一、醫療機構
（一）天祝縣疾病預防控製中心（原縣“四○一”站）1964年，甘肅防治地方病領導小組辦公室在天祝成立了鼠防專業工作站，代號四○一站，受縣政府和省防治地方病領導小組辦公室雙重領導。1968年交縣管理。1989年6月，縣“四○一”站與縣婦幼保健站合並為縣防疫婦幼保健站，1994年8月撤銷，分設縣衛生防疫站和縣婦幼保健站。2002年8月，撤銷縣衛生防疫站，成立縣疾病預防控製中心。有職工53人，其中副高級職稱4人。
（二）縣婦幼保健所
1956年10月，成立縣婦幼保健站，1962年並入縣人民醫院防疫股。1969年12月，恢複縣婦幼保健站。1996年6月，縣婦幼保健站更名為縣婦幼保健所。至2005年，有工作人員57名。其中高級職稱2人。年接診門診病人13000餘人（次），年收治住院病人近500人（次），業務收入年均80萬元以上，固定資產196萬元，是全縣婦幼保健技術指導中心和基層婦幼專幹培訓基地。
（三）縣第一、第二人民醫院
1951年5月，成立天祝自治區衛生院。1955年8月，改稱天祝藏族自治縣人民衛生院。1959年12月改為縣綜合醫院。1963年4月，改稱縣人民醫院。1974年7月，改稱縣第一人民醫院。1974年7月12日，北京市第一傳染病下放的部分醫務人員及設備與原岔口驛中心衛生院合並，成立縣第二人民醫院。1989年，縣第一人民醫院與第二人民醫院合並成立縣人民醫院。1991年7月建成門診樓。2001～2002年建成門診醫技大樓，醫院占地麵積18600平方米，業務用房7000平方米，開放床位100張；設內、外、婦、兒、五官、口腔、皮膚、中醫、肛腸等臨床專業科室28個，職能科室4個。至2005年，有職工150人，其中高、中級專業人員55人；年均門診量8萬餘人（次），收治住院患者3000餘人（次）。年業務收入806萬元。固定資產1009萬元。
（四）鄉鎮衛生院
1989年前，全縣有哈溪、西大灘、安遠、打柴溝、古城、鬆山、祁連7所中心衛生院，旦馬、土塔、毛藏、西頂、大紅溝、代乾、朵什、紅圪、永豐、多隆、柏林、華藏寺、華尖、東坪、炭山嶺、賽拉隆、東大灘、達隆等18所衛生院和灰條溝門診部。2005年，哈溪中心衛生院升格為科級建製的天祝縣第二人民醫院。至此，全縣設安遠、西大灘、打柴溝、古城4所中心衛生院在內的鄉鎮衛生院18家。
中心衛生院、鄉鎮衛生院共有職工267人，其中專業技術人員236人，設病床137張。有18所鄉鎮衛生院能開展基本的手術，有17所具備住院條件，有12所能開展基本的檢驗業務。
（五）村級衛生機構及個體診所
1956年前，先後開業的個體診所42處，行醫者58人，至1958年，組成了11個聯合診所，後過渡為公社和大隊醫療站。1994年，部分村衛生所自行停業和自行合並，村衛生所減少到233所，有個體診所36家，鄉村醫生225名，衛生員73名，農村接生員181名，個體行醫人員36名。後衛生員和農村接生員職責被鄉村醫生代替。到1999年，8個行政村無村級衛生機構。至2005年，全縣有村衛生所室235家，村級醫務人員323人，其中專科學曆39人，中專學曆96人，高中（含職高）及以下學曆87人。個體診所39家，個體醫務人員47人，其中大專學曆8人，中專學曆19人，高中（含職高）及以下學曆20人。
（六）駐縣省地企業醫療機構
省屬廠礦醫院有天祝煤礦職工醫院、甘肅省天祝建材廠職工醫院。地屬廠、礦衛生所（室）有武威地區水泥廠衛生所、地區石膏礦衛生所、華藏冶煉廠衛生所、打柴溝機務段衛生所。
二、藏醫藏藥
（一）振興藏醫藏藥
藏醫藏藥很早以前從宗教界傳入天祝藏區。公元19世紀前，名藏醫丹正加以手抄本的形式編著了《臨床經驗》一書，總結了天祝地區藏醫和他本人一生的臨床經驗。人民共和國成立前夕，天祝地區有名氣的藏醫藥人員有16人。
1956年，在金強區的河東鄉、莫科區的天堂鄉各成立一所藏醫診所。另有6名藏醫在其它區、鄉私人行醫。1958年以後，一些藏醫人員被打成“牛鬼蛇神”，藏醫診所被迫關門。1974年以來，恢複和建立了藏醫藥醫療保健站，配備了藏醫藥人員。1978年縣衛生局編寫了《天祝藏族自治縣藏藥手冊》，收載藏藥500餘種，成方339個，由甘肅省出版社出版發行，1981年，藏醫院門診量3246人次，至1988年，門診量增加到18063人次。藏藥材主要有動物類、植物類、礦物類及水火製品類。90年代初，毛藏、抓喜秀龍、鬆山、柏林、朱岔、天堂等鄉鎮衛生院先後成立了藏醫科，並配備了藏醫藥人員，從事藏醫藥臨床工作。2000年7月，縣藏醫院與武威市金沙鄉衛生院在金沙鄉聯合開設了藏醫科，派遣藏醫，開展門診及住院藥浴治療。2001年，天祝縣作出藏醫藥產業化開發的戰略決策，並將藏醫藥產業化開發列為拉動全縣經濟發展的五大支柱產業之一。2002年，縣上組織藏藥材普查隊，用3個多月對天祝境內及相鄰的青海省部分地區的野生藏藥材進行普查，采集標本196種，繪製圖片900餘份。走訪民間老藏醫，挖掘民間單方、驗方，試製出6個品種的藏藥製劑，經臨床試用，療效顯著。