1860年6月英國科學協會在牛津召開會議。大家都在談論《物種起源》。6月21日牛津的道賓尼博士作了一個報告，題目是“論植物性別的終極原因兼論達文的《物種起源》一書”。主席請赫胥黎發表意見，但赫胥黎拒絕了，理由是“大部分聽眾過於感情用事，這會影響他們進行理智的判斷，所以不可能在他們麵前展開科學討論。”奧溫表示願意從哲學的意義上來考察這個問題。他相信有些事實能夠使公眾斷定達爾文的學說正確到什麼程度。他認為，大猩猩的腦結構就屬於這類事實。他認為，大猩猩的腦同人腦的差異當然比大猩猩的腦同最低等的獼猴的腦的差異要大。
曾經研究過類人猿的腦結構並得出了完全不同結論的赫胥黎，對此發表了如下的意見：“我要直接而明確地反駁奧溫先生的這種論斷。我的行動方式雖然不同尋常，但看來是必要的。我將在別的某個場合來證實這一點。”
赫胥黎認為，當在場的廣大公眾都是對科學一知半解時，這種場合就不是進行科學爭論的場所。因此，無論是他還是虎克，當他們聽說在英國科學協會的會議上英國的芝威柏特將作一個報告，題目是《論歐洲的智力發展兼論達爾文先生的觀點》，以及牛津的主教韋勃甫司準備“摧毀”達爾文的無神論學說時，他們都不打算出席這次會議，但是赫胥黎偶然遇到了《創造的痕跡》一書的作者詹博思，他請求赫胥黎一定要去參加會議，“不要拋棄我們”，雖然這個“我們”有點取悅於赫胥黎，但赫胥黎卻答應出席會議。出席會議的還有虎克。
韋勃甫司對自然史了解不多，但是，正如達爾文的朋友們所聽到的那樣，他卻被奧溫“塞滿”了許多反對達爾文的東西。作為宗教界的發言人，他還是很有威望的。因此，當他準備“消滅”達爾文的消息傳開後，許多人都來參加會議，其中有許多宗教界的人士和女士，共有7000多人。
赫胥黎在牛津大學講台上駁斥大主教的偏見
韋勃甫司的演說非常精彩，其中充滿了對達爾文的諷刺，博得了與會者的陣陣掌聲。他預見到赫胥黎將要起來反駁他，因此他在結束演說時向赫胥黎提出了一個問題：“赫胥黎教授是否認為他是通過他的祖父或者通過他的祖母而來自猿猴呢？”這個問題引起了哄堂大笑，赫胥黎接受了挑戰，他很鎮靜地指出了這位主教在發言中所犯的許多自然史方麵的重大錯誤，然後對這位主教最後提出的一個諷刺性的問題作駁斥，他說一個人沒有任何理由因為他的祖先是一個猿猴而感到羞恥，使他感到非常羞恥的倒是這樣一個人：“這個人浮躁而又饒舌，不滿足於在自己的活動範圍內所取得的令人懷疑的成功，而要插手於一竅不通的科學問題，結果隻能是以自己的誇誇其談而把這些問題弄得模糊不清，並且用一些娓娓動聽的但卻離題很遠的議論，以及巧妙地利用宗教上的偏見而使聽眾的注意力離開爭論中的真正焦點……”
赫胥黎的反駁更是精彩，給與會者留下深刻的印象。與會者報以雷鳴般的掌聲。英國人應該承認，這位主教由於對赫胥黎的祖母說了那種出自“非紳士之口的”無禮語言而使自己受到相應的譴責。
虎克在赫胥黎後也發了言，他根據自己所知舉了幾個例子來說明主教對植物學的無知，主教沒有提出反駁，會議就結束了。
牛津辯論會使達爾文進化論思想大獲成功。主教受到的教訓使那些外行人不敢再發表膚淺的言論和進行冷嘲熱諷了。毫無疑問，這個教訓在倫敦的輿論界對於捍衛新的學說起了轉折性的作用。辯論會的一個參加者後來告訴達爾文的兒子弗朗西斯說，就在那天晚上，在好客的牛津植物學教授道賓尼的房間裏，擠滿了很多人，他們的話題幾乎完全集中在《物種起源》的論戰上，英國宗教界那些穿“黑禮服係白領帶”的人們和讚同《物種起源》的人們，都對韋勃甫司的發言感到憤慨，而對論戰的勝利者表示祝賀。
但是反對達爾文進化論的敵對勢力並沒有屈服。《每季評論》上發表了一篇文章，達爾文的朋友們認為這篇文章是韋勃甫司和奧溫寫的，其目的是要離間賴爾和達爾文，因為賴爾在社會上享有很高的威望，他對新學說的濃厚興趣是人所共知的。文章中說：“達爾文先生離開了一個博物學家進行工作的寬廣大道而走入了虛幻假設的叢林，這是一大罪惡。達爾文先生認為他可以把賴爾看作他的信徒之一，我們相信他這樣認為是打錯了算盤。我們當然知道，達爾文先生可以對他那位地質學上的兄弟施以強烈的誘惑……但是沒有一個人比賴爾更明確地、更合理地否認了物質可變的說法（文章的作者這樣寫，暗示的是賴爾的《地質學原理》第二卷，在那裏賴爾對拉馬克的觀點進行了駁斥），他這種否認並不是發生在其科學生活的幼年時期，而是發生在其科學生活的精力充沛時期和成熟時期。”接著這位主教希望依靠賴爾的幫助來“徹底消滅這種淺薄而又抽象的理論，正如徹底消滅它的孿生兄弟……《創造的痕跡》一樣。”