刑部
刑部為主管全國刑罰政令及審核刑名的機構，與督察院管稽察、大理寺掌重大案件的最後審理和複核，共為“三法司製”。刑部的具體職掌是：審定各種法律，複核各地送部的刑名案件，會同九卿審理“監候”的死刑、案件以及直接審理京畿地區的待罪以上案件。刑部的內部組織機構的設置是按省設司，明為十三司，名稱與戶部諸司同。清增加直隸、奉天、江蘇、安徽四司，為十七司。清刑部各司除分核本省刑名外，職掌他省及衙門的部分文書收發和某些日常政務。此外，清設督捕司，掌督捕旗人逃亡事；秋審處，掌核秋審、朝審各案；減等處，掌彙核各省及現審各案之遇赦減等事；提牢廳，掌管獄卒，稽察南北所監獄的罪犯，發放囚衣、囚糧及藥物等；贓罰庫，掌收放現審案內贓款及沒收各物件，並保管本部現銀及堂印；贖罰處，掌罰罪事；律例館，掌修訂法律。
工部
工部為管理全國工程事務的機關。職掌土木興建之製，器物利用之式，渠堰疏降之法，陵寢供億之典。凡全國之土木、水利工程，機器製造工程(包括軍器、軍火、軍用器物等)，礦冶、紡織等官辦工業無不綜理，並主管一部分金融貨幣和統一度量衡。明清工部下設四司：營繕清吏司，掌宮室官衙營造修繕；虞衡清吏司，掌製造、收發各種官用器物，主管度量衡及鑄錢；都水清吏司，掌估銷工程費用，主管製造詔冊、官書等事；屯田清吏司，掌陵寢修繕及核銷費用，支領物料及部分稅收。除四司外，清設有製造庫，掌製造皇帝車駕、冊箱、寶箱、儀仗、祭器等；節慎庫，掌收發經費款項；料估所，掌估工料之數及稽核、供銷京城各壇廟、宮殿、城垣、各部院衙署等工程。
光緒二十七年(1901)，清政府改總理各國事務衙門為外務部，這是六部之外增設新部之始。二十九年又增設商部。三十一年再增設學部及巡警部。六部之製逐漸變化。
光緒三十二年，清政府宣布“仿行憲政”，將戶部改稱度支部，兵部改稱陸軍部，工部與新設之商部合並為農工商部，原來的理藩院改稱理藩部，刑部改稱法部，另增設民政部、郵傳部。將原設之太常寺、光祿寺、鴻臚寺並人禮部，禮部內部機構中添設承政、參議二廳，儀製、太常、光祿三司及禮器庫、禮學館。至宣統三年(1911)四月，清政府成立責任內閣。五月，責任內閣頒布官製，設立製誥、銓敘等局，吏部遂撤。六月，將禮部改為典禮院，成為清政府專管朝廷壇廟、陵寢之禮樂及製造典守事宜，並掌修明禮樂、更定章製的機關。六部之製，遂告變革。