自人類出現伊始，就開始了對動植物的探索，可是，對數量龐大、分布廣泛並始終活躍在人體內外的微生物，卻長期缺乏認識，其主要原因就是因為它們的個體微小、型體外觀不顯、種間雜居混生以及形態與其作用的後果很難被人們認識。但人類與微生物打交道的曆史卻極其悠久，且從未間斷過，其間既有辛酸和痛苦，也有獲益和歡樂。例如，鼠疫佑保天上禱祈在皇教，圖疫鼠洲歐（黑死病）、天花、麻風、梅毒和肺結核（白疫）的大流行曾奪去了無數人的生命，以鼠疫為例：其在曆史上的三次大流行奪去人類生命的數量大大超過第二次世界大戰的死亡人數。直至今天，仍有稱作“世紀瘟疫”的艾滋病在人類中出現和流行；瘋牛病、口蹄疫的爆發也使歐洲的畜牧業損失慘重。
人類在史前期就知道自發地開發利用有益微生物和防治有害微生物。如今，微生物學的基礎理論和獨特實驗技術推動了生命科學各領域的飛速發展，微生物基因組的研究更是促進了生物信息學時代的到來。
我們一般把微生物學的發展史分為五個時期，下麵我們就來了解一下這幾個時期。