科學的未來隻能是屬於勤奮而又謙虛的年輕一代。
——巴甫洛夫
人和動植物都會患病，但不是所有的疾病都是由微生物引發的。例如血吸蟲病是較高等的軟體動物引起的，肺癌多半由環境因素（如吸煙）造成，流血不止的血友病則是遺傳性疾病。雖然今天不是由微生物引發的疾病，例如癌症、心血管疾病和中風等在人類死亡原因中的比例逐年在增加，然而大量致病微生物卻仍然給我們的生活帶來了極大的危害。
每位讀者都有生病的經驗，但不一定了解為什麼會生病。致病微生物引起的疾病，即傳染病種類繁多，我們在這裏將重點討論這類疾病的發生，傳播及怎樣避免和治療它們。這是醫學微生物學的任務，也是微生物學的首要任務。
要了解微生物引起的傳染病，先要了解引起疾病的微生物的來源。微生物無處不在，前麵介紹微生物的分布時已經講到，這些微生物就在我們的周圍。微生物廣泛分布在所有生物體表和體內，甚至我們人體的許多部位都存在著微生物。我們把它們稱為寄生物，因為它們是靠它們所寄生的生物體，即宿主生存的。雖然呱呱落地的嬰兒體內幾乎是無菌的，僅帶有從母親子宮獲得的細菌，但是出生2小時後他便從母乳中獲得乳杆菌，在24小時後，嬰兒排出的每克糞便中便可以檢測到上億個大腸杆菌，3天後各種細菌便開始定居在體內。成年人體的皮膚上和鼻腔中幾乎都有葡萄球菌；口腔中都有鏈球菌；咽喉部位有鏈球菌，甚至有腦膜炎奈瑟氏菌，還是大量病毒的避風的港灣。這些微生物中有相當一部分是不會引起疾病的，但是我們稱它們為正常菌群，因為這些寄生物在正常情況下與宿主相安無事，互相適應，而且各種微生物之間也相互製約而保持一個彼此共存的狀態。任何一種自然界的生物，如果體內連一個微生物細胞都沒有是不可能的，除非采取特殊的辦法繁殖。當長期不洗澡或洗臉不認真時，就可能由細菌或黴菌在身上或臉上引起皮疹，發炎，繼而流出大量的膿和汙物；皮膚大麵積燒傷或黏膜破損時，葡萄球菌便會侵襲創傷麵而大量繁殖，引起創傷發炎潰爛；當機體著涼或疲勞過度時，在健康人的呼吸道一定能分離到的，造成典型肺炎的肺炎鏈球菌。它們會引起咽炎和扁桃體炎。齲齒是牙齒腐壞的一種常見形式，可能主要是由於正常菌群的穩定性被破壞而使某些厭氧細菌造成的。特別要提到的是所謂“水土不服”，即許多人新到一個地方品嚐美味佳肴後大倒胃口，發生腹瀉。產生這種疾病多半是由於患者到達這個新地方後，由於最初幾天飲食不慎，通過飲水或其他途徑使患者腸道內增加了某些新的微生物，它們與原來居住在患者腸道內的微生物的協調關係沒有建立起來，某些可能致病的細菌大量繁殖，因而引發類似痢疾的症狀。雖然可能發生傷寒和副傷寒，但大多數遊客們所患的水土不服並不是由惡性致病菌造成的，而是那些在當地無害的普通細菌寄生在那些沒有免疫力的旅遊者身上所致。如果長期服用抗生素，殺死了腸道內的許多細菌，而某些不能被抗生素殺死或抑製，可能致病的微生物大量繁殖，也會引起疾病，醫學家把這類病因叫做“菌群失調”。
對於水土不服，其實並沒有什麼辦法能夠避免接觸這些微生物，所要做的僅僅是盡量少接觸它們，避免非微生物引發的腸道功能紊亂，在沒有什麼痛苦的情況下建立常規防禦係統。具體措施就是，在初到一個地方的頭幾天不要飲食過量，少喝些當地的水，選擇新鮮烹調的菜肴，水果要洗淨等。如果能這樣做，幾天以後，這些旅遊者便可以津津有味地大嚼當地的美食，而不必擔心腸胃不適了。
傳染病是微生物與宿主相互作用的結果。傳染病是寄生物和宿主發生相互作用造成宿主身體某部分損傷和不適，因此傳染是一個寄生過程。在這個過程中，一種微生物侵入宿主的某一部位並且大量繁殖，破壞了宿主與原有微生物的平衡關係，便引起宿主產生疾病。
人體對微生物的入侵和繁殖並不是聽之任之的。當一種微生物侵入宿主並大量繁殖時，宿主自身的生物防禦功能會被激發，事實上人體至少對微生物的致病至少有四道防線。第一道防線是宿主的皮膚和黏膜，它們除可以作為一道機械的屏障外，皮膚上的汗腺、皮脂腺，胃和鼻腔粘膜以及唾液、眼淚中都含有一種稱為溶菌酶的酶，它能夠溶解許多細菌，同時，生活在皮膚上的一些正常菌群產生的物質也可以在一定程度上抑製某些致病菌的生長，例如有種丙酸杆菌產生的脂類化合物可以抑製金黃色葡萄球菌和釀膿鏈球菌的生長。第二道防線是一組統稱為幹擾素的物質，它是由被病毒感染的細胞產生的幹擾病毒生長的蛋白質。