在曆史上下五千年之間，曾發生過無數的戰爭，每一場戰爭都牽連著無辜的百姓，他們都是為了強大和名利而挑起戰爭！
然而，在宇宙各個世界裏，也難免發起一場浩大的戰爭——正義與邪惡的戰爭！
從古代穿越來到宇宙空間的一個大魔王，他曾是多個朝代的重點犯人。然而，他利用他那驕傲的能力成功的逃離了古代的追殺。
他的野心很大，想到統治全宇宙。目前有宇宙之殿、人類世界、神奇寶貝世界、火影世界、航海世界、和平世界、天之世界、地之世界和勝利世界這九大世界。
然而，宇宙之殿是全宇宙中權位最高的一個世界，也正是管理著眾多世界的神聖領地。雖然是管理，但其實是保護著這些世界，與這些世界緊密聯係著，沒有強與弱之分。
這個從古代逃到宇宙空間的大魔王稱自己為暗帝，他的能力非常的強大，已經遠遠超過六大世界的界王的能力。（六大世界:火影世界、航海世界、和平世界、天之世界、地之世界和勝利世界。）
雖說他想統治全宇宙，但憑他一人之力，卻是非常的難。他就在這個宇宙中創建了另一個世界——黑暗世界，然後就開始招兵買馬。
就在這時，神奇寶貝世界裏的創世神——阿爾宙斯，也叫作拉斯尤斯，在這一天裏，它從一顆閃著七色光的巨大的蛋中孵化了出來；然而，它的影子也隨之誕生，不幸的是，阿爾宙斯卻不知道，導致它的影子變得邪惡了。
在等候著阿爾宙斯的誕生的人正是宇宙之殿的帝皇，在他旁邊還有一位身穿白色衣服的中年人——創世神，他是人類的創世神，而阿爾宙斯則是神奇寶貝世界裏的創世神。
“哈哈！恭喜，歡迎你的誕生，阿爾宙斯。”帝皇祝賀道。
“我…我，阿爾宙斯？”阿爾宙斯疑問道。
剛剛出生的阿爾宙斯什麼也不懂，也不知道為什麼出生！
“沒錯，你乃是神奇寶貝世界裏的創世神，你可是萬物之中選中的唯一一個，你在神奇寶貝世界裏擔任的責任很大。所以，我現在就把你全部的記憶和能力都傳送給你！”帝皇說完也不管阿爾宙斯願不願意就直接用手在阿爾宙斯的身上輕輕地拍了三下，阿爾宙斯就擁有了全部屬於他自己的能力以及記憶。
“為什麼要你給予我記憶與能力？”阿爾宙斯變得警惕了起來。
“嗬嗬，警惕性ting高的，不錯。放心吧，這都是屬於你的，你所獲得的記憶與能力都是你的父親轉交給我，讓我在你誕生的那一天全都傳給你。”帝皇說道。
“我的父親？它們都去哪裏了？為什麼讓我擔任這麼沉重的責任？”阿爾宙斯追問到。
“沒錯，你的父親以及你的夥伴都在另一個地方，然而你是眾種族中挑選中的唯一一個可以擔任此責任的。”帝皇解釋著。
“明白了，謹聽帝皇吩咐。”阿爾宙斯回憶了所有的記憶後對著帝皇說道。
“好，從今起我又多了一位強將了！”帝皇說完便和中年人以及阿爾宙斯返回了宇宙之殿。
然而，在另一座島上，阿爾宙斯的影子孤零零的誕生了，它的誕生，沒有任何人在等候著它的誕生。
就在此時，到處招兵買馬的暗帝親眼目睹了這一切，他知道阿爾宙斯的影子有多麼的強大，也正是他所需要的一名強將。
“恭喜，恭喜啊！歡迎你的誕生，混沌。”暗帝熱情的說道。
“我，我叫做混沌？”混沌——阿爾宙斯的影子。
“沒錯，你本是神奇寶貝世界裏的創世神，但你被你的影子——阿爾宙斯所陷害，你的創世神之位被它搶去了。”暗帝說這些話來刺激著剛誕生出來的混沌。
“我，我居然被它陷害，我不甘心，我要報仇！”混沌憤怒了，而暗帝已經知道得逞了。
“好，要不要跟隨於我，讓我幫助你去把屬於你的一切給搶回來？”暗帝開啟了趁熱打鐵的攻擊。
“嗯，我願意跟隨於你。”混沌說道。
“好，混沌，我現在賜予你一種能力，你獲得我的能力之後，就可以創造出更多的黑暗神奇寶貝，這樣對你今後搶回你的一切很有幫助。”暗帝說完就把黑暗之力傳給了混沌。
混沌獲得黑暗之力後就開始創造出很多的黑暗神奇寶貝，然後和暗帝繼續在這廣闊的宇宙中招兵買馬。
五百年後……
宇宙之殿:皇子的誕生
“恭喜帝皇，賀喜帝皇，皇後成功產下一名皇子。”神醫報喜著。
“帝皇，恭喜啊！”創世神和阿爾宙斯齊賀道。
“哈哈哈……好啊！傳令下去，告訴各個世界的界王，為我兒子的誕生舉辦盛宴。”帝皇高興的說到。
“遵命！”世界使者說道。
然而，在這一兩年裏，各個世界都在舉辦著盛宴。宇宙之殿的天使也誕生了一名公主；隨之，火影世界的界母——界王的妻子產下了一名太子；航海世界的界母產下了一名太子；然而，還有和平世界、天之世界、地之世界和勝利世界的界母都產下了一名太子，這將使全宇宙都充滿了喜慶。
與此同時，一名從未知世界誕生的嬰兒正在各個世界裏徘徊著，飄蕩著。隨之飄到了黑暗世界的邊緣，剛好有一名善良之神看到並且撫養了這名嬰兒。
這件事情善良之神稟報給了帝皇，帝皇也很可憐這名嬰兒，於是便賦予善良之神撫養權力，讓善良之神好好撫養這嬰兒長大成人。