張居正說他母親年老不能忍受炎熱酷暑，請求等到氣候清快涼爽以後再動身上路來京。於是內閣、南北兩都部院寺卿、給事中、禦史都上奏章，請敦促張居正趕快回朝。神宗皇帝派錦衣指揮翟汝敬乘驛傳前去迎接，計日以待；而令宦官護送張母太夫人在秋天由水路行走。張居正一路所過的地方，府州縣官都要長久跪在道旁，巡撫、巡按這些大吏要越過自己的轄區去迎接和送行，親自在前麵開道。張居正路經襄陽時，襄王出城恭候，邀請張居正赴宴。按照以往的製度，雖然是公、侯謁見藩王也要執行為臣的禮節，張居正隻用了賓主相見的禮節便出來了。經過南陽時，唐王也是如此。抵達京都郊外時，下詔令派司禮監太監何進設宴慰勞，兩宮皇太後也各派太監李琦、李用宣讀諭旨，賜給八寶金釘扇、禦膳、餅果、好酒，文武百官再次排班迎接。進入朝廷時，神宗皇帝對他的慰勞更是誠懇親切，給他們休假十日後才人內閣辦事，還賜給白金、彩幣、寶鈔、羊酒，於是引見兩宮皇太後後，到了秋天，魏朝侍候張居正的母親起行，儀仗隨從浩浩蕩蕩，觀看熱鬧的人像牆一樣。及到京師，神宗皇帝與兩宮皇太後再加倍賞賜，慰問張居正母子，幾乎用了對待家人的禮節。
當時神宗皇帝的六宮後妃漸趨完備，太倉庫的銀錢多次被命令調進宮中支用。張居正於是根據戶部進呈皇帝閱覽的數目加以陳述，說每年收入的數額不及所出，請皇帝把它放在座位的旁邊時時翻看，量人為出，罷去和節省不必要的費用。奏疏呈上，神宗皇帝把它留在宮中不發。神宗皇帝再命令工部鑄錢供給使用，張居正因為鑄錢所得的利益不能勝過鑄錢的花費而製止。言官請停止蘇州、鬆江地區的織造，神宗皇帝不聽。張居正為此當麵去請求，才得以減去一大半。再請求停止修建武英殿的工程，以及裁減優待外戚升官的數額，神宗皇帝大都勉強準從其請。神宗皇帝到文華殿，張居正侍候講讀完畢，將給事中所呈上的災害的奏書告訴皇帝，於是請求救濟。又說：“皇上愛民如口子，而在外各衙門營私背公剝民欺上，應當依法嚴治。皇上也應盡心節省，宮中的一切用度、服禦、賞賜、布施等，宜於裁減禁止。”神宗皇帝點頭答應他，有所減少。張居正因為江南權貴豪強依仗權勢及各種奸猾吏民都善於采取各種手段拖欠賦稅，選派精明能幹的大吏嚴加督責。賦稅因此按時輸納，國家的庫藏日益充足，所以豪強和奸猾之徒都埋怨張居正。
張居正即將脫去孝服時，神宗皇帝召見吏部的官員問明日期，敕賜給白玉帶、大紅坐蟒、盤蟒。神宗皇帝在平台召對他，進行長時間的安慰和勸諭。派宦官張宏引見慈慶、慈寧兩宮皇太後，都有恩賜，並且慈聖皇太後還加賜禦膳九品，令張宏侍候宴請。
神宗皇帝剛登皇帝位的時候，馮保日夜護起居，竭力保護，神宗皇帝稍有違反常規，立即奏報慈聖皇太後。慈聖皇太後教育皇帝非常嚴格，往往痛責，並且說：“假使讓張先生知道了，如何是好！”於是神宗皇帝很害怕張居正。到神宗皇帝漸漸長大以後，從心裏厭惡他。乾清宮的小太監孫海、客用等人誘導皇上遊玩嬉戲，都得到皇上的喜歡寵信。慈聖皇太後令馮保逮捕孫海、客用，進行杖打並且趕走他們。張居正再開列他們同夥的罪惡，請求罷斥驅逐他們，並且令司禮監及各內侍自己陳述所作所為，由皇上裁奪去職或留用。張居正於是勸神宗皇帝戒除遊戲、夜宴以慎重起居，專注精神以廣儲聖嗣，節省賞賜以減少浪費，拒絕珍珠寶玩以端正好尚，親自日理萬機清明政治，勤於講學以幫助治理國家。神宗皇帝為皇太後所迫，不得已，都同意了，但是心裏卻很是懷恨馮保、張居正。
神宗皇帝執政之初，張居正曾經編纂古代治亂得失的事例一百餘條，畫成圖，用通俗的語言解釋它，使神宗皇帝明白易懂。至此，再囑咐儒臣記錄太祖等幾位皇帝的《寶訓》《實錄》分類成書，共計40種：分別為創業艱難、勵精圖治、勤學、敬天、法祖、保民、謹祭祀、崇孝敬、端好尚、慎起居、戒遊佚、正宮闈、教儲貳、睦宗藩、親賢臣、去奸邪、納諫、理財、守法、儆戒、務實、正紀綱、審官、久任、重守令、馭近習、待外戚、重農桑、興教化、明賞罰、信詔令、謹名分、裁貢獻、慎賞賚、敦節儉、慎刑獄、褒功德、屏異端、飭武備、禦戎狄。裏麵所說的話很多都是非常發人深省的，請在經筵之暇進講。又請建立起居注，記錄皇帝的言論行動和朝廷內外的事情，每日用翰林院的官員四人人內閣輪流值班，按照皇帝的要求撰寫詩文以及擔任皇帝的顧問。神宗皇帝都很滿意地同意。
張居正自從父死而不離職守喪以後，更加偏激恣橫。他所罷免和提升的官員，多數是由個人的愛憎出發。在他左右辦事的人也多接受賄賂。馮保的門客徐爵被提拔重用為錦衣衛指揮同知，代理南鎮撫司。張居正的3個兒子都舉進士及第。家奴遊七用錢捐官，勳臣國戚和文武官員多與他互相往來，通婚結為親好。遊七穿戴官服官帽拜見應酬，置身於士大夫之中。世人因此更加憎惡他。