新疆喀什地區塔什庫爾幹塔吉克自治縣境內成立科克雅爾柯爾克孜民族鄉。
1985年6月
新疆阿克蘇地區烏什縣成立亞曼蘇柯爾克孜民族鄉。
1985年8月23日
北京時間20時40分自治州烏恰縣北緯39°東經75°附近發生7.4級強烈地震。
1985年9月12日
淩晨4時46分，烏恰縣又發生一次6.9級強烈地震。
1985年9月15日
參加自治區30周年慶祝活動的全國文聯代表團來自治州參加慰問；中央代表團藝術團來自治州慰問演出；中央民族歌舞團同時到達阿圖什。
1985年9月
國家民委民族問題五種叢書之一的《克孜勒蘇柯爾克孜自治州概括》一書由新疆人民出版社發行。
1985年
開始在牧區逐步實行將牲畜折價歸戶，賣給牧戶。
1986年1月20-26日
自治區南疆片“雙扶”（扶持貧困戶﹑扶持優待對象）工作座談會在阿圖什召開，研究討論喀什﹑和田﹑克孜勒蘇三地州脫貧致富問題。
1986年2月
經國務院批準，自治州境內的圖魯嘎爾特山口和托雲口岸正式更名為塔爾尕特山口和吐爾尕特口岸。
1986年6月7日
經國務院批準，撤銷阿圖什縣，以其行政區域建立阿圖什市，仍為縣級建製。
1986年7月10日
烏恰新縣城建設破土動工。
1986年8月17日
地處天山深處的阿合奇縣電視衛星地麵接受獲得成功。
1986年8月29日
自治州電視台衛星地麵接受站落成開通。
1986年9月15日
地處帕米爾高原的烏恰縣衛星地麵接受站建成開通。
1986年9月
該月起至1988年3月，全州非甲非乙型肝炎流行。
1986年10月14日
阿圖什市召開第一屆人民代表大會，宣告阿圖什市正式成立。
1986年11月5日
自治州召開文學藝術工作者第一次代表大會。自治州文聯成立。
1986年11月
阿圖什市被國務院列為對外開放城市。
1987年6月1日
阿克陶縣塔爾塔吉克族鄉成立。
1987年7月26日-29日
自治區語言文字工作委員會﹑自治區柯爾克孜語言文字曆史學會和自治州人民政府在烏恰縣玉其塔什草原舉行首屆柯爾克孜語言文字研討會和柯爾克孜阿肯彈唱會。
1987年10月11日
烏恰縣新縣城建設竣工，縣城搬遷工作開始。
1988年3月26日
國家專利局授予自治州技校柯爾克孜族教員吐達洪於米西研製成功的用於烤饢灶的液化石油燃燒器國家發明專利權，這是全疆第一位獲得國家專利權的少數民族發明人。
1988年7月
自治州人民政府確定對外開放12個旅遊點，它們是：蘇裏堂麻紮、卡拉汗王朝遺址、玉奇莫日晚千佛洞、絲綢之路蓋孜驛站、卡拉庫裏湖、慕士塔格峰、公格爾峰和公格爾九別峰、奧伊塔克風景區、玉其塔什草原、阿圖什市工貿市場、州民族托兒所、阿孜汗無花果園。
1989年5月11日
自治州州長率領中國新疆克孜勒蘇州經濟貿易考察團一行7人赴吉爾吉斯加盟共和國進行考察訪問。期間，中蘇雙方簽訂阿圖什市、納倫市結為友好城市，克孜勒蘇州、奧什州結為友好州的協議書。