早在一千多年前，我國勞動人民就已經創造性地運用“以爭攻毒”的原理，采用輕型天花患孝陰幹的痂皮（內雖有天花病毒，但毒力很低)給容易感染的人群接種，使被接種者產生免疫力，從而發現了預防天花的初步方法，人痘苗的發明是我國醫學史上的光輝成就。至17世紀，不但我國廣泛使用人痘苗來預防天花，而且，隨著國際交往，這種人痘苗接種法傳往歐、亞等一些國家。人疸接種,實際上是人為地造成一次輕型天花感染，難免有一定危險。然而就當時而言，人痘接種確實起到了防止致死性天花危害的作用，而且人痘苗應用為爾後琴納發明牛痘苗提供了實踐基礎，給巴斯德研究減毒活疫苗以啟示。
英國的琴納19歲時成了出色的內科醫生。他毅然回到家鄉伯克利行醫。這是一個遠離城市的農村牧場,天花經常蔓延。他驚奇地發現許多擠奶女工不得天花，進一步調查後文發現，這些女工所接觸的奶牛都患過天花，這是什麼原因呢？於是，1796年他用牛痘患者病變物質給自願者注射，用來預防天花，證實牛痘苗可以預防天花。同時證明牛痘苗經給人接種後，隻引起局部的反應，對人的毒力並不增加。在1798年發表了他的痘苗著作，幾年之後，這一方法終於在世界範圍內被廣泛采用，對天花的控製和消滅，起了重要的作用，琴納的這一成就被認為是科學免疫學的開端。
1978年12月9日，來自19個國家的21位委員在全球已消滅天花證實委員會第二次會議上，宣布全球消滅天花。
牛痘是牛的天花，也是由病毒所引起的。這種牛天花病毒,對人來說致病力較弱。琴納用接種牛痘預防天花，實際上是應用了弱病毒感染導致對強病毒產生免疫的原理。這種“以弱勝強”的戰術，大約是80年代後著名的法國學者，路易斯巴斯德才大加發揮的。
巴斯德原是法國的化學家，府來才開始從事於醫學和獸醫問題的研究，並相繼發現了引起雞霍亂、產褥熱、骨髓炎、膿腫等病的病原泳。1880年，他又發現，炭疽杆菌在高溫（42~43度）下培養，其毒力即減弱乃至喪失。用低毒力的細菌給羊注射，也可使羊得到對強毒力的細菌的免疫力。於是他運用了“以弱製強”的戰術，開始了一係列的“免疫之戰”的科學實驗，終於發現了炭疽疫苗、狂犬病疫苗等，搶救了無數生命。爾後，學者們根據“以弱製強”的原理，製備了許多預防用的疫苗，如結核、黃熱病、脊髓灰白質炎、麻瘮、腮腺炎等疫苗，為傳染病的免疫預防奠定了可靠的基礎。
1890年學者們製備了白喉和破傷風抗毒素，並用以治療白喉，破傷風患者得到了成功。1896年，肥達發現傷寒病人的血清可以凝集傷寒杆菌並把它作為診斷傷寒的一種方法，開創了免疫診斷的先例。這樣，在上世紀末，免疫學就已經在傳染性疾病的預防、治療、診斷上顯示了它的巨大作用，成為人類戰勝傳染病的一種重要方法。
在免疫的本質問題上，著名的俄國學者1884年發現了他關於吞噬作用的研究論文，他發現機體內的白細胞及肝、脾髒內的吞噬細胞具有吞噬和消滅入侵之“敵”的能力，這些吞噬細胞吞噬能力的強弱，可以代表整個機體的免疫程度。他―認為這是機體抗感染的直接因素，從而創立了細胞免疫學。
1890年，著名的細菌學家郭霍發現，感染了結核菌的豚鼠對結核菌素高度敏感。如果給患有結核病的病人皮內注射結核菌素，則局部出現紅腫，這種反應在24~48小時達到高峰，正常人注射則無反應，這就是後來被廣泛應用的結核菌素試驗，它是一種有價值的診斷結核菌感染的方法。由於他在結核病研究方麵的卓越貢獻，被選為德國科學院院士，並獲1905年度的諾貝爾獎金。迄今，諾貝爾獎金有13項與免疫學有關。
總之，從1880年巴斯德實驗證實了免疫現象後，到本世紀初，二十餘年的時間裏，免疫學作為一門誕生不久的科學，得到了迅速的發展，為免疫學在後來所取得的成就奠定了良好的基礎。
如果按一般的見解，科學的免疫學開始於琴納關於牛痘的研究，那麼它已有180年的曆史了，應當說是一門較古老的科學。但最近十幾年來，免疫學已經從微生物的一個分支，發展成為免疫遺傳學、免疫生物學、免疫診斷學、免疫藥理學、腫瘤免疫學、移植免疫學等。實際上免疫學已發展成為一門年輕的獨立學科，幾乎每個醫學專業都涉及免疫學。以袓國醫學為例，在很早以前，祖國醫學家就觀察到人生病以後出現的免疫現象。中醫認為“正氣存內，邪不可幹”。這一句話的含意是指機體有免疫力存在，致病因素就不能引起疾病。因此，祖國醫學強調“扶正培本”的防治原則就是指提高機體抵抗力來防治疾病。這種調動免疫大軍的積極性，提高它們戰鬥力的做法，至今仍有重要的指導意義。