可惜，人類不缺乏野心家，9世紀初，位於“奇跡”所在的秘密島被一隻神秘軍隊攻破，盡管各國在第一時間便反應過來，迅組織了軍隊和救援隊前往島，可是當第一批人到達時，島已經屍橫遍野，到處都是戰鬥的痕跡，上麵駐守的防禦部隊和在裏麵的全部科學家遇難，除了“奇跡”外的所有智腦全部戰毀，智腦“奇跡”神秘失蹤，世界互聯網和部分軍隊的失控，各國花費了大量精力處置此次事故，太空計劃暫被擱淺。
公元15年，第二代智腦所有建造計劃建造完成，人類終於消除“奇跡”消失的影響，第一艘深空宇宙飛船建造完成，各國宇航員已經準備就緒隨時可以進入宇宙深處，但是就在飛船完成啟動的前一，一個名為“複仇女神”的智腦突然出現，一之內侵入了各**事網絡，控製了全世界大部分自動化軍工廠和智能化機械部隊，隨後向全世界宣戰，就這樣第三次世界大戰莫名其妙地在人與智能機械之間開始了，因為戰爭開始的比較突然，戰爭第一時間都是從各**事基地內部開始，因為反應不急，各**隊一開始便損失了近8成，隨後麵對無盡的機械部隊，各國節節敗退，一座座城市被機械大軍占領，城市中幸存下來的人成為了機械的奴隸被
送往各類工廠，為機械大軍生產各類軍械。
當世界各國組織起有效的抵抗時，人類已經失去近半的土地和不足成的自由人口，剩下的人類在戰爭中死亡過半，剩下的也成了機械的奴隸，即使各國組織了大量的抵抗力量，人類軍隊與機械部隊之間仍然存在巨大差距，每都有大量人類士兵戰死沙場，並且隨著時間推移，各國悲哀地現他們科技更新度居然沒有機械部隊快，隨著各國國土不斷縮，人類劣勢越來越明顯。
5年，人類最後一塊自由之地淪陷，人類徹底籠罩在機械的陰影之下，國家已經消失，人類的抗爭從明轉暗，人類從地球的主導成為了附屬，就在人們以為毫無希望時，一條振奮人心的消息傳來：“複仇女神”消失了，就和它到來一樣，它的離去也悄無聲息，同時消失的還有一直忠於“複仇女神”的絕大部分智腦，失去了智腦的機械部隊慢慢被人類消滅，經過數十年的努力人類終於奪回了地球的統治權，因為國家已經消失，戰後的人類組織了新地球聯邦，人類進入了新的時代，人們以新公元稱呼新的時代。
新公元55年，人類慢慢從戰爭的陰影之中掙脫出來，恢複了社會秩序，但國家已經消失，人類成立了新的聯邦，在戰爭中因為部分一代和二代智腦對人類有著巨大的幫助，新的聯邦承認了智腦成為了聯邦公民，第四代智腦也開始生產，但新產生的智腦要為人類服務百年才能獲得公民身份。但並不是每一個人類都能承認智腦，畢竟這是世界大戰的元凶，很多人的家人死在了這場戰爭中，他們不相信智腦，甚至仇恨他們，在新聯邦內甚至出現了“反智腦”極端組織，他們認為智腦是邪惡的，不應該存在的，他們會用盡一切手段消滅智腦。聯邦成立55年，這個組織已經針對智腦動了不下百次襲擊，近百智腦毀滅，近千平民受傷，這個組織為了消滅智腦已經不擇手段了。