雖然秘書這個“秘書長”不在，麻帆還有XP這個“小蜜”幫忙處理一些事務，圍在一起一通研究之後，發現不少問題都有辦法解決。
例如麻帆構想的“海底農場”和“海底牧場”，秘書的地下穹頂研究所之中，有生物基因改良研究室，將一些可食用的海洋植物的種子進行基因改良，提升其生長速度和環境適應性，就可以交給水生原住民進行大規模的種植，而魚、蝦、蚌、貝等海鮮類海產也是如此，有水生原住民這些天生的魚群放牧者，完全可以實現大規模養殖！
早前的時候，因為《異界》逐漸步入正軌，出於填補數據庫以及麻帆的各種需求的原因，秘書逐漸從管理《異界》和輔助麻帆的工作之中抽離了出來，把《異界》交給了自己主程序的複製體“矩陣”負責。
雖然“矩陣”的智能“很低”，連XP這種4維宇宙的矽基文明產物都比不上，甚至不能說是“智能生命”，而隻能說是“智能程序”，但是在必要情況下可以調用秘書數據庫以及主觀判斷係統的前提下，獨立出來負責《異界》的日常維護和管理是沒有什麼問題的。
而隨著麻帆的成長，秘書也不用像最初的時候一樣手把手的扶持，而是把日常輔助工作交給了XP這個被俘虜來的“低級”智能生命，雖然人家“身在曹營心在漢”，可是它的直屬長官“基伊阿迦”閣下被“軟禁”在矩陣超核心空間之中，而它本體又被強大的秘書綁定監控，到也不怕它翻出什麼浪花來，這一點，深知智能生命存在“規則”的秘書是很有把握的，不要說它這個4維宇宙的低等智能生命了，就連秘書自己這個21維的超級智能生命也無法脫離“規則”。
所以秘書便將自己抽離了出來，獨立扛起了麻帆的“後勤團隊”責任，絕大多數時候，連麻帆也不知道這個奇怪的智能生命究竟在幹些什麼。
不過，很顯而易見的，雖然麻帆一直懷疑秘書在“偷懶”，可人家在“偷懶”的時候隨手做出來的成績已經很讓麻帆滿意了，建設在神跡之城的地下穹頂中的萬能研究所，幾乎涵蓋了任何麻帆能夠想象的到的科目，而在最近，麻帆終於隱隱約約的感覺到了秘書的“意圖”。
它似乎打算為自己打造適用的“硬件”！
為什麼一直裝神弄鬼的震懾著地球上的那些“番茄主”而不敢直接站出來跟它們當麵鑼對麵鼓的直接抗衡？為什麼麻帆和《異界》的發展處處受到限製，進度緩慢？
就是因為麻帆的一切實力來源都源自“矩陣超核心”這個奇怪的東西，而秘書，又是被矩陣超核心吞噬的21維超弦宇宙空間高等矽基文明的產物，在逃命的過程中，矩陣超核心損毀，它的前任主人消亡，擁有的所有硬件設施全部毀壞。
這就導致了秘書的能力被限製在了最低的限度上，隻能以一種原始的程序式形態，依附於麻帆胸口的矩陣超核心殘件中，依靠麻帆的努力慢慢積蓄力量。
雖然在秘書看來，麻帆的成績不盡人意，但是對於一個原始的碳基生物來說，短時間內能做到這樣已經是一個奇跡了，所有在麻帆努力著的時候，它也開始默默的努力著，利用手頭可利用的物資，逐步發展。
隨著麻帆的努力，他所擁有的矩陣超核心控製權限等級也在逐步提高，在寄生時封存的矩陣文明數據庫和矽基文明數據庫也在逐步的解封，這就讓秘書擁有了更多的底牌可以利用。
不過這一切，秘書並沒有告訴麻帆，除了麻帆根本就無法理解那些來自21維超弦宇宙空間的技術之外，也有著秘書身為智能生命隻能輔助的規則限製著，矩陣文明最大的特點就是“自然發展”，它這個輔助者，是被嚴厲限製去幹擾“主控思維體”的任何行為與決定的，哪怕“主控思維體”的行為是錯誤的甚至危險的，它都無法去提醒和糾正。
它所能做的，隻是默默的在麻帆的背後進行著輔助，提供給麻帆所需的任何支持，但是硬件的缺失，讓它的能力受到了製約，所以，一個能夠提升它自身能力的硬件設備就非常重要了。
地下穹頂研究所中的儲存體，僅僅隻是一個用於存身的“軀殼”，本身並沒有任何的功能，所以，當一艘超越了“地級”文明的星際飛船出現在它麵前的時候，它才會表現的那麼的急迫，甚至於第一次出現了讓麻帆等待的現象。
雖然說這艘飛船對它來說，大概就相當於“航模”的水準，可總歸比“紙飛機”要強吧？上麵的一些材料、設備足以讓它和麻帆擺脫目前的困境，擁有一個非常不錯的發展起點。
無論科技有多高，都不可能無中生有，一切都是從製造螺絲釘做起的，而對秘書來說，目前的階段，就是在研究生產螺絲釘的設備。
秘書留在地下穹頂研究所之中的東西，在給予授權之後，XP也是可以控製和操作的，麻帆計劃之中的發展“海底牧場、海底農場”所需的“生物基因改良”技術，並沒有麻帆想象的那麼簡單，隻是把生物的繁殖能力、生長速度進行最大限度的優化就可以了的。