土人長期生活在自由散漫的環境中，群體居住，靠天吃飯，他們會有很多不恰當的行為，不僅不懂得守規則，甚至會心安理得地隨手拿醫院的各種東西，會在病房裏燒火做飯，等等。史懷哲不得不製定醫院規則，由助手每天早上向看病的人宣讀一遍，並請大家傳達給村子裏的人們。
史懷哲製定的醫院守則有：
1.醫院附近不要吐口水。
2.等候的時候不要高聲談話。
3.有時上午看不完所有的病人，所以患者與陪伴人應帶一天的糧食。
4.未經醫生許可就在傳教辦事處住宿的人，不給藥，還要下令離開。（這是因為有些患者闖進學童宿舍，搶去床位）
5.盛藥的瓶罐一定要交還。
6.每月中旬從船來到，到開走的期間，除了急症外，不受理普通患者。（這是為了利用這段時間來寫信，向歐洲訂購藥品）
史懷哲給人看病，從未想到向黑人要醫藥費。除了需要考慮醫療器材和藥品外，還得常常為病患及陪伴人準備糧食。但有的土人並不珍視不勞而獲的東西。為了使醫院能夠長久生存下去，也為了使土人學會感恩，學會對醫院的珍視。於是他耐心地告訴他們，他們被救了，在診所得到了善待，而歐洲的許多人則為此做出了犧牲，因此他們也應盡力為維持醫院的生存做些事情。漸漸地，土人們懂得送謝禮來了。有的交了些錢，有的送來了東西，如雞蛋、香蕉等。這些對醫院的生存所需如杯水車薪，但大家更懂得愛護東西了，醫院的秩序也漸漸建立起來。當然，對貧窮的人和老年人，他從不接受謝禮。
史懷哲是一位重視人類靈魂幸福的信仰家。他所致力的，與其說是改善土人的生活狀態，更毋寧說是把正確的信仰教給他們，讓他們從迷信中脫離出來。每逢禮拜，他都運用最簡明易懂的話來講道，他的心中充滿摯情與喜樂。
然而，前行的路困難重重。在非洲設立殖民地的國家，其統治目的無外乎一個利字。從歐洲和美洲運來大批的白蘭地的工廠製品，破壞當地人的生活和產業，使得當地人們大量失業。有的白人常常向黑人巧取豪奪、貪得無厭，使黑人對白人缺乏信任和尊敬。
史懷哲不是鐵打的，他也常常會感到身心疲憊。在一個孤寂的夜晚，他偶爾試彈巴黎巴赫協會送給他的管風琴兼用的鋼琴，給他消沉的情緒帶來奇異的慰藉，使他整個地沒入無可比擬的喜悅與陶醉之中。他還切實地體會到，唯有遠離歐洲喧鬧和功利的音樂會，不受任何幹擾，才能體會到如此美妙的感覺。
1914年，由於健康問題以及經費的短缺，史懷哲和夫人準備回國一段時間。可就在此時，第一次世界大戰爆發。1914年8月到11月間，德籍的史懷哲夫婦成了法國的俘虜。醫院也隻好關門大吉。史懷哲倒因此有了寬裕的時間，能靜下心來看書寫作。他利用這個機會，思考和梳理了長久以來就放在心上的有關人類文明的問題。史懷哲在自己的書中寫道：
歐洲憑借發達的工業文明，控製和領導了世界。在亞洲、非洲建立殖民地，巧取豪奪，借此過上安逸生活。他們自我滿足，隻知享樂，醉生夢死，年輕而充滿活力的精神失落了，耶穌所教的愛更是喪失殆盡，這樣的社會是好的嗎？
文明的進步應該是使人類更加幸福。所謂幸福絕不是靠物質能夠滿足的，人與社會能在道德方麵向上，才能稱為進步。
而當前的人類社會，物質文明的飛躍進步，炫惑了人類心智，人們隻知追求物質的欲望，一般人不說，連詩人、思想家、哲學家——這些人類的良知，也都渾忘道德的價值。人類受物質控製，最終使人類受到不幸。這樣下去，人類豈不是隻有自取滅亡嗎？