與段祺瑞一直爭吵不休的黎元洪下台後，替代黎元洪做大總統的馮國璋，與段祺瑞又開始爭吵起來。爭吵的主題還是原來的那些事，如何對待南方護法各省還是個焦點問題。
段祺瑞仍然主張使用武力，因為一旦采用武力，他可以得到日本金錢和軍火的支持，在削平南方反抗勢力的同時，又擴大自己的實力，增大自己的影響力。而馮國璋，則繼承了黎元洪主和的思想，主張和平統一，這樣他可以在“和平”中與滇桂的軍閥結成聯盟，以壯大自己的力量。
馮國璋與段祺瑞，為了各自的主張和利益相互爭吵著，對立越來越嚴重。渴望讓人喜歡的曹錕，在其間恰到好處地表演著他的騎牆術。
段祺瑞用督軍和省長的職位來引誘他，他很賣力地替段祺瑞做好說服馮國璋出任臨時大總統的這件大事。隨後，馮國璋又以直係的友誼感召他，呼喚他為直係做事，他很快就欣然應承下來。
1917年11月8日，曹錕遵照馮國璋大總統的旨意，由他領銜，與直係長江三督李純、陳光遠、王占元聯合通電全國，提出應和平統一南北爭端，並聲言自己願意出麵做調停人。
通電發出後，趕在段祺瑞看見通電之前，曹錕又來拜見了段祺瑞，慎重申明說：“總理不要誤會，那份通電絕不是卑職的本意，是他人越疽代皰的行為。”
以往性情急躁的段祺瑞，他比較了解曹錕，當然明白這大概是怎麼回事情，聽完了曹錕的解釋後非常平靜地說：“既然是他人越疽代皰，這事就非常好辦。你隻要再通電全國，說如果要和平統一，南方軍隊就必須首先退出長沙。”
曹錕聽了，稍作遲疑便答應下來。11月21日，曹錕再次向全國通電：“和平統一，必須以南方軍退出長沙為議和的先決條件。”
因為南方軍退出長沙意味著投降，根本就沒有可能。所以，提出這樣的條件就是要戰爭，以至長江三督見了，一個個都驚得目瞪口呆。
為了達到向南方開戰的目的，在段祺瑞的指使下，他的秘書長徐樹錚聯絡各省督軍，決定在天津召開督軍會議，一至呼籲對南方用兵。當徐樹錚找到曹錕要讓他出麵做大會盟主時，曹錕因拿不準段祺瑞與馮國璋的爭鬥最後究竟誰是勝利者，因此十分猶豫。徐樹錚見此，隻好一麵將此事彙報給段祺瑞，一麵繼續勸說。
段祺瑞對知道此時曹錕的份量，也知道曹錕需要什麼，於是指示徐樹錚，許願給曹錕，事成之後，推舉曹錕為副總統。
曹錕得此承諾，心花怒放，在天津九省三區的督軍大會上，完全摒棄以前主和的意見，堅決主張對南方出兵。他不但一反以往怕事的習慣真正做起了盟主，還首先發言說：“值此關鍵時刻，我北洋各部，首先是要精誠團結，一至對外，堅決打擊南方的義軍。在這裏，我帶頭請纓，率軍南下，消滅所有造反的南方部隊，不獲全勝，絕不北歸！”
曹錕的發言，贏得了陣陣掌聲。在他的帶頭表示下，九省三區督軍一致同意了主戰的意見，紛紛表態，願意出兵南征。
九省三區督軍態度如此，馮國璋隻能做出讓步，委任曹錕為南征軍第一路總司令，張懷芝、張敬堯為南征軍第二路總司令。1918年2月，兩路大軍揮師南下，曹錕在漢口劉園設置第一路軍總司令部，任命軍師吳佩孚為第三師師長，從鄂北向南，直撲湖南，全權指揮前線的戰事。
曹錕自己，則拚命幫助段祺瑞活動組閣一事。因為曹錕此刻心裏明白：隻有答應他做副總統的段祺瑞盡快組閣，他才有可能盡快當上副總統。
3月19日，就在吳佩孚率一路軍連克羊樓司、雲溪、嶽陽，正在進攻長沙時，曹錕聯絡15省3個特區的軍閥，聯名通電，請段祺瑞出來組建內閣。4天後，段祺瑞組閣一事成功，如願以償地當上了國務總理。
可是，當上總理的段祺瑞並不忙著來兌現自己對曹錕的承諾，而是急不可待地與日本簽訂了中日軍事協定。此事雖然辦得極其秘密，但還是給一直密切注意段祺瑞行動的曹錕知道了。對於段祺瑞投靠日本的事，曹錕非常反感，但想到自己即將到手的副總統職位，還是一聲不吭。
然而，段祺瑞讓曹錕反感的事情並沒有就此結束，而是接而連三、越來越讓他感到難受和委屈。