1966年5月16日
中共中央政治局擴大會議通過《中國共產黨中央委員會通知》（即“五一六”通知）。
1966年5月20日
自治州直屬和阿圖什縣直屬機關幹部﹑職工﹑家屬及駐軍舉行大會，州黨委會書記作《立即投入戰鬥，堅決打退反黨﹑反毛澤東思想﹑反社會主義分子的猖狂進攻》的動員報告，拉開自治州“文化大革命”的序幕。
1966年6月29日
自治州成立“文化大革命”7人領導小組。
1966年8月25日
自治州紅衛兵總隊成立，在阿圖什開展所謂破“四舊”（舊思想﹑舊文化﹑舊風俗﹑舊習慣），立四新（新思想﹑新文化﹑新風俗﹑新習慣）活動。
1967年1月26日
自治州交通局一派群眾組織與介入地方“支左”的克孜勒蘇軍分區部分指戰員發生衝突，南疆軍區軍法處同意，將軍分區司令員﹑政委等6名領導關人監獄，製造了嚴重的“一二六”事件。
1967年1月31日
群眾組織奪了州委﹑州人委的權，自治州黨政機關徹底癱瘓。
1968年8月10日
自治州公檢法軍管會捕風捉影，通過非法的逼供手段製造出所謂“帕米爾前進聯盟外逃集團”案，並以案情重大，涉及麵廣為理由，在全州組織辦案力量細查深挖。此案前後3年，牽連數百人。
1969年5月25日
克孜勒蘇柯爾克孜自治州革命委員會成立。之後在全州範圍內開展“鬥﹑批﹑改”運動，清理階級隊伍，“一打三反”（打擊反革命破壞活動，反對貪汙盜竊﹑反對投機倒把﹑反對鋪張浪費）為主的“對敵鬥爭”。
1969年冬
根據自治區革委會《關於在牧區劃分階級成分的規定（草案）》，開始在烏恰﹑阿合奇縣及阿圖什﹑阿克陶部分牧區公社劃分階級成分。
1972年7月
自治州衛生學校成立
1972年10月10日
自治州黨委開展“批林整風”﹑“批林批孔”運動。
1973年8月
自治州公安局偵破一起“東突厥斯坦共和國”反革命集團案。
1974年4月
自治州科學技術委員會成立。
1974年8月29日-9月3日
自治州成立20周年慶祝大會在阿圖什召開。
1976年3月
自治州黨委召開“反擊右傾翻案風”大會。
1976年7月28日
自治州森林普查工作開始。普查結果，全州森林覆蓋率隻有0.1%。
1977年
阿克陶縣劃歸喀什專區；同時，喀什專區的伽師縣劃歸克州。
1978年4月19日
自治州“揭批查”辦公室成立。
1978年5月5日
自治州落實政策小組成立。
1979年4月15日
自治州恢複使用柯爾克孜文，恢複自治州語言文字工作委員會。
1979年7月1日
《克孜勒蘇報》恢複柯爾克孜文版，同時要求柯爾克孜族中小學使用柯爾克孜文教學。
1979年6月1﹑1日
自治州委召開黨政軍民大會，公開徹底為“帕米爾前進聯盟叛國外逃集團”案平反昭雪。
1979年10月31日
自治州文字改革委員會成立。
1979年12月21日
自治州首次民間藝人彈唱會在阿圖什召開，七十多名民間歌手參加了會議。
1979年12月25日
自治州黨委擴大會議決定，從1980年起，把全州工作重點轉移到經濟建設上來。