時間：1646～1661
在明崇禎帝死後，明朝在南方的宗親福王、魯王、唐王、桂王等先後稱帝，但終究未能挽回明朝的江山。在這幾位稱帝的宗親王中，桂王永曆政權是曆時最長的一個政權，但最終也難逃徹底覆亡的命運。
南明諸王
崇禎十七年（1644），崇禎帝死後，明南京諸臣擁立福王為帝。第二年，清軍在擊敗李自成的大順軍，迫使李自成退出關中後，開始騰出手來進攻南京的福王政權。此時，福王政權內部正在爭權奪利。清兵忽然而至，福王倉皇逃往蕪湖，最後還是被抓到。南京失陷後，明魯王在紹興稱監國，唐王在福州稱帝。這兩個政權偏安一隅，力量薄弱，卻不能聯合抗清，而忙於爭權爭地盤。
順治三年（1646），清兵攻入浙江，魯王在石浦守將張名振的擁護下，轉至南澳。清兵又進攻福建，唐王敗逃至汀州後，被清軍所俘。
浙江、福建失陷，魯王、唐王政權傾覆之後，桂王朱由榔在肇慶稱帝，即永曆帝。永曆帝所部主要有明朝舊將何騰蛟，鄭成功在其父鄭芝龍降清後拒不投降，招集舊部抗清，也接受了桂王的封號，以金門、廈門為根據地，出擊福建、粵東及浙江南部沿海。
桂王抗清
桂王稱帝後，清軍將領李成棟率軍進廣東，永曆帝軍抵擋不住，退往廣西。清兵跟隨進入廣西。此時，永曆帝的主力何騰蛟的軍隊正在湖南，永曆帝身邊的軍隊卻沒有什麼戰鬥力。
順治三年，清軍進攻四川，張獻忠戰死。張獻忠的部將李定國、孫可望等退往貴州、雲南。
順治四年（1647），清軍進攻湖南，何騰蛟被迫退入廣西。
順治五年（1648），廣東的清軍將領李成棟、江西的清軍將領金聲桓舉兵反清，永曆帝的形勢一度發生好轉。但是清軍加緊了對永曆帝的進攻，隨後，金聲桓、李成棟、何騰蛟等相繼敗亡。永曆帝輾轉於廣西與廣東肇慶之間，日益窮蹙，便決定與李定國、孫可望等聯合，並去貴州與他們會合。順治九年（1652），在李定國的率領下，明軍向清軍展開反攻，在雲南、貴州一帶連破清軍，殺死清軍兩位王爺，清軍在西南受挫，永曆帝軍收複廣西及湖南南部、四川大部。
這時，清廷用明朝舊將洪承疇進攻永曆帝。洪承疇是明朝名將，善於用兵，又熟知漢族事務。明軍開始不敵，節節敗退。順治十年（1653），李定國退入廣西，又接著轉攻廣東；順治十二年（1655），李定國退守南寧；順治十三年（1656），李定國保護永曆帝去雲南，順治十四年（1657），孫可望投降清軍，以所部大舉進攻雲南。此時，清軍三路人馬分別進攻四川、貴州、雲南，幾乎未遇抵抗。順治十五年十二月（1659），清兵侵入雲南，明軍勢孤力弱，未能挽回全局之頹勢，李定國被迫入滇西，永曆帝則逃入緬甸。順治十八年（1661），永曆帝已入緬甸，除李定國尚在滇緬邊境堅持抗清外，其他反清力量都覆滅。
永曆帝入緬甸後即失去自由。同年，吳三桂派兵進攻緬甸，緬甸王害怕清軍的進攻，將永曆帝交給清軍，被吳三桂用弓弦勒死。之後，李定國敗退緬甸，客死他鄉。