從進入北京的那一天起，多爾袞諭兵部道：“今本朝定鼎北京……各處城堡，著遣人持檄招撫”，就宣布北京是清廷以後的統治中心。為了緩和滿族和漢族之間的民族矛盾，多爾袞打著為明臣民報君父之仇的旗幟，大造滿漢軍民共同反對農民軍的輿論，並且申明軍紀，“勿殺無辜，掠財物，焚廬舍，不如約者罪之”。來北京時，“途中明將吏出降，命供職如故”。一到北京，更著意攏絡和留用明大小官僚，來穩定清廷對北京地區的統治。多爾袞諭兵部道：“檄文到日，薙發歸順者，地方官各升一級，軍民免其遷徙。其為首文武官員即將錢糧冊籍、兵馬數目，親齎來京朝見……至朱姓各王歸順者，亦不奪其王爵，仍加恩養。”又說：“各衙門官員照舊錄用，可速將職名開報，如虛飾假冒者罪之，其避賊回籍，隱居山林者，亦具以聞，仍以原官錄用。”多爾袞謀劃逐步地組成一個由滿清貴族地主和漢族地主階級中的降清派相結合的封建統治階級。為了避免引起驚擾，對於明諸王的爵位，也不遽加剝奪，留待以後清除。暈頭轉向的明官僚豪紳一見有官可做，就放下了心，很快改變出城迎接時“相顧失色”的陰暗心情，向清廷靠攏。明吏部左侍郎沈惟炳、戶部右侍郎王鼇永、兵部添注右侍郎金之俊和錦衣衛左都督駱養性等，都往清廷投職報名。多爾袞命以原官任職。曹溶、柳寅東等也接著投降了清廷。這些明官僚降清後，打消了複辟明王朝的念頭，並且謀求獲得清廷的信任。他們對清廷的情況了解得甚少，連有沒有皇帝也不清楚。五月四日，沈惟炳和駱養性向多爾袞上勸進表，希望多爾袞即皇帝位。據記載：“攝政王不出，內院大學士範文程笑謂惟炳曰：‘吾國自有主，此攝政王也，何勸進為？’”沈惟炳等一聽，“慚而退”，自認為是碰了一鼻子灰，卻不知道這是對了竅。這次跟隨多爾袞入關的主要人員，如英王阿濟格、豫王多鐸，都企圖擁立多爾袞為皇帝。多爾袞不肯這麼做，是怕引起滿清統治集團內部的分裂和鬥爭，並非毫不動心。這份勸進表盡管成了廢紙，但他們還是取得了在多爾袞主持下的北京政府的信任，連不附多爾袞的範文程也會認為這是明官僚願意臣服清廷的表示。多爾袞看到降清的明官僚肯對清政府表示忠順，為了擴大對明封建士大夫的錄用，減少滿族與漢族之間的對立情緒，下令為崇禎設位於帝王廟，從五月六日起，“官民人等為崇禎帝服喪三日，四展輿情”。對於崇禎的吊死，多爾袞說：“我雖敵國，深用憫傷。”
他要漢族官僚地主和人民把仇恨放在農民軍身上，而不要抗拒清軍。多爾袞指派降清的明官僚曹溶、朱朗等若幹人，在服喪期間到崇禎墓前去哭臨三日，任命明左庶子李明睿為禮部左侍郎，負責擬諡號和設祭問題。清廷將崇禎諡為懷宗端皇帝，周後為烈皇後。根據多爾袞的命令，北京近郊二三裏內漢族人民全部撤走，讓清軍駐防，又“虛燕城之半駐滿洲兵，盡驅漢人出城”，目的在加強對清政府的保衛工作。因此在為崇禎服喪和“哭臨三日”期間，城內漢族人民也落了淚，這淚水主要是為被驅出城而落的。但逃避在外的漢族官僚地主卻或遠或近地聞出崇禎墓前設祭時散發出來的香味了，他們知道清廷將加強對自己的籠絡工作，紛紛從各處竄出來，到清廷去投職報名，要求恢複和任命自己的官職，清廷也竭力滿足他們的願望，其中不少是經大順政府任過職的明官吏。明前山海關總兵高第降清，明宣府巡撫李鑒殺害農民軍首領黃應選等來降。多爾袞在六日下令：“故明內閣、六部、都察院等衙門官員，俱以原官同滿官一體辦事。”十四日，征明前大學士閹黨分子馮銓至京，以原銜入內院佐理機務。三河縣人民在薙發令下後掀起抗清鬥爭，昌平州、紅山口和天津等地都發生漢族人民的反清活動。多爾袞派軍隊前往鎮壓和“安撫”，並一度停止推行薙發，令“天下臣民照舊束發，悉從其便”。直指使柳寅東降清後任順天巡按，他向清廷啟道：“近見升除各官，凡前朝犯贓除名、流賊偽官一概錄用，雖雲寬大為治，然流品不清，奸欺得售，非慎加選擇之道，其為民害，不可勝言，是所當亟清其源也。”多爾袞看了後回複柳寅東道，“經綸方始，治理需人，凡歸順官員既經推用，不必苛求，此後官吏犯贓，審實立行處斬，鞭責似覺太寬，自後問刑，準依明律，副予刑期無刑之意”。多爾袞看到這時清廷對待明官僚的政策應當是以廣招徠，掌握一大批人，安排各種職位，打開清廷的統治局麵，不能苛求，否則這些明官吏懷有疑懼之心，不肯來供職，那麼北京清政府的各衙門就缺了不少官吏，地方官也派不全了，這對於清廷是不利的。隻有到安頓就緒之後，才能考慮到剔除“奸欺”之徒，澄清吏治的問題。明官僚投職報名的人數是不夠用的，多爾袞又鼓勵在職明官吏推薦舊官僚，如降清後的順天巡撫宋權和吏部左侍郎沈惟炳等推薦了若幹人，都得到嘉納。多爾袞還派人到各處去搜羅訪求，到天津去的人員找到躲在那裏的黨崇雅、張端、高爾儼、戴明說等四十三名官僚士大夫和一萬七千多名逃海難民。
黨崇雅等明官僚回到北京，清廷一一予官。清廷行文到各撫按，要他們訪求和推薦境內“隱逸賢良”，把一些閉門閑居的官僚地主都推出來任職。多爾袞後來雖提到了不要貪官酷吏和貨郎雜流，但基本精神不變，仍然是希望將各方麵的明官吏都詳加搜羅。經過五月份這一番招徠和任職後，許多部門官職的空缺逐漸填上，雖然還差一些。這些明官僚薙發垂辮以後，“是月終旬，長安市上仍複官蓋如雲矣”。五月，清廷占領“燕京迤北居庸關內外各城，及天津、真定等處”，並納薑瓖降，準備招降唐通，將清廷的統治勢力伸入到晉北地區。李自成率領農民軍退出北京以後，取道保定、定州和真定轉向山、陝。一路上，李自成回想山海關之戰前後的情景，如同從一場惡夢中驚醒過來一樣。他想不到吳三桂把清軍暗地引來了，這一仗明明要贏，結果卻大敗了。李自成想到四月初宋獻策的星卜。離開北京還不太遠時。有人來對李自成說，城裏未及撤出的農民軍正遭到明官僚豪紳們的殺害，李自成想馬上回城去救，可是回城的道路已被清軍和吳三桂的軍隊切斷了，李自成隻得忍痛繼續向前馳去。五月一日早晨，李自成領兵抵達涿州，從北京逃回的明前大學士馮銓率鄉兵守城，“炮石齊加”，農民軍不能迅速攻下，下午離去。過了一會，清軍和吳三桂的軍隊追至。為了對付追兵，農民軍且戰且行，曾在保定阻擊吳三桂的軍隊，在慶都與阿濟格率領的清軍作戰，然後奔向定州。定州豪紳地主乘農民軍失利之際，殺害農民軍派任的州官董一陽。當清軍和吳三桂軍隊到達定州附近時，負責斷後的農民軍果毅將軍穀可成和左光先集合了一群饑疲的農民軍，與清軍和吳三桂軍奮戰於州北十裏的清水舖。穀可成英勇犧牲，左光先墜馬逃免。吳三桂凶殘地用穀可成的首級遙祭吳襄。河北、山東和晉東北都發生了明封建官僚和貴族地主的叛亂事件。四月二十八日，農民軍追擊反叛的明副總兵金斌兵至天津，天津明官僚豪紳將城門緊閉，拒絕農民軍進城，並且用大炮轟擊，農民軍隻得退回北京。順天節度使宋權在五月初降清後襲擊密雲等地農民軍。山東地區農民軍力量薄弱，叛亂事件也較多。四月二十九日，明前遊擊高桂糾合了百餘人，執殺泰安州農民軍派駐的防禦使等數十人。農民軍首領郭升自兗州來援，攻下泰安城，殺死高桂。隨從高桂叛亂的豪紳地主或自殺，或被處死。明貢生馬元騄、生員謝陛率眾殺害德州防禦使閻傑和州牧吳徽文，從獄中放出明慶藩宗室朱帥鍁，奉他權稱濟王，向四境散發反動文告。在農民軍向畿南撤退途中，明兵部職方司主事淩駟在臨清發動叛亂。淩曾讚畫李建泰軍中。李建泰投降農民軍後，淩逃至臨清，由商人出資募兵三千，於五月六日“權知州印”，八日擒殺農民軍防禦使王皇極等三人。明副總兵王國棟領兵相會。淩傳檄山東，招誘山東、河北土寨歸附，與德州謝陛呼應。明工部右侍郎張鳳翔逃出北京，到東昌，“亦倡士民起兵”，殺害農民軍官吏。青州是明衡王朱常封地。五月八日，衡王率諸生反亂於青州，城“內外軍民人等忿勇將闖賊發來偽官賊兵盡殺死”。