第三，對於當時社會上大量存在的煙館煙店也要嚴加禁止，以杜淵藪。清廷認為這些地方引誘少年子弟、無業遊民吸毒，危害最大，勒限6個月內一律停歇改業，逾限概行封禁；對於煙店雖未能一時禁止，以後須漸令收歇，不準再有新開。飯莊酒樓之類，以後也不準備煙供客。
第四，由官方研製禁煙良藥以便醫治煙毒。決定由各省送派精通醫學之醫生研究戒煙藥品，發交各處善堂或藥鋪，照原價經售；對於無力購買的貧民則準其免繳藥資。另外，在社會上鼓勵創立戒煙善會，由各地將軍、督撫飭令地方官，督率該處公正紳商廣為設立，以收勸導之效，轉移習俗。
第五，嚴禁官員吸食以端表率。當時規定全國戒煙期限為10年，而對於清廷官員又格外嚴格。官員戒煙分兩個等級，王公世爵、各衙門堂官及地方將軍、督撫、都統、副都統等省級以上官員，要自報戒斷年限，戒煙期間保留原職，暫不履行公務，待戒斷後恢複原職；其餘京外文武大小官員，限期6個月內一律戒斷。惟官員年齡在60歲以上者，均與平民一律，不強求戒斷。另外，各地官員不僅自身要做禁煙表率，而且也必須切實執行政府的各項禁煙措施，督率地方紳董認真辦理，並將這一條作為考核官吏政績的重要標準。
第六，對於洋煙進口也要加以限製，以遏來源。但此事因事關中外交涉，故決定由外務部與輸入中國的洋煙大戶英國妥商辦法，以期土煙、洋煙同時遞減，屆期同時禁絕。對於清廷的這一禁煙要求，當時的英國政府也表示支持。1906年，英國議會11年來首次就中印鴉片貿易問題進行辯論，並在6月6日由下議院通過議案，聲明“本議會堅信中印鴉片貿易在道義上是不能維護的，因此要求清政府采取必要步驟，使之迅速結束”。年底，清政府向英國政府提出鏟除煙毒禍根的五點建議，其中最主要的是從1907年起，印度輸入中國的鴉片每年減少1/10，並禁止嗎啡流入中國。對此英國基本同意。
清政府下禁煙決心是件很不容易的事，而執行起來就更難。當時許多清廷官員都有煙癮，故多對此次禁煙持消極抵製態度，因此最初禁煙運動並不順利。直到1907年4月，清廷才派出恭親王溥偉、協辦大學士鹿傳霖及協辦資政院事務的景星、丁振鐸等人充當禁煙大臣，委派他們精選中外良臣，立即成立戒煙公所，專司查驗。而鹿傳霖本人煙癮就極大，因此很長時間內，戒嚴工作並不果斷。
1908年11月，光緒帝和慈禧太後相繼死去，宣統登極，醇親王載灃監國攝政。載灃麵臨革命風潮風起雲湧之際，對吏治的腐敗憂心忡忡，對鴉片深惡痛絕，禁煙的決心非常堅定。另外1909年初，為了聲援中國的禁煙運動，國際禁煙大會也在上海召開，作出了禁止鴉片及其製成品貿易及嗎啡輸入等九項決議，中國的禁煙運動也得到了國際社會的支持，並處於世界禁絕毒品的有利的大環境中。在此情形下，開展了幾年的禁煙運動才真正進入高潮，在全國全麵展開。
首先是封閉煙館。1906年的禁煙章程中明令取締煙館，不許眾人在公共場所公開吸煙，對於出售鴉片之煙店暫不取消，顧客購買煙土後可回家吸食。因此從1907年開始，各地煙館陸續被封，如北京、天津、上海、濟南、杭州、蘇州、南昌、武昌、桂林等地煙館多被封禁。但是即便如此，漏洞依然很大，煙館並未徹底清除。這主要表現在：一部分煙館轉入地下，成為黑店，在東北、山東甚至北京都有這種情況；在中心城市禁煙較為嚴厲，而在偏遠城市則不得力，甚至不禁，如距北京百餘公裏的張家口仍是照舊開燈、開館，地方官並不禁止。再有就是部分地方官員擅自馳禁。如武昌，張之洞在湖廣總督任時對清廷政令尚不敢敷衍，但他調任軍機大臣後，由湖北布政使李岷琛署理湖廣總督。李岷琛本是煙鬼，乃在武昌全麵馳禁煙館，且照舊按月征收捐稅。另外，戒煙也在公共租界全麵展開。按照事前的中英協議，一旦中國切實開展戒煙，英國也將說服別國在租界內實行。於是從1908年春開始，租界也開始陸續取締了煙館，或令其自行閉歇；有些地方還當眾燒毀了煙土、煙具等，以造聲勢。