噶爾丹率軍東侵之際，後方叛亂。1697年二月，康熙再次親征。噶爾丹眾叛親離，服毒自殺。
噶爾丹如何帶領部落不斷擴張？
噶爾丹是衛拉特蒙古準噶爾部首領巴圖爾渾台吉的第六個兒子。1670年，噶爾丹殺兄繼承台吉之位。而後，他出兵擒獲其叔父楚琥爾烏巴什，攻占和碩特部首領鄂齊爾圖車臣汗。1678年二月，他又率軍攻青海，行軍是一天後，唯恐清兵從甘肅關外阻斷其後路而中途撤兵。1679年夏，噶爾丹兩次出兵攻占哈密、吐魯番。西藏達賴喇嘛曾封噶爾丹為“博碩克圖汗”。1680年，噶爾丹應達賴喇嘛的邀請出兵參與伊斯蘭教“白山派”首領阿帕克和卓與“黑山派”的鬥爭，趁機奪取南疆地區。噶爾丹率軍經過阿克蘇、烏什等地攻入喀什噶爾（今新疆喀什）。葉爾羌王伊斯瑪伊勒汗子巴巴克蘇勒坦出兵迎擊，兵敗身亡。噶爾丹在占領喀什噶爾後，又奪取了葉爾羌，俘虜了伊斯瑪伊勒汗。至此，噶爾丹兼有四衛拉特，將南疆地區控製在手中，隨後他轉入攻打漠北喀爾喀蒙古。
噶爾丹死後，清是如何平定準噶爾地區的貴族分裂的？
噶爾丹死後，策妄阿拉布坦成繼位。在沙皇俄國的支持下，策妄阿拉布坦不斷襲擊科布多、巴裏坤、哈密等地區清軍駐守的軍事重鎮，並派兵入侵西藏。康熙及時派兵協助西藏將準噶爾的反叛勢力驅逐出去。康熙去世後，雍正繼續平叛。雍正五年（1727年）冬，策妄阿拉布坦去世，他的兒子噶爾丹策零繼位繼續反叛。從雍正六年以後，清軍多次征繳噶爾丹策零叛軍。
十年七月，噶爾丹策零率軍襲擊在塔半爾河駐紮的清軍。八月初，清軍3萬精騎夜襲其營，準噶爾軍敗逃。清軍乘勝追擊至光顯寺殲滅敵軍，噶爾丹策零被迫投降。乾隆十年（1745年），噶爾丹策零死後，準噶爾部發生內亂，達瓦齊繼位。乾隆二十年（1755年）二月，清廷以5萬精兵直搗伊犁，達瓦齊兵敗被俘。不久，降清的阿睦爾撒納聚眾叛亂。二十二年春，清廷派兵由巴裏坤等地分路進軍，叛軍潰敗，阿睦爾撒納逃往沙俄。至此，清軍平定了準噶爾貴族分裂叛亂。
大開眼界
此戰，清平定噶爾丹的叛亂曆經8年，連續發動3次進攻。噶爾丹叛亂的平定，維護了西陲邊疆的安寧，也積累了豐富的遠途作戰的經驗。