巴斯德從病羊的血液中，找到了引起炭疽病的細菌——炭疽杆菌，並且用稀薄的炭疽杆菌液注射到羊的身體裏去，羊不舒服兩三天，就不會得炭疽病了。可是，當時反對細菌可以引起疾病這種說法的人卻說，不是炭疽杆菌引起牛羊的死亡，而是中了毒，是牛羊的血中有毒物。他們說：巴斯德把死羊的血注射到健康的羊體內，使羊生病不死，不是因為炭疽杆菌被殺死，而是因為血中的毒物被清除。
怎樣駁倒這種說法呢？巴斯德思考了很長時間，想出了一個很有說服力的實驗辦法。他取了一滴含有炭疽杆菌的死羊血液，放入一瓶五十毫升培養液的燒瓶中，幾個小時以後，杆菌已經大量繁殖；再從這一瓶含杆菌培養液中，取出一滴，放入另一燒瓶培養液中，繼續培養。他這樣反複地做試驗，不怕麻煩，一氣重複了一百次。最後，他從這第一百瓶培養液中取出杆菌，注入健康的羊體內。這羊最後也死了，血液中也含有大量的炭疽杆菌。
反對巴斯德的人服輸了。因為羊得炭疽病要是毒素引起的，那這樣一次一次地反複轉移，毒素就像大海中的一滴糖水，早已找不到它的蹤影了。
巴斯德在證明微生物引起發酵，使酒變酸，使蠶兒患病，使牛羊死亡後指出：人類的許多疾病，也是細菌和其他微生物造成的。
預防雞瘟
五十歲以後，巴斯德把他的精力全部用來研究細菌。他經常思索著：我研究細菌，難道僅僅是為了證明它是人生病的罪魁禍首嗎？不，不僅僅是這樣，就像研究酒變酸和蠶死亡一樣，應該是為了製服致病的細菌，不讓它放肆害人。
怎樣製服致病的細菌呢？大約在巴斯德之前八年，英國的醫生琴納，發明了用牛痘接種的方法來預防天花。琴納寫了一本書，認為天花和牛痘是性質相近的疾病，所以種上牛痘的人，對天花就有了抵抗力。
巴斯德看琴納寫的這本書時，他正在研究炭疽病。他想：牛羊與蠶兒和酒不一樣，有病的酒可以不要，病蠶可以燒死，何況酒和牛奶等可以用加熱的方法消毒，防止變質。對有病的牛羊，人們總是想盡量把它們治好。問題的關鍵是怎樣預防牛羊得炭疽病呢？
有一種輕型的牛炭疽病——牛胸膜炎，也有人用它來接種，可是很不保險，牛在接種後，經常突然發病死亡。有沒有象種牛痘防天花那樣保險的方法呢？這是巴斯德一直在考慮的問題。
在這個時候，巴斯德被邀請去研究一種雞病——雞霍亂。患病的雞不吃食，整天無精打采，搭拉下腦袋和翅膀，眼睛閉著，拉稀，渾身出血，沒兩天就死了。
巴斯德從實踐中，已經摸索出一套研究動物傳染病的方法了。他的方法，最重要的是：把引起病的微生物找到，把它培養起來，讓它繁殖；然後用它注射到正常的動物身上，看它是不是會引起同樣的病；如果動物得病了，還得在它的身體內，找到同樣的微生物。
現在，巴斯德也用這種辦法來研究雞霍亂。他和助手把病雞的血放一滴在肉湯裏，再把它放在暖箱裏去培養；第二天的同一時間，取出一滴培養液，放到另一瓶新鮮培養液裏，再放在暖箱中繼續培養。與此同時，他們每天用新鮮培養液給雞接種，觀察雞霍亂病的情況。
這年夏天，巴斯德正在緊張研究雞霍亂的時候，接到家裏的來信，說是女兒已經訂婚，就要結婚了。老人多麼高興，決定回去給女兒辦婚事。他向助手盧赫和張貝蘭交代了工作以後，就回家去了。
兩位助手照巴斯德吩咐，天天接種一次新培養液，給雞注射一次，記錄雞的患病情況。
有一天，兩位助手決定去度假。他們把一瓶培養液放在碗櫃裏，鎖上實驗室就走了。過了一些日子，巴斯德和助手都回來了。張貝蘭取出碗櫃裏的雞霍亂菌培養液，給一隻雞注射了。第二天，意外的事情出現了，這隻雞竟然沒有發病，仍然活蹦亂跳地活著。
兩個助手商量了這件事：看來那瓶培養液過期了，我們還是到雞場去要一隻病雞，重新培養新鮮雞霍亂菌吧。這件事可不能讓老師知道。他們知道老師嚴格認真，一絲不苟，這件事要是讓老師知道了，非吃一頓批評不可。他們決定“保密”。
他們製成了新鮮雞霍亂菌的培養液。第二天，他們用新製的培養液，給一些雞注射了。驚人的事情發生了，所有的雞都像往常一樣，得病死亡，隻有一隻例外！經過仔細核對，正是那隻注射過“無效”的過期培養液的雞。
“這是怎麼回事呢？”巴斯德問助手。
兩位助手低下了頭。張貝蘭把事情的經過如實地說了出來，請求老師處罰他們。