明代提倡的學術是程朱理學和具有僵化格式的八股文，這可以說是比以往任何時代都僵化的學術統治。中國傳統文化發展的道路已被限製到了快要窒息的地步。然而，在最嚴酷的統治下往往產生最激烈的反抗，最僵化的學術統治也會使社會湧現出最激進的新思想。
明代城市居民和工商業者利益的代表者已經在政治上嶄露頭角，其中最典型的是由中小地主和下層官吏中的知識分子組成的一個集團——明朝晚期的東林黨人。這些人讀過經，寫過八股文章，但社會現實的經濟生活和政治生活對他們的吸引和影響使他們成了有激進新思想的一代人。東林黨人反對皇帝和宦官集團的胡作非為，甚至反對礦監、稅監和征商，並企圖把自己一派的官員推入內閣執政。但是，支持他們的是城市居民階層中一些相對弱小的勢力集團，所以他們沒有在政治上取勝。他們以私人書院為基地講學和議政，他們的活動是起於下層的知識分子憑借下層社會的支持企圖參與國家政治生活的最初嚐試。
明代中葉以後社會生活中的新氣象在抽象的思想界也有反映。這就是一部分人對朝廷推崇的宋代理學表示了懷疑並提出新的見解。王守仁（1472～1528）盡管是個官僚，但他改造了陸九淵的學說，提出理不是客觀的，也非聖人所定，而是存在於每個個人心中的，他主張人人“致良知”。這對於主張信聖人之言的傳統來說無疑具有解放思想的作用。但王守仁（陽明）在認識自然方麵卻比宋代的朱熹後退了一步，在他看來，“先儒解格物為格天下之物，天下之物如何格得？且謂一草一木皆有理，今如何去格？縱格得草木來，如何反來誠得自家意？”“乃知天下之物本無可格者，其格物之功隻能在身心上做。”（《王文成公全書·傳習錄》）王守仁的弟子王艮（1483～1541）更明確地鼓吹個人的重要性，反對個人向命運妥協，主張“造命”，並在各地講學論道，把自己的學說散布到農民、手工業者和商人中去。他與德國宗教改革家路德（1483～1546）和文藝複興時的大畫家拉斐爾（1483～1520）同齡，可見他的思想沒有落後於當時的世界，而是走在那個時代前列。王守仁學派中最有名的思想家是李贄（1527～1602）。李贄曾做過知府，後離開了官場，寄居到友人家中著書立說，講學時他激烈地批判傳統和孔子，居然公開招收女弟子，並在炎夏剃光頭——這是以行為來反傳統，所以被當時士人視為異端之尤。由於李贄公開反對對孔子的崇拜和三綱五常，並付諸行動，最後他被官府稱為亂道惑世的“妖人”而被捕。李贄在獄中割喉而死，毫不妥協。更晚一些的王學後生唐甄（1630～1704）更為激進。他在《潛書》中明確認為，“自秦以來凡為帝王者皆賊也”，“殺人者眾手，天子實為之大手”，可見他對君主製恨之入骨。顯然，明朝後期以來中國的思想界出現了一陣同以往1800多年的傳統相悖的新潮流，這與同期的歐洲文藝複興時的人文主義思潮是相近的。但後者是在一場社會政治、經濟、文化變革的疾風暴雨中產生的，中國社會的結構卻沒有發生相應的巨大變革。
另外還有一些與王守仁學派風格相異的思想家。他們在哲學上各有所持，但都比較注重所謂經世致用之學。這些人在明末的社會環境中奠定了自己的思想基礎，清軍入關後有不少人曾組織過反清的軍事鬥爭，失敗後隱居著書。盡管他們的思想成果產生於清代初期，但其根基仍然紮在明末的社會中。在他們之後整個清代直到鴉片戰爭前還沒有再產生過這類思想家。這些人中最有名的是王夫之（1619～1692）、黃宗羲（1610～1695）、顧炎武（1613～1682）。王夫之反對君主專製，要求政治改革，認為土地非帝王私產。黃宗羲接受王守仁的哲學，但在政治上更為激進，他著《明夷待訪錄》，說皇帝把天下作為個人產業，“以天下之利盡歸於己，天下之害盡歸於人”，所以，皇帝是天下最大的禍害，但他還找不到一個根除皇帝政治的、有可行性的良方。在他看來，君臣關係不是主仆而是師友，治天下不在一姓之興亡，而在萬民之憂樂。黃宗羲的理想是通過法治、加強學校的輿論和恢複丞相製來限製君權。他還提出了工商皆本的看法，這是對中國傳統的以農為天下之本、反對舍本逐末的思想的質疑。以上這些論調明顯地具有超越古人和前人的性質。顧炎武推崇程朱理學，但他同樣反對君主製，他的名言“天下興亡，匹夫有責”最初可能是號召人們反清的口號，但常被理解為以天下為己任。總之，他們是自秦漢以來真正第一次在思想上超過了春秋時的諸子百家的人，具有了朦朧的近代精神和民主主義的思想，對傳統的君主專製製度作了清醒和深刻的批判。這是中國傳統社會即將發生變革的早期信號。