明代開國皇帝朱元璋在位三十一年。這位雄才大略的皇帝死後，由於皇太子朱標已於洪武二十五年（公元1392年）先他而死，乃由皇太孫朱允墳即位，這就是建文帝，後世也稱為明惠帝。然而，惠帝即位不久，就爆發了統治階級內部為爭奪皇權而起的一場戰爭，史稱“靖難戰爭”。這場戰爭延續三年之久，波及大半個中國，最後朱元璋的第四子、惠帝之叔朱棣打敗了明惠帝，攻入南京，奪取了帝位。就在朱棣軍隊攻入南京時，卻不見了惠帝。朱棣即位後，對惠帝的下落總不放心，這幾乎成了他的一塊心病，後來也成為爭訟不決的一大曆史疑案。
一 從朱元璋分封諸王說起
朱元璋建國後，總結前代得失，認為宋、元王朝之所以容易為外敵或內亂打垮，很重要的原因之一是王朝缺少輔助力量，因此應該恢複上古封建之製，即采用分封諸子為王的辦法，他認為這樣可以“外衛邊陲，內資夾輔”。諸王均為皇室宗親，用以守衛邊疆，最為放心，一旦內部發生動亂，分封諸王也可以成為王室可靠的輔助力量。因此，自洪武初年起，朱元璋便著手分封諸子為王，朱元璋一生共有二十六個兒子，十六個女兒，其中除長子朱標立為太子，幼子朱楠早夭釙，其他二十四個兒子均封為王，加上一個從孫（朱元璋兄之孫），他在世時共分封了二十五個王。
朱元璋分封諸子為王，很重要的原因之一，是當時北方邊防問題難以解決。元朝殘餘力量逃往塞外，時刻窺探邊關，伺機恢複其對中原的統治，加強北方邊防，是明初一項重要而又緊迫的任務。明朝建都南京，就必須命將守邊，朱元璋對異姓將領又不信任，最後決定分封諸子為王來守衛邊防。實際上，他設立的最重要的封國，都在北方的邊防線上。最初分封的就有二子秦王守西安，三子晉王駐太原，四子燕王鎮北平；然後逐步擴展：十三子代王鎮大同，十五子遼王守廣寧，十六子慶王駐寧夏，十七子寧王守大寧，十九子穀王鎮宣府。因此，這些藩王又有“塞王”之稱。
由於藩王負有守邊重任，所以每個王府都設置護衛都指揮使司，擁有護衛軍。封在內地的諸王也設護衛精兵，多者達萬人，“部兵耀武，並列內郡”。而塞王之兵，則有多達數萬者，如寧王有甲兵八萬，燕王擁勁卒十萬。這些兵力，由藩王自行調遣，不受中央所設五軍都督府和兵部節製，邊境有警時，藩王不僅指揮自己的護衛軍，而且還可調動地方軍。塞王成為皇帝在邊防線上軍權的代表，並監督邊防軍。例如，燕王朱棣曾被授予“節製沿邊士馬”的大權，他統帥邊防軍防禦元朝殘餘力量，還多次領兵出塞，深入蒙古草原，立下赫赫戰功。
諸王領兵．確實對明初邊防起過重要作用，卻也留下一層隱患，那就是，藩王擁有久經戰陣的精兵銳卒，實力擴大後也會對皇權造成威脅。這類史事曆史上也不乏先例，如西漢景帝時吳楚七國之亂，西晉惠帝時八王之亂，都是分封諸王擴張勢力，與中央王朝分庭抗禮所致。朱元璋最初分封時也考慮過這個問題，但他認為，問題不在封藩，而在於王朝要處理好與藩王的關係。他教導太子朱標要“知敦睦九族，隆親親之恩”，諸王則要“夾輔王室，盡君臣之義”，並將他對中央與諸王關係的看法，寫進了《皇明祖訓》，令子孫們世世遵循。然而，早在洪武九年，就有人看出了分封諸王對中央皇權的威脅。山西平遙縣訓導葉伯巨上書朱元璋，曆陳分封之弊害，指出分封逾製，勢必造成“尾大不掉”之勢。朱元璋見奏大怒：“這小子離間我的骨肉，快點抓來，我要親手射死他。”後來，葉伯巨被囚死於獄，而他預言的分封之禍，在朱元璋死後不久就降臨了。
二 朱允炆、朱棣及靖難戰爭
洪武十年十一月，皇太子朱標的次子降生了，這就是朱允炆。這位皇孫的到來，起初並未引起人們的注意，因為，當時他的祖父正當壯年，父親太子朱標還很年輕，而且在他之前，朱標已經有了一個兒子，誰也沒有想到，這個剛剛降臨的皇孫，有朝一日會南麵稱君的。朱允炆出生時，大約是因為難產的緣故，頭顱偏扁，也許就是古時常說的生而有異相吧。允墳聰穎，喜讀書，受到祖父朱元璋喜愛。他六歲時，其兄雄英病死，一下子使他的地位變得重要起來。因為，按照中國傳統的繼嗣辦法，他父親朱標作為嫡長子，將來會登上皇帝寶座，而他作為朱標存世的長子，也有入承大統的機會。又過了十年（洪武二十五年），他的父親朱標也因病去世。朱標之死，使朱允炆作為未來皇位繼承人的地位一度發生動搖。
朱標死時，朱元璋已有六十五歲了，老年喪子，又是他深為鍾愛的皇太子，朱元璋十分悲傷。據說，這時朱元璋對皇位繼承人間題，曾經猶豫不決。他曾對廷臣說：“朕老矣，太子不幸至此，命也。古雲：國有長君，社稷之福。朕第四子（即燕王朱棣）似朕，朕欲立為太子，何如？”原來，燕王朱棣英毅殊眾，多謀善戰，頗有乃父之風，深得朱元璋眷寵。一次，朱元璋命秦、晉、燕三王各率所部出擊蒙古，秦、晉二王猶豫遷延，而燕王朱棣統兵疾進，大勝而還。朱棣的這種作風深得朱元璋稱許，覺得他“非人臣相”，而且燕世子朱高熾也深得太祖之心，因此朱元璋曾“顧太子父子微歎息”。這種表明朱元璋早有立朱棣為皇位繼承人的記載，或許是出於朱棣登位後的偽造，或許是文人的附會之辭。但朱元璋對朱棣委以重任，付以重兵卻是事實，因而說朱元璋十分喜愛朱棣是不過分的。按照中國繼嗣慣例，嫡長子朱標立為太子是理所當然的，而且這位太子也深得朱元璋之心。但太子死後就不同了，朱元璋深愛朱允墳之聰穎好學，但對其優柔寡斷則不無遺憾。正由於這些緣故，才有了朱元璋在太子死後，將要立朱棣的說法。
朱元璋想立朱棣的話一出口，翰林學士劉三吾進言道：“陛下言是，但如立燕王，秦、晉二王將置之何地呢？”原來，朱元璋二十六子中，為正宮皇後馬氏所生者，除了太子朱標外，還有秦王棱、晉王桐、燕王棣、周王檫等人，以長幼之排列，。怎麼也輪不到排行第四的朱棣，若立燕王，難免以得皇上喜愛為由，而這在封建時代，是人君的一種“失德”，且易起紛爭。所以，劉三吾以此言阻止了立燕之說。洪武二十五年九月，朱允墳正式冊立為皇太孫。相傳，冊立時，諸王都奉命入京參加典禮。燕王朱棣入殿，走到朱允墳跟前，拍著他的背說道：“小子，不想你也有今日。”朱元璋坐在大殿中，遠遠看見，大聲道：“幹嗎打我皇孫。”允炆叩首道：“四叔喜歡我，鬧著玩罷了。”太祖道：“你還替他掩飾嗎？”下令囚禁朱棣，七日始釋。這個故事出自野史，卻也多少反映出皇太孫冊立時諸王不滿的情形。
說起朱允墳，曆來褒貶不一，頗多異辭。在政治方麵，他對朱元璋時代的各項政策多有更張，堪稱為一位有作為的君主。但他登位以後，在與諸王集團發生嚴重衝突的時候，他的弱點便暴露無遺了，優柔寡斷，用人不當，調度失宜。例如，他舉兵討伐燕王，祭告天地的詔書中，稱他的敵人為最親近的人，並稱不忍窮治。戰爭中，又曾令諸將“勿使朕負殺叔父名”，這種說法誠如明人所言，在他無非是想表明自己是注重“親親之情”的，但也可能對士氣產生不利影響。戰事初起，他對敵方估計過低，認為“此蕩平在旬月間耳，未足憂也”，而一聞耿炳文大軍敗訊則“大懼”。惠帝用一班書生主持大政，舉措失宜。如以怯懦無謀的李景隆統帥數十萬大軍，給燕軍提供了由弱至強的機會；甚至直到最後，燕軍將要渡江。兵臨南京時，他仍然錯用戰將，以陳镟率舟師出援，結果，陳瑄一到前線便投降了燕王。
與之相反，燕王朱棣卻深自韜晦，老謀深算，果毅善戰，知人善任。在僧道衍（姚廣孝）等人策劃下，他在自己還未準備好時，“佯狂稱疾”，時而狂奔於市，時而僵臥於地。一次，惠帝的耳目人府察看，朱棣盛夏時節還圍著火爐，顫顫巍巍地說：“寒甚，寒甚。”他在府中扶杖而行，以蒙蔽惠帝。而一旦準備完畢，則計擒北平諸將，迅疾出征。親冒矢石，勇冠三軍，命將用兵，進退有據。
與這樣的對手對陣，雖然惠帝擁有全國軍事力量，以及強大的經濟後盾，但失敗卻難以避免。
早在朱允炆還是皇太孫時，他已經感到諸王勢力的增長，深以為憂。一天，他在宮中東角門與伴讀的黃子澄商議，他問：“諸叔各擁重兵，何以製之？”黃子澄很有把握地回答說，諸王之兵，僅足自守，如果有變，即以全國之兵臨之，誰也無力抗衡。朱元璋死後，允炆即位，改元建文，他立時感受到諸王勢力的壓力，他對黃子澄說，你還記得我們從前在東角門的對話嗎？於是黃子澄、齊泰等人向他提供了一套削弱藩王力量的辦法，用這個計劃，惠帝先後廢除了周、岷、代、齊、湘諸王，然後集中力量對付最強大的燕王。
建文元年（公元1399年）七月，朱棣舉《皇明祖訓》中“朝無正臣，內有奸逆，必舉兵誅討，以清君側”等條章，正式起兵，號稱“靖難”。
三 燕軍入城，惠帝失蹤
到建文三年十月，戰事進行了兩年多，燕王朱棣率部返回北平休整。在兩年多的時間裏，朱棣身先士卒，攻城略地，先後打敗了老將耿炳文和頗負虛名的李景隆先後統帥的數十萬大軍，損耗了南軍大量有生力量，自己還奪取了寧王所部精騎，隊伍不斷壯大，越戰越勇。燕藩故將張玉、朱能等在戰爭中成長起來，成為一代名將。建文帝改革內治，不少武臣犯法被黜，“皆叛走降於燕”，更壯大了燕軍實力。在南軍方麵，朱允墳即位時，洪武時開國名將有的已經故去，更多的則為朱元璋以各種借口殺戮殆盡，朝無良將，加以用人不當，損兵折將，傷師數十萬，雖以中央之威，調動全國兵馬，而力量卻愈來愈弱，戰局僅靠盛庸、平安、鐵弦等數人苦苦支撐。
但是，朱棣出征，主要目標在於損耗南軍力量，很少爭一城一地之得失，這樣，燕軍力量雖然不斷壯大，而兵一北歸，所得之地棄而不守，又為南軍所得。這次燕王回到北平，看看自己所占領的仍舊不過是北平、永平、保定等幾處地方，不禁感歎道：“頻年用兵，何時才是盡頭呢？要當臨江一決，不複返故矣。”這時，惠帝懲治宮中不法宦官，其中不少人逃至北平，他們向燕王報告說南京空虛，極力勸他率兵南下。燕府主要謀臣姚廣孝也力主出師，沿途不以攻城為目標，直搗南京。
建文三年十二月，朱棣揮師出征，大誓三軍，準備攻取南京，奪取政權。師出，所向克捷，河北郡縣多降。次年初，燕軍入山東，繞過南軍名將鐵弦駐守的濟南堅城，連取徐州、沛縣等地。經過幾度鏖戰，南北兩軍對峙於肥河。正當緊要關頭，建文帝身邊的文臣們認為燕軍此次遠征，損失頗重；即將北還，下令將徐輝祖所部主力撤回南京，削弱了前線力量。南軍總兵何福移師靈璧，準備固守，以使燕軍疲憊自退。朱棣抓住戰機，截擊南軍糧草，乘南軍兵心動搖之際，全力進攻靈壁，大敗南軍，俘獲南軍名將平安及大小戰將七十餘員，文臣及宦官一百五十餘名，燕軍士氣大振，明廷為之震動。五月，燕軍強渡淮水，打敗盛庸，克揚州、高郵、通州等江北重鎮。這時，南京城內一片混亂，官員們紛紛借故離京，或暗通燕軍。惠帝急忙遣使議和，燕王不予理睬。六月三日，燕軍自瓜州渡江，南軍全線崩潰。
渡江後，燕軍屯龍潭，南京城中亂作一團。惠帝數次遣使求和，朱棣隻說要捉拿齊泰、黃子澄二奸臣，當時這二人已奉命外出募兵，惠帝也無可奈何，隻能“會群臣慟哭”。這時，文臣們意見仍不統一，有人提出請惠帝退往浙江，有人則認為應往湖南，惟方孝孺請求堅守京城，以待四方援兵，惠帝猶豫不決。燕軍逼城，都督徐增壽準備迎降。大理丞鄒瑾、禦史魏冕聽說，率廷臣十八人於殿前群起毆打，官內亂作一團。惠帝聞之，殺徐增壽，召諸王及群臣分守九門，以穀王朱穗與李景隆守金川門。十三日晨，燕軍一到，穀王與李景隆開門迎降。燕軍入城，市肆不易，就在這時，宮中起了一場大火，混亂中不見了惠帝。
朱棣聽說惠帝失蹤，立即下令緊閉官門、城門，大搜數日，務須生見其人，死見其屍。但連搜多日，毫無結果。宮中盛傳惠帝及皇後馬氏死於大火之中，朱棣命將骨灰撿出，哭日：“小子無知，乃至此乎”，以翰林侍講王景建議，葬以王禮。各省募兵聞惠帝已死，各自解散。
四 傳言歧異 疑竇紛生
明惠帝朱允炆果真是與馬皇後一起投火自焚而死了嗎？明成祖朱棣心中也是將信將疑的，或者懷疑的成分居多，他之所以聽從臣下建議，以王禮葬了那火中的屍骨，無非是想使惠帝的支持者們絕望罷了。
朱棣在位的二十多年中，關於惠帝的下落，民間雖然有很多傳說，而文臣史家，格於文禁，記載罕傳。仁、宣，以降，有關此事的記載漸漸多了起來。
相傳，燕軍入城，建文帝左右均力勸他逃亡。惠帝計無所出，急召翰林編修程濟問計，這程濟是陝西朝邑人，號稱當代奇術之士。建文初，程濟任四川嶽池教諭之職，上書言某月某日北方將有戰事。廷議認為，此非一個小小教諭當言之事，逮至京，將殺之時，引其入見惠帝，程濟大呼：陛下且留臣，到時無戰事，臣願服罪。期至，果然靖難之役起，惠帝奇之，赦為翰林院編修，充任軍師。一次，程濟與諸將伐燕軍，在徐州獲勝。軍中諸將樹碑記功，碑上刻有統軍諸將姓名。獨程濟一人夜間前往碑前祭奠，“人莫測其故”。後來，燕軍再下徐州，朱棣見碑，一時大怒，下令左右以鐵錐錐碑，錐了兩下，又命停下，叫人抄下碑上所刻姓名，日後按姓氏誅殺其家族，而程濟之名恰恰在錐脫之處，因而得免。程濟神算如此，當時頗受惠帝信任。燕軍強渡淮水後，惠帝召程濟至南京，至此燕軍入城的危急關頭，惠帝又想到了他，急召入問計。程濟答道：“天數已定，出走可免。”於是，他為惠帝剃發，換上僧人服，從禦溝逃出城去。一會兒，宮中起火，皇後馬氏投火自焚，人們紛傳惠帝亦死於火，於是，成祖以禮葬之。