明建國伊始，倭寇就侵擾海疆，燒殺劫掠，荼毒民眾。
朱元璋及其後繼者們采取各種措施保衛海疆，保衛人民的生命財產安全，使得明前期的倭寇沒有釀成大的禍患。
洪武元年（1368），“倭寇出沒海島中，乘間輒傅岸剽掠”。倭寇的入侵從此開始了。現按地區將倭寇主要的入侵情況敘述如下：
（一）山東、遼東倭患
洪武年間，山東、遼東的倭患，從其發展趨勢看，大致可分為三個階段：
第一階段，是從明朝建立到洪武七年（1374）。這一時期的倭寇，規模一般不大，每股在數十人至數百人之間，他們在沿海登岸後，乘守軍疏於防備之際，以突然襲擊的方式攻入城鎮、村落，劫掠財物和人口。由於人數不多，得手後不敢久留，隨即乘船遁去。在這一時期內，山東、遼東半島的許多村鎮被倭寇焚掠，沿海人民深受其害。
洪武二年（1369），倭寇在山東沿海登陸，“寇山東濱海郡縣，掠民男女而去”。朱元璋在這年給日本國王的璽書中說：“間者山東來奏：倭兵數寇海邊，生離人妻子，損傷物命！”三年（1370）六月，“倭夷寇山東，轉掠溫、台、明州傍海之民，遂寇福建沿海郡縣”。四年（1371）
六月，“倭夷寇膠州，劫掠沿海人民”。六年（1373）七月，“倭夷寇即墨、諸城、菜（萊）陽等縣，沿海居民多被殺掠”。麵對倭夷的不斷騷擾，山東沿海軍民奮起抵抗，終於將其擊敗。
第二階段，是洪武八年（1375）至洪武二十一年（1388）。這一時期，是山東、遼陽的倭患寂靜時期。基本未見倭寇對山東、遼東沿海騷擾的記載。
第三階段，是洪武二十二年（1389）至洪武末年。這一時期，倭寇再次成患，其規模和人數超過了洪武初年。
洪武二十二年十二月，倭船12艘由成山洋艾子口登岸劫掠，寧海衛指揮僉事王鎮率眾抵禦，殺倭3人，繳獲器械一宗。赤山寨巡檢劉興也捕殺倭寇4人。進犯倭寇見無處下手，不得不遁走海上。
洪武二十七年（1394）十月，“遼東有倭夷寇金州，卒入新市，燒屯營糧餉，殺掠軍士而去”。
三十一年（1398）二月，倭寇犯山東寧海州（今山東牟平），由白沙海口登岸，劫掠百姓，鎮撫盧智被殺，百戶何福戰死。事聞，明太祖命登、萊二衛發兵追捕，寧海衛指揮陶鐸及其弟陶鉞出兵擊之，斬首30餘級，倭寇才退去。在追擊過程中，“（陶）鉞為流矢所中，傷其右臂”。
洪武二十二年（1389）以後，山東沿海的倭患，與洪武初年不同。主要表現在倭患次數減少而規模有所擴大。山東半島平均七年一次，並不像洪武八年（1375）前那樣頻繁，平均每年一次。遼陽地區有記載的倭患僅1次，但每次來犯倭寇的數量有所增加。這一變化的發生，是因為這踴時期明朝的海防力量有所加強，小股倭寇進犯容易被殲滅。
（二）直隸倭患
直隸的地理範圍大致相當於今江蘇、安徽兩省。
洪武年間這一地區的倭患相對較少。
洪武二年（1369）初，倭寇在直隸沿海一帶的島嶼出沒，並多次侵掠蘇州、崇明，殺傷居民，劫奪財貨。沿海各地，十分恐慌。太倉衛指揮僉事翁德，率官軍出海追捕，將倭寇擊敗，俘獲92人，並繳獲兵器、海船一宗。事奏，明太祖以翁德有功，於四月份升其為指揮副使。其官校1247人，賞綺帛50疋，銀2569兩。在戰鬥中傷亡及溺水而死者，加賜錢、布、米。並詔令翁德繼續領兵出海，追捕未盡倭寇。
不久，又有倭寇在吳淞江沿海流劫，指揮朱文率眾將其擊潰。
是年八月，倭寇進犯淮安，鎮撫吳等在天麻山將其擊敗，擒獲57人。明太祖賜吳等綺帛，以示褒獎。同時，在通州（今江蘇南通市）也有倭寇流劫。
七年（1374），倭夷寇海州（今江蘇連雲港西南）大任口，百戶許彰率兵抵禦，巡檢率其弓兵助擊，倭人敗走。
許彰緊追不舍，倭人返回拒戰，許彰戰死，百戶何達擊斬倭24人。
（三）浙江倭患
浙江是倭患最為嚴重的地區。洪武年間，已知倭寇較大規模的進犯就有10餘次。
洪武二年（1369），倭寇進犯溫州中界山，永嘉、玉環皆被剽掠。
三年（1370）六月，倭夷寇山東，被擊退後轉掠溫、台、明三州沿海居民。
四年（1371），倭寇再次侵犯浙江。
五年（1372），倭寇犯溫州。命羽林衛指揮使毛驤、於顯，指揮同知袁義等，領兵追捕蘇、鬆、溫、台瀕海諸郡的倭寇。毛驤等在溫州下湖山大敗倭寇，追至石塘大洋，繳獲倭船12艘、倭弓一宗，生擒130餘人。
六年（1373），倭犯浙江濱海地區。
七年（1374），倭掠焚沿海諸地，靖海侯吳禎敗之於琉球洋。
從七年（1374）至十五年（1382），浙江沿海倭患一度減弱。十六年（1383）始，浙江倭患又嚴重起來。十六年，“夷船一十八隻，寇金鄉小滬寨，官兵敵卻之”。據《明太祖實錄》記載，這年八月，“賞溫州、台州二衛將士擒殺倭寇有功者，凡一千九百六十四人文綺、鈔布、衣物有差”。