鐵道部第二勘測設計院、烏鐵局專家來自治州實地察看南疆鐵路西延段，即中-吉-烏國際鐵路的路線、走向。該鐵路起點為南疆鐵路終點，終點為烏茲別克斯坦安集延市，是連接中國、吉爾吉斯斯坦、烏茲別克斯坦三國至中東、南歐的一條國際鐵路，建成後將成為歐亞大陸重要的南部通道。
1998年11月14-23日
康蘇-烏魯克恰提公路工程竣工通車。這是自治州通往伊爾克什坦口岸的公路。
1999年4月2日
南疆鐵路鋪軌至阿圖什火車站。
1999年4月21-24日
自治州各地連續遭受近70小時8～12級大風襲擊。
1999年5月1日
自治區黨委、人民政府決定授予吳登雲“民族團結模範”稱號。
1999年5月25日
國道314至阿圖什火車站公路動工，這是自治州第一條高標準水泥公路。
1999年7月下旬至8月3日
自治州境內各地降水量創曆史最高值，致使全州各地出現50年以來罕見的全流域性洪水災害。
1999年9月
《克孜勒蘇柯爾克孜自治州城鎮職工基本醫療保險製度改革實施方案》正式頒布實施。
1999年9月28日
阿圖什市調頻廣播正式開播。
1999年9月30日
自治州大型柯爾克孜族民俗歌舞樂《山父水母》應邀請進京參加中華人民共和國成立50周年優秀劇目彙演。
1999年12月6日
南疆鐵路全線貫通。南疆鐵路全長1446.372公裏，東起吐魯番，西至喀什市，在克州境內全長91千米。
2000年3月27日
烏恰至上海遠程醫療與教育係統正式開通，這是自治區內唯一一家開通遠程醫療與教育係統的縣級醫院。
2000年6月30日
被命名為國家二類口岸的阿圖什西域商貿中心舉行掛牌揭幕暨開通儀式。
2000年7月
國家文化部命名阿合奇縣色帕巴依鄉為“中國文化藝術之鄉”。
2000年8月
柯爾克孜族大型歌舞樂《山父水母》榮獲國家文化部第九屆文華獎。
2000年10月1日
全州三縣一市開始推行城鎮職工醫療製度改革。
2000年12月31日
“目送20世紀最後一縷陽光”大型主題活動在烏恰縣斯姆哈納村舉行。
2002年5月20日
伊爾克什坦口岸建成，正式對外開放。
2002年10月1日
國家投資3000餘萬元建造的自治州文化中心建成。
2002年11月15日
自治州政府公眾信息網“帕米爾之窗”開通。
2004年7月1日
投資23000萬元的自治州綜合體育場建成。
2004年9月8日
慶祝克孜勒蘇柯爾克孜自治州成立50周年大會在阿圖什人民廣場舉行。
2007年6月30日-7月2日
自治州首屆“瑪納斯國際文化旅遊節”分別在阿圖什、阿合奇、烏恰舉行。
2007年7月
由中國社會科學院民族文學所、自治州人民政府聯合召開的《瑪納斯》史詩歌手表彰大會，暨新疆維吾爾自治區哈薩克、柯爾克孜文學刊物第八屆“駿馬獎”在阿合奇縣舉行。
2009年10月9日
中國的《瑪納斯》史詩被聯合國教科文組織列入人類口頭與非物質文化遺產名錄。
2009年12月
《瑪納斯》第一部漢文版全4卷正式出版。