以省殺生。嚐味草木，宣藥療疾，以救天傷之命，百姓日用而不知，著本草四卷。
而神農說最有力的鼓吹者則是陶弘景，《集注序錄》雲：舊說皆稱神農《本經》，餘以為信然。其後顏之推、孔誌約等，皆據陶說而附會之。《顏氏家訓》雲：典籍錯亂，非止於此，譬猶本草，神農所述，而有豫章、朱崖、趙國、常山、奉高、真定、臨淄、馮翊等郡縣名，出諸藥物。孔誌約序《新修本草》雲:以為《本草經》者，神農之所作，不刊之書也。比至清代，考據大家趙翼，仍迷信陶說，以《本草經》為神農之作，《簷曝雜記》雲：三皇之書，伏羲有《易》，神農有《本草》，黃帝有《素問》。《易》以卜筮存，《本草》《素問》以方伎存。
黃帝、岐伯所作
《帝王世紀》既說神農作《本草》,又雲：黃帝使岐伯嚐味草木，定《本草經》，造醫方以療眾疾。宋寇宗奭《本草衍義序》據此則雲：本草之名自黃帝、岐伯始。其《補注總敘》指掌禹錫《嘉祐補注本草》言，舊說《本草經》者，神農之所作，而不經見。《平帝紀》指《漢書平帝紀》元始五年，舉天下通知方術本草者，所在召傳，遣詣京師，此但見本草之名，終不能斷自何代而作。又《樓護傳》指《漢書"遊俠傳》護少誦醫經、本草、方術，數十萬言。本草之名，蓋見於此。是尤不然也。《世本》日：神農嚐百草以和藥濟人。然亦不著本草之名，皆未臻厥理。嚐讀《帝王世紀》日：黃帝使岐伯嚐味草木，定《本草經》，造醫方以療眾疾，則知本草之名自黃帝、岐伯始。
桐君、雷公所作
桐君、雷公皆為傳說中上古名醫。陶弘景將《本草經》視為神農之作，而又以軒轅以前，大字未傳，遂雲：至乎桐、雷，乃著在於篇簡。將本書著作之功，歸諸桐君、雷公。《唐書於誌寧傳》亦雲：世稱《神農本草》，以拯人疾，而黃帝以前，文字不傳，以識相付，至桐、雷乃載篇冊。
子儀所作
《周禮天官》疾醫條鄭玄注雲：其冶合之齊，存乎神農、子儀之術。唐賈公彥疏謂：《中經簿》有《子儀本草經》一卷。據此隻能證明三國時代有《子儀本草經》傳世，而後人竟有將此書附會為《神農本草經》者，如日鈴木素行《神農本草經解故》雲：子儀輯錄神農所嚐定者，以為《本草經》。
二、成書兩漢說
最早對成書先秦說提出質疑的是宋王應麟，《困學紀聞》雲：今詳神農作本草，非也。三五之世，樸略之風，史氏不繁，紀錄無見，斯實後世醫工知草木之性，托名炎帝耳。而尤以近代崔述《補上古考信錄》論述最詳，崔東壁雲：世傳神農始為本草，今所謂《本經》者。《漢書藝文誌》有《神農黃帝食禁》七卷，《抻農雜子技道》二十三卷，外紀因之，遂謂炎帝嚐藥，一日遇七十毒，遂作方書以療民疾。所謂炎帝，乃沿補本紀之誤，意即謂神農也。餘按書契始於黃帝以後，然猶未有篇策，神農之世,安得有策書乎。且本草文淺陋，多用後世地名，少有識者自能辨之。補本紀謂始嚐百草，始有醫藥，此或然耳。然傳記皆無文，而後世方技之士多托之古聖人者，難以征信，故今闕之。
《本草經》成書兩漢之說，流行最廣，而仍有前漢、後漢之分。
西漢所作
尚誌鈞認為：現存《證類本草》白字指《本草經》，雖雜有東漢時代外來藥和漢代時製地名，不等於《神農本草經》到東漢時才有。可能西漢時已有此書了。西漢《淮南子修務訓》雲：世俗之人多尊古而賤今，故為道者，必托之神農、黃帝而後始能人說。這就提示《本草》托之神農，在《淮南子》以前就有了。
馬伯英《中國醫學文化史》亦認為：《本經》作為中國第一部藥物學集大成著作，應係在漢代求神仙不老之藥的文化背景及原有治療用藥經驗的基礎上成書，以西漢成書較為有準。並指出："《神農本草經》為漢武帝之後不久的那些方士醫生撰著，為方士文化在醫藥中的結晶，應可認定。
東漢所作
更多的學者將《本草經》年代定為東漢。宋葉夢得《書傳》雲:《神農本草》初但三卷，所載甚略，議者考其記出產郡名，以為東漢人所作。清姚際恒《古今偽書考》雲：漢誌無本草，按《漢書平帝紀》，詔天下舉知方術本草者。本草之名始見於此。梁《七錄》載《神農本草》三卷，隋誌因之，書中有後漢郡縣地名，以為東漢人作也。梁啟超於《本草經》研究甚詳，所撰《中國曆史研究法》雲：今所稱《神農本草》，《漢書藝文誌》無其目，知劉向時決未有此書，再檢《隋書經籍誌》以後諸書目，及其他史傳，則知此書……不惟非出神農，即西漢以前人參預者尚少,殆可斷言。又《古書真偽及其年代》雲：此書指《本草經》在東漢三國間蓋已有之，至宋齊間，則已成立規模矣。著者姓名雖不能確指，著者年代則不出東漢末訖宋齊之間。