洪門就以這個為借口，開始在南京城內發放經營許可證，要求商賈繳納保護費。
南京城內的商賈，數量龐大，僅僅是青樓、酒樓和客棧等等，數量就不少，更不用說那些從事糧食、鹽鐵、布匹等買賣的商賈了。
洪門的這一手，在南京城內引發了很大的震動。
抵製的商賈不少，不過洪門的態度也非常的強硬，必須要領取經營許可證，繳納一定數量的保護費，否則就不要想著在南京做生意了。
五月底六月初，衝突終於爆發。
首先是南京兵馬司出麵，他們知道洪門的背景，故而隻是進行勸阻，他們的勸阻當然沒有作用，洪門我行我素，凡是不願意繳納保護費的商賈，一律不準在南京城內做生意。
六月初，南京京營的軍士出麵了。
就在諸多的商賈以為洪門要退卻的時候，讓他們意想不到的事情發生了。
鄭家軍突然出動，包圍了南京京營。
南京京營的總兵賀人龍，與鄭家軍的副總兵劉澤清兩人直接對峙。
看見烏黑的紅夷大炮、弗朗機對準軍營，看見無數的毛瑟槍對準軍營，賀人龍知道其中的厲害了，他無奈的表示退卻，南京京營的軍士，哪裏是鄭家軍的對手，看著人家強悍的裝備，以及衝天的殺氣，唯有退卻，再說鄭家軍的背後是誰，既然鄭家軍敢於行動，那就是做好了一切的準備，隻怕南京京營沒有地方去申冤。
賀人龍和劉澤清本來就認識，也沒有必要為了商賈的事宜相互得罪，再說上麵怪罪下來了，自己也能夠解釋。
南京出現這一幕之後，所有的商賈都老實了，他們知道邁不過這個坎了，要是還是強硬的對抗，下一步就可能是家破人亡。
鎮守太監方正化專門找到了鄭勳睿，怒氣衝衝，可惜鄭勳睿根本不在乎，鄭家軍拿出來那麼多的糧食救濟災民和流民，穩定了南直隸的局勢，難不成要求商賈拿出來一些錢糧還不應該嗎，鄭勳睿甚至直接告訴方正化，南京京營以及皇城要是能夠拿出來這些糧食和銀子，那鄭家軍就不摻合這些事情之中了。
方正化滿臉沮喪的離開，南京城的局勢，以及南直隸的局勢，他已經無法掌控了。
其實方正化清楚，這一天遲早是要到來的，看看鄭勳睿以迅雷不及掩耳之勢驅逐東林黨人就可以明白一切了。
當然，鄭勳睿也給朝廷寫去了奏折，詳細說明了所有的事宜，遭受巨大災害的蘇州、鬆江、常州和鎮江等地，能夠很快穩定下來，包括應天府以及其他府州縣部分遭受災害的地方，都穩定下來了，南京六部和都察院沒有找朝廷要一粒糧食和一錢銀子，都是自己解決的，要求商賈參與到救濟災民的事情之中，這是完全合理的。
方正化當然也會寫去密折。
皇上和朝廷看到鄭勳睿的奏折和方正化的密折，能夠說什麼呢，難不成要求鄭勳睿不要救濟災民，看看浙江的湖州和嘉興等地，已經亂成什麼樣子了。
戶部的敕書抵達南直隸，沒有說到洪門的事宜，但提出來一個要求，南京六部和都察院，一並解決浙江湖州和嘉興等地的災情，平定當地的局勢。
戶部的這個要求，鄭勳睿不會拒絕，他本來就準備要插手浙江的事宜，有了戶部的這個敕書，正好大膽的動作，其他人也不好說什麼了，隻要洪門的勢力進入到湖州和嘉興等地，後麵的事情就好辦多了。
於是洪門開始進入到湖州和嘉興等地，部分的鄭家軍將士也跟隨進入，兩地的救濟以洪門為主，當地的官府協助，如此的情況之下，洪門在當地發放經營許可證，嚴懲屯聚居奇的商賈，就變得理所當然，兩地的商賈得不到官府的支持，隻能夠乖乖的照辦。
時間到了六月，南直隸和浙江等地全部都穩定下來了，暴雨和洪水雖然造成了不小的損失，但各地很少出現餓死人的情形，老百姓基本回到了家鄉。
而隨著時間的推移，南直隸的局勢也出現了明顯的變化，士大夫和商賈都知道，南直隸說話算數的是南京兵部尚書鄭勳睿，誰要是敢於違背鄭勳睿的意思，輕則無法在南直隸和浙江等地立足，重則人財兩空。