這次稅製改革的指導思想是：統一稅法，公平稅負，簡化稅製，合理分權，理順分配關係，規範分配方式，保障財政收入，建立符合社會主義市場經濟要求的稅製體係。
製定稅製改革方案的基本原則是：（1）稅製改革要有利於調動中央和地方兩個積極性，加強中央的宏觀調控能力。調整稅製結構，合理劃分稅種和確定稅率，為實行分稅製，理順中央與地方的分配關係奠定基礎；通過稅製改革，逐步提高稅收收入占國民生產總值的比重，合理確定中央財政收入和地方財政收入的比例。（2）稅製改革要有利於發揮稅收調節個人收入和地區間經濟發展的作用，促進經濟和社會協調發展，實現共同富裕。（3）實現公平稅負，促進平等競爭。通過統一企業所得稅和完善流轉稅，使各類企業之間稅負大致公平，為企業在市場中進行平等競爭創造條件。（4）體現國家產業政策，促進經濟結構的調整，促進國民經濟持續、快速、健康發展和整體效益的提高。（5）簡化、規範稅製。重視參照國際慣例，盡量采用較為規範的方式，保護稅製的完整，以利於維護稅法的統一性和嚴肅性。
這次全麵性的稅製改革涉及的範圍包括流轉稅製、企業所得稅製、個人所得稅製和大部分地方稅稅種。
流轉稅製的改革。流轉稅是對商品生產、商品流通和提供勞務的銷售額或營業額征稅的各個稅種的統稱。新中國成立以來，我國的稅製結構一直是以流轉稅為主體稅種。因此，流轉稅製改革是這次稅製改革的關鍵所在。為使我國流轉稅製適應市場經濟的要求，參照國際上流轉稅製改革的一般做法，這次流轉稅改革改變了按產品分設稅目，分稅目製定差別稅率的傳統做法，確立了在生產和流通環節普遍征收增值稅，在此基礎上選擇少數消費品再征收一道消費稅；對提供勞務、轉讓無形資產和銷售不動產保留征收營業稅的模式。新的流轉稅統一適用於內資企業和外商投資企業，取消了對外商投資企業征收的工商統一稅。原來征收產品稅的農、林、牧、水產品，改為征收農業特產稅和屠宰稅。
企業所得稅改革。這項改革的目的是理順並完善國家與企業的分配關係，為各種不同經濟性質的企業創造一個平等的競爭環境。總的指導思想是，根據"公平稅負、促進競爭"的原則，解決不同所有製企業的所得稅負擔不平衡的問題。取消按企業所有製形式設置所得稅的辦法，實行統一的內資企業所得稅製度；理順國家與企業的分配關係，為企業轉換經營機製，真正走向市場創造條件。在中華人民共和國境內實行獨立經濟核算的企業或者組織，都是企業所得稅的納稅人。包括：國有企業、集體企業、私營企業、聯營企業、股份製企業和有生產、經營所得和其他所得的其他組織。外商投資企業和外國企業仍繼續執行外商投資企業和外國企業所得稅法。有關的政策優惠也不變。企業所得稅的計稅依據是應納稅所得額。應納稅所得額是納稅人每一納稅年度的收入總額減去準予扣除項目後的餘額。為規範應納稅所得額的計算，便於企業和稅務機關操作，對確定為納稅所得額的總收入內容、準予扣除和不得扣除的範圍、項目和標準都作了明確的規定。企業所得稅實行33％的比例稅率，適當減輕了企業稅負，簡化了企業所得稅的計算方法。實行統一的內資企業所得稅後，國有企業不再執行承包上繳所得稅的辦法。
個人所得稅改革。1993年10月31日，八屆全國人大常委會第四次會議通過了關於修改中華人民共和國個人所得稅法的決定，同時公布了修改後的《中華人民共和國個人所得稅法》，自1994年1月1日起施行。基本宗旨是主要對較高收入者征稅，對中、低收人者不征或少征。體現了不使納稅人稅收負擔過多增加和總體稅負有所降低的原則。新的個人所得稅法適用範圍包括按稅法規定有納稅義務的中國公民和從中國境內取得收入的外籍人員。原稅法個人應納稅所得共有6項，修改後的個人所得稅法在原有基礎上新增加了5項。這些項目是：個體工商業戶的生產、經營所得，個人的承包經營，承租經營所得，稿酬所得，財產轉讓所得和偶然所得。個人所得稅沿用分項扣除、分項定率、分項征收的模式。工資、薪金所得適用5％至45％的9級超額累進稅率；個體工商戶的生產、經營所得和對企事業單位的承包經營、承租經營所得適用5％至35％的5級超額累進稅率，與企業所得稅的稅負大體相等，其它應稅項目適用20％的比例稅率，其中稿酬所得可按應納稅額減征30％，適當對知識性勞動給予照顧；對勞務報酬所得一次收入畸高者可以實行加成征收，以增強對過高收入的調節力度。按照對基本生活費用不征收個人所得稅的國際慣例，對工資薪金征稅時，月生活費用減除額沿用原個人所得稅法800元的標準。同時新稅法增列了附加減除費用的規定，適當照顧在華的外籍人員。