主角來到精靈世界，與各種精靈邂逅，有歡喜，有憂愁。不管如何，主角的目標隻有一個，變得更強。或許主角不是最強的，但終有一天主角會變得更強。這個世界沒有最強的，隻有更強的。主角將帶領大家進入奇妙的精靈世界，見識各種各樣的精靈，每次與精靈的邂逅，與勁敵的戰鬥，與相遇的歡喜，離去的憂傷……
嘯天，一個普普通通的17歲青年，帝丹高中的高二生，銀白色的頭發下露出半邊冷酷而又帥氣的臉，酷愛寵物小精靈。
一天夜裏，嘯天打開電腦，電腦一片漆黑，忽然，一行字映入嘯天眼簾“你想穿越寵物小精靈世界嗎？”，下邊還有兩個選項--“是”--“不是”。
嘯天好奇心比較重，心裏想：反正也隻是別人惡搞罷了，試試也無妨。於是嘯天點了“是”。忽然，電腦又出現一行字：“準備穿越吧”。嘯天被電腦吸了進去……
嘯天來到一個熟悉卻又十分陌生的房間，發現自己變成了12歲的樣子，衣服也變小了。“哦，我想起來了”嘯天輕聲說道，“這是寵物小精靈裏主角的房間，難道我真的穿越了？啊，怎麼回去啊！”
------房間的電腦------
嘯天打開電腦，一隻快龍出現了，它說：“嘯天，你是被你的意念帶到這裏來的，現在去完成你的使命吧！”由於嘯天在遊戲裏見過快龍所以他也見怪不怪了。嘯天又問：“使命？什麼使命啊？”快龍沒有回答。接著，快龍又說：“這是萬能手表，功能有很多，裏麵有9999萬元和各種藥物，注意第五格，千萬不能用，這是你的救命之物，不到最危險的時候不能用”。
嘯天點點頭，表示理解。“好了，現在去大木博士那裏去領取你的第一隻夥伴吧”屏幕一黑，快龍消失了。
------大木博士研究所-----
“喲，嘯天，你來啦”一把熟悉的聲音，原來是大木博士，果然和遊戲裏的一模一樣，嘯天上前去。研究所裏嘯天看見了小茂和小玉
（潛意識知道她的名字），大木博士說：“小智那家夥肯定又是睡懶覺，我們不等他了”。
博士把我們領到存放新手精靈的地方，讓嘯天他們選，嘯天很紳士地讓小玉先選，小茂選了傑裏龜，小玉選了妙蛙種子，嘯天選了小火龍（雖然知道有皮卡丘，但為了不破壞劇情，就隻有選小火龍了）
嘯天迫不及待地放出了小火龍，小火龍似乎對嘯天沒什麼好感。嘯天抱著小火龍衝了出去。
在戶外，嘯天與小火龍在交談，忽然一群拉達發瘋似的衝了出來，小火龍迅速處於戰鬥狀態。但由於小火龍比較LJ，對方人（鼠）多勢眾小火龍很快就被打敗了，但拉達似乎還不放過小火龍，使出了“必殺門牙”。
上回說到嘯天和小火龍遭到一群拉達的襲擊，小火龍受傷嚴重，就在拉達使出“必殺門牙”的時候，嘯天在無意識狀態下用身體保護了小火龍（劇情與小智有些相同），嘯天被打得遍體鱗傷，但嘯天依然在保護著小火龍，小火龍留下一行晶瑩的淚珠。
小火龍忽然掙脫了嘯天的懷抱，跳了起來，尾巴的火苗瞬間變得很猛，使出了“噴射火焰”。1米粗的火焰燒灼著拉達們，拉達受不了，最終逃跑了，與此同時，小火龍也因過於虛弱而倒下了。嘯天不顧身體的劇痛抱著小火龍奔去博士的研究所。
大木博士研究所
嘯天抱著小火龍衝進了研究所，博士見了，立馬詢問：“你們怎麼搞的呀，精靈球和圖鑒都不拿就走了？？？小火龍怎麼受傷了，還這麼嚴重，你們去哪了？”“等會在解釋了，先救小火龍要緊”嘯天焦急回答道。
“小火龍已經沒事了，休息一下就好了”博士對嘯天說。接著，博士又追問發生了什麼，嘯天詳細的回答了他。“哦，原來是這麼回事啊”，嘯天點點頭。