第一，機構設置不合理。同類組織林立，機構重疊，工作重複。機構臃腫，分設過細，人浮於事。有些部門和機構權力過分集中，管得過寬過死；有些部門卻無事可做，形同虛設。這樣，就使人力浪費、損耗、消磨，而無法獲得放大的效果。
第二，職責權限不清。有些社會組織究竟緣何而設，職責範圍、權力限度是什麼等等都不是很清楚。因此，其職責權限隨個別領導人的更替而變化。領導人責任心強，則該組織所抓的事務多一些，責任心弱，則該抓的也不去抓。領導人強硬，則權力就大，反之就小。在我們國家就有這樣的現象，某些部門什麼都可以抓，而另一些部門則什麼都不需抓。有些部門什麼都想管都在管，但總是管不好。最突出的，是政企職責不分，政府幹預企業太多。其他社會組織也存在職責不清權限不明等問題，但程度較低。
第三，社會組織領導的產生方法不科學，設置不合理。一般地講，領導人應當在組織進行的各種社會活動中通過顯示自己的才能自下而上地產生。在現代，除了個別必須委任的外，都應選舉產生，但目前我國各種社會組織的領導大都是委任的，即使一些群眾團體、學術團體也不例外。這樣，一方麵某些領導人不熟悉所擔任的工作，不能勝任，或在隨時準備調換新的崗位而不安心工作，當“維持會長”；另一方麵社會組織成員與領導人在心理上總有一段距離，不能很好地溝通，不能發揮最大的積極性。這種狀況改革以來雖有某種程度的改變，但總體上變化不大。
領導配置的不合理則表現在：
——領導成員職數太多，遠遠超過需要，結果互相推諉，互相扯皮，爭權奪利，拉幫結派，使上層處於矛盾焦點，大量的力量用來平衡領導層，難以搞好管理以及計劃、組織、指揮、協調和控製等分內工作。我國幹部職數的增加是極快的，比如吉林省某縣，1948年縣直機關加上10個區的黨委和政府，隻有幹部322人，30多年後，其幹部總數超過了2000人，增長6倍多。廣東某縣1987年與1978年相比，幹部總數增加37倍。在幹部職數迅速膨脹的同時，領導幹部的職數也有較快增長，有些部門副職將近20名，有些部門全是帶“長”字的，沒有幹事。正副職之間的矛盾、副職與副職之間的矛盾，撲朔迷離，紛繁複雜，糾纏不休，內耗現象十分嚴重。
——年齡構成不合理。尚未建立起科學合理的退休製度，領導年齡老化問題還比較嚴重。科學的年齡結構是，有些組織需老中青相結合，有些需要年齡大一些，有些則需要年紀輕一些，如軍隊和團組織等。但目前該用年紀大一些的，卻全是青年人，該用青年人的，又大部分是老年人。年齡結構不合理，造成有些組織的領導層經驗不足，有些暮氣太重而缺乏朝氣，很難做到既朝氣蓬勃、銳意進取而又成熟穩健，工作上很容易出現片麵性，也很難最大限度地凝聚整個組織的成員，放大人力。
——文化結構不合理。過去是重工農幹部，輕知識分子，隻講經驗而不講科學性，現在則走向了另一個極端，把學曆強調到極限，學曆越高越好，不問其所學專業、知識結構，隻要是大學生、研究生即可。沒有考慮班子內學曆上應有必要的差距，知識結構上要各有側重，從而形成補台效應，而將高學曆者放在一起，這樣往往容易形成互不服氣、互相拆台的局麵。目前這種現象較為普遍。
——性別結構不合理。我國雖倡導男女平等，但在婦女擔任領導職務方麵，解決得並不很好。11億人口，近6億婦女，但目前沒有一位女副總理（或國務委員），女部長和女省長也很少。在其他社會組織中，婦女擔任領導職務的也非常有限。從社會學的角度看，這不能不說是一種缺陷。它的消極作用在於，其一，不利於調動社會組織中女成員的積極性；其二，在領導層中也不易形成較好的性別文化結構，難以使領導班子更加團結和高效率地工作。社會組織領導層中性別結構的失調，在社會各階層，尤其在婦女中影響很大，它是影響社會組織人力放大功能的重要因素之一。
——領導幹部不能及時合理地得到調動。崗位不合適，在組織中與其他領導或組織成員有矛盾以及在一個地區一個組織內時間太久的，都應當及時予以調動，這樣才能不斷優化領導層，使其有更多的精力和熱情進行工作。但現實情況卻是，一個人一旦進入一個組織或崗位，便終身難以調動。即使專業不對口，工作不適應，與其他組織成員產生了矛盾而且難以調解，或長期從事一項工作而產生厭倦情緒，也不能調動。結果隻能是使其消沉、抵觸，或起更大的人力抵消作用。幹部難以調動的症結，在於人才的部門所有製。
這裏需要指出的是，社會組織領導幹部中存在的上述問題，在社會組織成員中也嚴重存在著。有些問題近年來有所改變，有些並無大的改變，有些甚至比以前更為嚴重。
第四，人際關係的處理上存在許多問題，幹群矛盾尖銳。在此處我們所講的人際關係主要包括社會組織領導成員之間的關係、領導與組織成員之間的關係和組織成員與組織成員之間的關係三個方麵。人際關係，主要指工作關係、利益關係、交往關係和心理關係，它們是社會組織運營中非常重要的方麵。隻有處理好各種人際關係，做到社會組織成員內部和諧、融洽、團結、互助，才能充分調動整體的積極性，很好地放大人力。但目前由於種種原因，我國各類社會組織中，人際關係方麵都存在程度不同的問題。因為某些領導幹部官僚主義，脫離群眾，以權謀私，甚至腐化墮落，造成幹群矛盾尖銳；因為利益的多元化，各成員間收入不盡相同，有些差距還較大，成員間的關係也出現裂隙，特別是企業中工人與承包人、與各級領導人之間物質利益差別太大，因之關係十分緊張。